اشاره: روز چهارشنبه، بیستم اسفند ۱۳۹۳ مصادف است با سی‌امین سال درگذشت آیت‌الله العظمی سید حسین خادمی اصفهانی و به همین مناسبت، دکتر محسن کمالیان در سایت صدرپژوهی پرونده ای را به ایشان اختصاص داده است. شرح حال زیر، به قلم ایشان در این پرونده منتشر شده است:آیت الله العظمی حاج سید حسین خادمی (۱۳۱۹ ق/۱۲۸۰ ش-۱۴۰۵ ق/۱۳۶۳ ش): از علما، فقها، اصولیین و مدرسین طراز اول شهر اصفهان، از مراجع علمی و سال‌ها رئیس حوزهٔ علمیهٔ آ ن شهر بود.
نسَبپدرش آیت‌الله سید ابوجعفر خادم‌الشریعه، فرزند آیت‌الله العظمی سید صدرالدین موسوی عاملی فرزند آیت‌الله سید صالح موسوی عاملی بود.
مادرش بانو حاجیه فاطمه خانم صدرالشریعه (خادمی)، دختر حاج میرزا فضل‌الله صدرالشریعه فرزند میرزا نصیر ملاباشی بود که در خانواده به «خانم‌آقا» شهرت داشت. مادر پدرش، بانو جان‌جان خاتون، دختر آیت‌الله العظمی شیخ جعفر کاشف‌الغطا، مرجع مطلق شیعه در روزگار خود بود.
پدرش آیت‌الله سید ابوجعفر خادم‌الشریعه، از علمای طراز اول شهر اصفهان، از بزرگان حوزهٔ علمیه و از محترمین آن شهر محسوب بود که در مسجد نو حاج‌رسولی‌ها اقامه جماعت می‌کرد و در میان طبقات مختلف مردم نفوذ کلام زیادی داشت.
پدر بزرگش آیت‌الله العظمی سید صدرالدین موسوی عاملی، از بزرگ‌ترین مجتهدین روزگار خود در فقه، اصول، حدیث، رجال و ادبیات عرب، بزرگ‌ترین مدرس زمان خود در حوزهٔ علمیهٔ شهر اصفهان و به تعبیر آیت‌الله العظمی سید موسی شبیری زنجانی «از نوابغ دهر» بود که بیش از دو دهه در مسجد نو حاج‌رسولی‌ها اقامهٔ جماعت کرد.
جدش آیت‌الله سید صالح موسوی عاملی از علمای بزرگ لبنان و از مردان بسیار سلیم‌النفس، بزرگوار، با عزت و محترم بود که در سال ۱۱۹۷ ق بر اثر فشاهای احمد جزار پاشا حاکم وقت منطقهٔ جبل‌عامل به نجف کوچید و پس از قریب دو دهه اقامت در همانجا درگذشت.
نسب حاج‌آقا حسین با سی واسطه از طریق جناب ابراهیم اصغر (المرتضی) به امام موسی کاظم (ع) می‌رسد.
شیخ حر عاملی صاحب کتاب گران‌سنگ «وسایل‌الشیعه» از اجداد مادری حاج‌آقا حسین است. چه مادر آقا سید صالح موسوی عاملی، دختر شیخ حر عاملی بود. شیخ زین‌الدین معروف به شهید ثانی نیز یکی از اجداد مادری حاج‌آقا حسین است. چه مادر آقا سید صدرالدین موسوی عاملی، دختر شیخ علی فرزند شیخ محی‌الدین فرزند شیخ علی سبط فرزند شیخ محمد فرزند شیخ حسن صاحب «معالم» فرزند شهید ثانی بود.
