آیت الله علی اکبر مسعودی خمینی در سال ۱۳۱۰ در شهر خمین متولد شد و تحصیلات ابتدایی خود را در همین شهر آغاز کرد. سپس برای ادامۀ تحصیل به شهر اراک مهاجرت کرد.

او در سال ۱۳۲۶ وارد شهر قم شد و در درس اساتید این شهر از جمله امام موسی صدر حضور یافت. 

آیت‌ الله مسعودی خمینی با شروع نهضت اسلامی به مبارزه با رژیم شاهنشاهی پرداخت و تا پیروزی انقلاب همراه این قیام بود.

وی که مدتی مسئولیت مدرسۀ رضویه قم را بر عهده داشت، از سال ۱۳۷۱ به سمت تولیت آستان مقدس حضرت معصومه منصوب شد.