پس از آنکه از بازگشت امام و همراهانش از لیبی خبری نشد و ارتباط با آنان نیز میسر نگردید، در ۶ سپتامبر ۱۹۷۸ مجلس اعلای شیعیان لبنان از کاردار لیبی در لبنان خواست در این زمینه اطلاعاتی ارائه کند اما وی از پاسخگویی طفره رفت. چهار روز بعد مجلس، موضوع را با دکتر سلیم الحص، نخست وزیر دولت لبنان در میان گذاشت. وی فوراً کاردار لیبی را در ۱۰ سپتامبر ۱۹۷۸ فراخواند و خواستار جواب رسمی و فوری شد. ظهر روز بعد کاردار لیبی پاسخ داد که امام موسی صدر و همراهانش عصر روز۳۱ اوت ۷۸ ۱۹ با هواپیمای خطوط هوایی ایتالیا به شماره ۸۸۱، لیبی را به مقصد رم ترک گفته اند.

اما امام به هیچ وجه قصد نداشت ۳۱ اوت لیبی را ترک کند بلکه می‌خواست شنبه یا یکشنبه بعد، دوم یا سوم سپتامبر طرابلس را به مقصد پاریس ترک کند. یکی از اتباع فرانسه به نام نزار علی ـ که اصالتاً لبنانی است ـ در‌‌ همان هتلی اقامت داشت که امام صدر و همراهانش بودند. 

امام صدر و نزار علی در روز ۳۰ اوت ۱۹۷۸ با یکدیگر در هتل دیدار می‌کنند. پس از آنکه امام موسی صدر مطلع می‌شود نزار علی روز بعد یعنی ۳۱ اوت با هواپیما به پاریس خواهد رفت، نامه ای کوتاه برای خانواده خود در پاریس می‌نویسد تا نزار علی به آن‌ها بدهد. امام در این نامه به خانواده خود خبر می‌دهد که روز شنبه یا یکشنبه یعنی دوم یا سوم سپتامبر به پاریس سفر خواهد کرد. متن نامه بدین شرح است: 

صدری ـ حمید فرزندانم ـ ما خوبیم. انشاءلله شنبه یا یکشنبه به پاریس می‌رسم. امیدوارم بتوانم عصر جمعه یا بعدازظهر شنبه برای مشخص کردن زمان رسیدن با شما تلفنی تماس بگیرم. به‌ ام صدری هم این مطلب را اطلاع دهید. با بیروت با منزل حسینی به شماره ۴۷۰۸۸۶ تماس بگیرید و به آن‌ها هم اطلاع دهید. 

به دلیل نگرانی ناشی از پاسخ رژیم لیبی، رئیس جمهور لبنان، الیاس سرکیس، در تاریخ ۱۲ سپتامبر ۱۹۷۸ تلاش کرد با قذّافی ارتباط تلفنی برقرار کند تا از او درباره این موضوع توضیح بخواهد و به او اطلاع دهد که میهمانانش هنوز به وطنشان نرسیده اند و خارج از لیبی نیز دیده نشده اند. این ارتباط به رغم تلاش در آن روز به نتیجه نرسید. شخصی که پاسخگوی تلفن بود، همواره تکرار می‌کرد که قذافی با این شماره در دسترس نیست و با شماره دیگری تماس بگیرید و تماس با شماره جدید نیز نتیجه نمی‌داد اما نخست وزیر لبنان‌‌ همان روز توانست که با نخست وزیر لیبی، سرگرد عبدالسلام جلود، تلفنی گفتگو کند. وی ابتدا فرصت خواست، سپس در تماس بعدی جواب کاردار لیبی را تکرار کرد و افزود که امام موسی صدر از این سفر خشنود نبود و بدون اطلاع مقامات و بدرقه رسمی، لیبی را ترک گفته است. همچنین یکی از کارمندان دولت به نام احمد حطاب او را اتّفاقی در فرودگاه طرابلس مشاهده و با وی خداحافظی کرده است. 

بر اساس پرس وجو درباره اخبار مربوط به امام از کسانی که پس از شرکت در جشن های اول سپتامبر از لیبی بازگشته بودند، روشن شد که: 

* هنگام استقبال از امام در فرودگاه طرابلس، احمد شحاطی، رئیس دفتر روابط خارجی دبیرخانه کنگره عمومی خلق( وزیر امور خارجه لیبی)حضور داشته است. 

* ایشان با همراهانش میهمانان رسمی دبیرخانه کنگره عمومی خلق بوده اند و در هتل الشاطیِ طرابلس اقامت داشته اند. 

* احمد شحاطی با ایشان در تاریخ ۲۶ و ۲۷ اوت ۱۹۷۸ و گو کرد و در یکی از این جلسات، گروه گزارشگری تلویزیون با امام موسی صدر مصاحبه تصویر و سخنان ایشان را ضبط کرد؛ امّا این تصویر هرگز از تلویزیون لیبی پخش نشد! 

*صحبت های طولانی از ایشان درباره اوضاع کنونی لبنان و دنیای عرب ضبط شده است تا در رادیو«الوطن العربی» لیبی پخش شود؛ اما از پخش آن جلوگیری شد! 

* امام هنگام ورود به طرابلس در تاریخ ۲۵ اوت ۱۹۷۸ در انتظار اعلام وقت دیدار با قذافی بوده است، در حالی که به قذافی خبر داده بودند که ناگزیر باید پیش از ۱سپتامبر ۱۹۷۸ به پاریس سفر کنند. 

* همراهان ایشان نیز بنا داشتند که به پاریس سفر کنند. از این رو، یکی از آنان یعنی عباس بدرالدین در تاریخ ۲۹ اوت ۱۹۷۸ با کاردار لبنان در لیبی برای گرفتن ویزای ورود به فرانسه صحبت کرده بود. امام و شیخ محمد یعقوب قبلاً از سفارت فرانسه در بیروت ویزا دریافت کرده بودند. 

*امام و همراهان در حدود ساعت یک بعدازظهر روز ۳۱ اوت ۱۹۷۸ در حالی که از هتل الشاطیِ بیرون آمدند تا سوار ماشین های تشریفات دولتی شوند و به دیدار قذافی بروند، دیده شده اند. قذافی بعد‌ها اعلام کرد که وی ساعت ۱: ۳۰ بعدازظهر آن روز را برای دیدار با امام معین کرده بود؛ اما این دیدار صورت نگرفت؛ زیرا به وی خبر دادند که امام سفر کرده است. 

خبر ناپدید شدن امام موسی صدر به سرعت انتشار یافت و روزنامه های لبنان در تاریخ ۱۲ سپتامبر ۱۹۷۸ آن را در صفحات نخستین خود منعکس کردند. رادیو‌ها و رسانه های خبری خارجی نیز آن را پوشش دادند. یکی از روزنامه های لبنان ـ که با مقامات لیبی ارتباط نزدیکی داشت ـ در این تاریخ این خبر را تحت عنوان «یا رویدادهای ایران با این معما ارتباطی دارد یا نه؟» منتشر کرد. 

این روزنامه در متن خبر خود به بررسی عوامل و امکان ارتباط مسئله ربودن امام با رویدادهای انقلاب ایران پرداخت. خبرگزاری کویت نیز در همین روز خبر را به منابع رسمی لیبی نسبت داد. بعد‌ها روشن شد که منبع این خبر مدیر دفتر خبرگزاری لیبی در بیروت بوده است.