به سبب اشتهار پدرش به «خادم‌الشریعه»، چون دیگر برادران، در اصفهان به «خادمی» معروف شد. در عراق اما میان مراجع و علما، عمدتاً به «صدر» یا «موسوی اصفهانی» شهرت داشت. نقل کرده‌اند که آیت الله سید اسماعیل صدر برادر بزرگ شهید آیت‌الله العظمی سید محمدباقر صدر، گاهی به مناسبت گله می‌کرد که وی چرا نام خانوادگی خود را از «صدر» به «خادمی» تغییر داده است. امضایش اکثراً «حسین الموسوی الخادمی» و ندرتاً «حسین بن ابی‌جعفر الموسوی العاملی الاصفهانی» بود.
ولادت و کودکیروز جمعه سوم شعبان سال ۱۳۱۹ ق (۲۴ آبان ۱۲۸۰ ش) مصادف با سالروز ولادت امام حسین (ع) در شهر اصفهان به دنیا آمد. شاید به سبب تولد در این روز مبارک بود که نامش را «حسین» گذاشتند.
در حدود پنج سالگی پدر خود را از دست داد و همراه برادر ابوینی و بزرگ‌ترش، آیت‌الله سید شمس‌الدین خادمی، تحت توجهات خاص مادر بزرگ شد.
از جزئیات دوران کودکی و نوجوانی‌اش اطلاعات چندانی در دست نیست. اما برخی مطلعین چنین نقل کرده‌اند که پس از فوت پدر، آیت‌الله العظمی میر محمدصادق مدرس خاتون‌آبادی سرپرستی او و برادرش آقا سید شمس‌الدین را عهده‌دار شد. مرحوم خاتون‌آبادی، داماد آیت‌الله سید محمدجواد صدرعاملی بود و فرد اخیر، فرزند آقا مجتهد و لذا پسر عموی بلا واسطهٔ آقا سید حسین و آقا سید شمس‌الدین. اگرچه موضوع سرپرستی مرحوم خاتون‌آبادی در هیچ کتاب و مقاله‌ای ذکر نشده و حتی اطلاعات خانوادگی بازماندگان دو خاندان خادمی و صدر آن را تأیید یا انکار نمی‌کند، اما پارهای شواهد عینی و تاریخی مؤید آن است.
یکی از این شواهد، خاطره‌ای است که دکتر محمدعلی اژه‌ای، نوهٔ مرحوم خاتون‌آبادی نقل کرده است. وی وقتی دوازده ساله بود، یعنی در اواسط دههٔ سی شمسی، بعضی روز‌ها حاج‌آقا حسین را مشاهده می‌کرده که پس از تدریس در مدرسهٔ صدر بازار و قبل از مراجعت به منزل، به خانهٔ پدر بزرگ سر می‌زده است تا از مادر بزرگ احوال‌پرسی نماید.
شاهد دیگر، خاطره‌ای است که شهید آیت‌الله دکتر سید محمد حسینی بهشتی نقل کرده است. وی نوهٔ دیگر و بلکه بزرگ‌تر مرحوم خاتون‌آبادی بود. حاج‌آقا حسین در برخی دیدارهای خود با شهید بهشتی، به رغم اینکه هرگز استاد درسی او نبود، این تعبیر را خطاب به وی بکار برده است که من «شما را بزرگ کرده‌ام». در صورت صحت موضوع سرپرستی مرحوم خاتون‌آبادی، طبیعی است که مراحل تحصیلات حوزوی آقا سید حسین و آقا سید شمس‌الدین، تحت نظر ایشان شکل گرفته باشد.
تحصیلات حوزوی در اصفهان و نجفتا سن سیزده سالگی به مدرسهٔ «علمیه» رفت و دورهٔ دبستان را به اتمام رساند. سپس به حوزهٔ علمیهٔ شهر اصفهان وارد شد و به شکل تمام وقت، مقدمات، سطوح و مراحلی از دروس خارج فقه و اصول را نزد علمای مطرح آن روزگار تلمذ نمود. در کنار استعداد سرشار و حافظهٔ قوی، پشتکاری فوق‌العاده داشت. به همین سبب، پیشرفتش در طی مراتب علمی، بسیار سریع بود. آن طور که نوشته‌اند، آیات الله شیخ علی یزدی، آقا میرزا اردستانی و میرزا احمد مدرس اصفهانی از اساتید دروس مقدمات وی بودند. رسائل را نزد آیات الله ملا عبدالکریم گزی و سید علی نجف‌آبادی فرا گرفت. کفایه را نیز از آیت الله سید محمد نجف‌آبادی آموخت. آیت‌الله العظمی میر محمدصادق مدرس خاتون‌آبادی ظاهراً تنها استاد مقطع خارج وی در حوزهٔ اصفهان بود.
پس از طی مراحل فوق‌الذکر، عازم نجف اشرف شد و سالیان متمادی در دروس خارج مراجع و علمای بزرگ آن حوزه شرکت جست. سال عزیمتش به نجف متأسفانه ثبت نشده است؛ اما بر اساس سیر مراحل تحصیلی‌اش چنین به نظر می‌رسد که حدود سال‌های ۱۳۳۸ یا ۱۳۳۹ بوده باشد.
آیات عظام سید ابوالحسن اصفهانی، میرزا حسین نائینی و آقا ضیاء عراقی، اساتید دروس خارج فقه و اصول وی بودند و آیات‌الله سید ابوتراب خوانساری و شیخ محمدجواد بلاغی، اساتید وی در به ترتیب «رجال و درایه» و «کلام و مذاهب».
طی سال‌های تحصیل در نجف، با آیات عظام سید هادی میلانی، سید ابوالقاسم خویی، علامه سید محمدحسین طباطبایی، شیخ محمدعلی کاظمی خراسانی و سید عبدالحسین طیب هم‌مباحثه بود. آیات‌الله شیخ محمدرضا جرقویه‌ای و سید علی‌اصغر به رازانی را نیز نوشته‌اند که از افراد هم‌بحث وی بودند. در درس میرزای نائینی گفته‌اند که از شاگردان مبرز حوزهٔ درسی آن استاد بود.
در ماه ذی‌الحجه سال ۱۳۴۵ ق و در حالی‌که ۲۶ سال بیشتر نداشت، مراجع بزرگ و اساتید حاج‌آقا حسین در حوزهٔ علمیهٔ نجف، شامل آیات عظام شیخ محمدکاظم شیرازی، سید ابوالحسن اصفهانی، آقا ضیاء عراقی، سید ابراهیم حسینی شیرازی مشهور به آقا میرزا اصطهباناتی و میرزای نائینی، هر کدام به طور جداگانه اجازات اجتهاد مفصلی را برای وی صادر کردند. البته اندکی پیش‌تر در ماه شوال همان سال، دو تن از علمای مطرح و مقدس آن روزگار شهر اصفهان، آیات‌الله شیخ محمدعلی شریف اصفهانی و سید محمد مقدس اصفهانی، مراتب اجتهادش را در پاسخ به استعلام او، به طور مکتوب تأیید کرده بودند. سبب استعلام حاج‌آقا حسین از دو عالم اخیر به درستی معلوم نیست. چه به تعبیر آیت‌الله العظمی
سید موسی شبیری زنجانی، وی خود همان وقت از دو عالم مذکور افضل بوده است. شاید نفوذ اجتماعی دو عالم یاد شده در میان مردم آن روزگار شهر اصفهان، شاید نیز قداست و جایگاه معنوی آن‌ها، انگیزهٔ چنین استعلامی بوده است.
آن‌طور که خود در اجازهٔ نقل روایتش به آیت‌الله العظمی سید شهاب‌الدین مرعشی نجفی تصریح کرده است، از آیات عظام میرزای نائینی، سید حسن صدر، سید ابوالحسن اصفهانی، آقا ضیاء عراقی و شیخ محمدکاظم شیرازی اجازهٔ نقل حدیت داشت. برخی محققین نوشته‌اند که از آیت‌الله العظمی میرزا ابراهیم اصطهباناتی نیز اجازهٔ نقل روایت داشت.
بازگشت به اصفهانتاریخ بازگشت حاج‌آقا حسین به اصفهان با دقت ثبت نشده و معلوم نیست.
برخی محققان چنین نوشته‌اند که تحصیلات وی در نجف تا زمان دریافت اجازات اجتهاد مراجع بزرگ آن حوزه به طول انجامید و سپس به زادگاه خود بازگشت. معنای این سخن آن است که حاج‌آقا حسین باید پس از ذی‌الحجهٔ سال ۱۳۴۵ ق و قاعدتاً اوایل سال ۱۳۴۶ ق به اصفهان بازگشته و برای همیشه در این شهر ماندگار شده باشد. این سخن با برخی شواهد موجود تاریخی سازگار نیست. شاید مهم‌ترین این شواهد، عدم حضور حاج‌آقا حسین در هجرت سال ۱۳۴۶ ق علمای اصفهان تحت رهبری آیت‌الله حاج‌آقا نورالله نجفی به شهر قم است که در اعتراض علیه سیاست‌های رضاخان صورت پذیرفت. نه تنها اکثر قریب به اتفاق علما و فضلای شهر اصفهان که بالغ بر سیصد تن گزارش شدند، بلکه آیات‌الله سید حسن خادم‌الشریعه و سید محمدجواد صدرعاملی، برادر بزرگ‌تر و پسر عموی حاج‌آقا حسین نیز در سفر مزبور حضور داشتند. اگر حاج‌آقا حسین آن زمان در اصفهان مستقر بود، با توجه به روحیه و شخصیت اجتماعی سیاسی وی که بعداً تشریح خواهد شد، بعید به نظر می‌رسد که از همراهی علمای مهاجر سرباز می‌زد.
بعضی محققان نوشته‌اند که حاج‌آقا حسین در حدود سال ۱۳۴۷ ق/۱۳۰۸ ش بود که به اصفهان بازگشت. پارهای محققین نیز نوشته‌اند که وی در حوالی سال ۱۳۱۰ ش بود که به اصفهان بازگشت. هیچ‌کدام این اقوال مستند، دقیق و قابل اعتماد نیست.
اطلاعات خانوادگی اما حکایت از آن دارد که حاج‌آقا حسین در سال ۱۳۰۸ ش و در حدود سن ۲۸ سالگی به اصفهان باز می‌گردد، در زادگاه خود ازدواج می‌کند و سپس مجدداً، این بار همراه همسر خود، راهی نجف می‌شود و حدود شش سال دیگر عالیترین مراحل تحصیلات اجتهادی خود را در آنجا پی می‌گیرد. بر اساس این اطلاعات، در سال ۱۳۱۴ ش بود که حاج‌آقا حسین به اصفهان بازگشت و برای همیشه در زادگاه خود ماندگار شد. البته ظاهراً در سفر سال ۱۳۱۴ ش به اصفهان نیز حاج‌آقا حسین قصد بازگشت مجدد به نجف را داشت و حتی برای تهیهٔ جواز سفر خود، همسر و برخی فرزندان خویش اقدام کرده بود. اما عواملی چون شرایط خاص سیاسی امنیتی آن روز ایران و اصفهان در سایهٔ حکومت رضاخان، همچنین نیاز حوزهٔ علمیهٔ شهر اصفهان به وجود عالم مجتهد جوان و تازه‌نفسی مثل حاج‌آقا حسین، نیز تقاضای مادر نامبرده مبنی بر ماندن ایشان در اصفهان، نهایتاً موجبات انصراف وی از بازگشت به نجف را فراهم نمود.
به نظر می‌رسد که برخی شواهد تاریخی، نظریهٔ بازگشت حاج‌آقا حسین به اصفهان در حدود سال ۱۳۱۴ ش را تأیید می‌کند. یکی از این شواهد تاریخی، اجازه‌نامهٔ کتبی مورخ ۳ محرم ۱۳۵۴ ق (معادل ۱۷ فروردین ۱۳۵۴ ش) آیت‌الله العظمی سید ابوالحسن اصفهانی در امور حسبیه به حاج‌آقا حسین است. حاج‌آقا حسین اگر زود‌تر از سال ۱۳۱۴ ش به اصفهان بازگشته بود، قاعدتاً در همان وقت منطقی بود که تقاضای صدور اجازهٔ دخالت در امور حسبیه کند. شاهد تاریخی دیگر، خاطرات ایام تحصیل آیت‌الله العظمی حسینعلی منتظری است. وی که در فاصله سال‌های ۱۳۱۴ تا ۱۳۲۰ ش در حوزهٔ علمیهٔ اصفهان دروس مقدمات و سطح را تلمذ می‌کرده است، هنگام ذکر اسامی مدرسین بزرگ و مطرح آن روزگار، از حاج‌آقا حسین نامی نبرده است. سبب این امر روشن است. هنوز سه چهار سال بیشتر از استقرار حاج‌آقا حسین در اصفهان نگذشته بود و فشار بی‌اندازهٔ فضای خفقان رضاخانی بر حوزه‌ها و روحانیت، امکان برپایی آزاد و گستردهٔ جلسات درس و گل کردن سریع اساتید جوان را به حداقل رسانده بود. اگر حاج‌آقا حسین واقعاً از حدود سال ۱۳۴۶ ق/۱۳۰۶ ش در اصفهان مستقر شده بود، حتماً تا سال ۱۳۲۰ ش فرصت کافی می‌داشت در مجامع علمی آن شهر شهرت یابد و نامش در خاطرات آیت‌الله العظمی منتظری در شمار مدرسان مطرح آن روزگار حوزهٔ علمیهٔ ثبت شود.
صرف‌نظر از این نکته که حاج‌آقا حسین چه سالی به اصفهان بازگشت، اغلب محققین این اطلاعات خانوادگی را تأیید کرده‌اند که انگیزهٔ اصلی وی از عدم بازگشت به نجف، جلوگیری از اضمحلال حوزهٔ علمیهٔ اصفهان و نیز تلاش جهت حفظ ارزش‌ها و آثار دینی در آن شهر بود. همان‌طور که پیش‌تر اشاره شد، بازگشت وی به کشور مصادف بود با فشارهای سنگین حکومت رضاخان بر علماء، روحانیت و حوزه‌های علمیه در شهرهای مختلف ایران، از جمله اصفهان. در همین حال گفته شده است که دعوت علمای وقت اصفهان از حاج‌آقا حسین جهت ماندگار شدن در این شهر، تصمیم وی بر عدم بازگشت به نجف را راسخ‌تر کرد. سال‌ها بعد برخی بزرگان از جمله آیت‌الله العظمی شیخ لطف‌الله صافی گلپایگانی چنین گفتند که «اگر آقای خادمی در نجف باقی مانده بود، یکی از مراجع مسلم تقلید می‌شد». بی‌شک حاج‌آقا حسین خود نیز به این‌گونه مسائل وقوف کامل داشت. لذا مبالغه نیست اگر گفته شود، عدم بازگشت ایشان به نجف و ماندگار شدنش در اصفهان، از فداکاری‌های بزرگ وی در زندگی بود.
فعالیت علمی در اصفهانحاجآقا حسین از همان ابتدای استقرار در اصفهان، تدریس دروس خارج فقه و اصول را در مدرسهٔ صدر بازار آن شهر آغاز کرد. مدرسهٔ صدر در آن روزگار مهم‌ترین مدرسه و مرکز ثقل حوزهٔ علمیهٔ اصفهان و در قلب بازار این شهر واقع بود.
جلسات درس خارج حاج‌آقا حسین، تا آخرین سال‌های حیات وی، یعنی حدود نیم قرن تمام، با جدیت و نشاط ادامه یافت. این جلسات درس، تدریجاً، و خصوصاً از شهریور سال ۱۳۲۰ ش به بعد که دوران خفقان رضاخان به پایان رسید، با استقبال گستردهٔ اهل علم مواجه گشت و توانست «حال و هوایی دیگر بر حوزهٔ اصفهان حاکم کند؛ به گونه‌ای که به پر جمعیت‌ترین و پر مایه‌ترین مجالس درس آن حوزه تبدیل شد». نه تنها فضلاء، بلکه علما و ائمهٔ جماعات شهر اصفهان را نیز نوشته‌اند که در جلسات درس حاج‌آقا حسین حاضر می‌شدند؛ تا جایی‌که دروس خارج فقه و اصول وی، هم در کمیت و هم در کیفیت، تدریجاً رتبهٔ اول را در حوزهٔ علمیهٔ آن شهر حائز شد. جلسات درس خارج اصول او را نوشته‌اند که «از محبوبیت خاصی برخوردار بود». فضلا و طلاب نخبه‌ای که مُمَحِّض در تحصیل و در جست‌وجوی پربار‌ترین درس‌ها بودند، در درس حاج‌آقا حسین شرکت می‌جستند. بی‌شک یکی از عوامل استقبال علماء و فضلای حوزهٔ اصفهان از دروس خارج وی، تشریح آراء و مبانی فقهی و اصولی میرزای نایینی بود که این شاگرد مبرز مکتب نجف با خود به ارمغان آورده بود.
تدریس حاج‌آقا حسین کمک کرد تا حوزهٔ علمیهٔ شهر اصفهان مجدداً بخشی از رونق و شکوه از دست دادهٔ خود را باز یابد. «شوق» و بلکه «ولع» حاج‌آقا حسین به فقاهت، به تدریس مداوم و به گسترش علوم دینی چنان بود که به نوشتهٔ آیت‌الله سید مهدی یثربی کاشانی، حوزهٔ علمیهٔ اصفهان حتی در فصل تابستان که معمولاً حوزه‌های علمیه تعطیل است، شاهد جوش و خروش فراوان بود.
گفته شده است که حاج‌آقا حسین در کنار جلسات درس خارج فقه و اصول، دیگر دروس متعارف حوزوی چون رجال، تفسیر قرآن، کلام و عقائد را نیز تدریس می‌کرد. منزل مرحوم محمدحسن ریاضیات یکی از محافلی بود که جلسات تفسیر قرآن در آنجا برگزار می‌شد. بسته به ضرورت، گاهی برخی کتب سطح فقه و اصول را نیز، از جمله مکاسب، تدریس می‌کرد.
از دیگر اشتغالات علمی جدی و پیوستهٔ حاج‌آقا حسین در اصفهان، برپایی جلسات مباحثهٔ فقهی و اصولی با همگنان بود. نقل شده است که سالیان سال، خصوصاً روزهای پنج‌شنبه را، با آیات‌الله شیخ مهدی نجفی، شیخ جواد کلباسی، شیخ محمدباقر کلباسی، سلطان‌العلما و امام‌جمعه، مباحثات فقه و اصول داشت. همچنین نقل شده است که تابستان‌ها وقتی که به مشهد مشرف می‌شد، با آیات‌الله میلانی، علامه طباطبایی و یاوری، جلسات مباحثهٔ علمی داشت.
علم‌دوستی و جدیت حاج‌آقا حسین در امور علمی، یکی از خصوصیات شخصیتی مهم ایشان بود که راجع به آن نکات آموزندهٔ فراوانی نقل شده است. حاج‌آقا حسین، چه در مقام تحصیل و چه در مقام تدریس و تحقیق، برای علم، مطالعه و تفکر، اهمیت فراوانی قائل بود. وی معتقد بود که در شب‌های درسی نباید جایی رفت و تا آخر شب باید از وقت استفاده و مطالعه کرد. بار‌ها از وی نقل گردید که «طلبه تا به درس مشغول نشده، تحصیل علم برایش واجب کفایی است. ولی پس از شروع بدان، واجب عینی می‌شود». همچنین این توصیه‌اش به جویندگان علم معروف است که «طلبه باید بیش از آنچه از استاد و کتاب فرا می‌گیرد، به تفکر پیرامون مسائل فرا گرفته و زیر و رو کردن آن‌ها بپردازد. زیرا اجتهاد تنها با خواندن حاصل نمی‌شود، بلکه تقویت بنیهٔ فکری نیز لازم دارد». در مورد شدت تمرکزش به هنگام مطالعه و تحقیق از خود او نقل شده است که طی دوران تحصیل در نجف، «شبی خواستم برای شام آبگوشت درست کنم. گوشت و دیگر لوازم را در قابلمه قرار داده و روی چراغ گذاشتم. سپس شروع به مطالعه کردم و چنان غرق تفکر و مطالعه شدم که فکر غذا و گرسنگی را بکلی فراموش کردم. وقتی به خود آمدم که بوی سوختگی غذا فضای حجره را پر کرده و صدای تق‌تق نخود‌ها و استخوان‌ها به گوشم رسید».
اهتمام حاج‌آقا حسین به علم، به تربیت شاگرد و نیز به نشر علم چنان شدید بود که نه تنها خود همهٔ عمر را صرف تدریس، تحقیق و مباحثه کرد، بلکه در حد وسع و توان خویش، برخی مدارس علمیه را بازسازی و کتاب‌خانه‌هایی را نیز در نقاط مختلف تأسیس کرد. مدرسهٔ «عرب‌ها» در بازارچهٔ ساروتقی نزدیک امام‌زاده احمد شهر اصفهان، که پس از درگذشت حاج‌آقا حسین به نام او «خادمی» خوانده شد، همچنین کتاب‌خانه‌های مدرسهٔ ملاعبدالله، مسجد حاج‌رسولی‌ها و مؤسسهٔ احمدیه، نمونه‌هایی از این نوع اقدامات عمرانی وی هستند. تا جایی که توان داشت، در تقویت مدارس علمیه اهتمام جدی ورزید و از جمله در همین راستا از تعطیلی و انحلال مدرسهٔ علمیهٔ ذوالفقار توسط ساواک جلوگیری کرد.
فعالیت و جایگاه دینی در اصفهانیکی دیگر از فعالیت‌های حاج‌آقا حسین پس از استقرار در شهر اصفهان، انجام تکالیف متعارف طبقهٔ روحانیت، یعنی اقامهٔ نماز جماعت و پرداختن به امر وعظ و ارشاد مردم بود. حاج‌آقا حسین ظهر‌ها در مسجد «نو حاج‌رسولی‌ها» و شب‌ها در مسجد «دارالشفاء» اقامهٔ جماعت داشت. رویه‌اش چنین بود که شب‌ها پس از اقامهٔ نماز عشاء منبر می‌رفت، چند مسألهٔ فقهی برای مردم بازگو می‌کرد و سپس روضه‌ای مختصر می‌خواند. شب‌های پنج‌شنبه و جمعه با زبانی ساده و همه‌فهم برای مردم اصول عقائد می‌گفت. در مناسبت‌های مذهبی نیز، خصوصاً در ایام ماه‌های محرم، صفر و رمضان، منبر می‌رفت و مردم را وعظ و ارشاد می‌کرد. اهتمام و جدیتش در امر تبلیغ، ارشاد و راهنمایی مردم، بسیار بود. نوشته‌اند که عالیترین و عمیق‌ترین مباحث فکری و اسلامی را چنان با زبانی عامیانه، ساده و روان مطرح و باز می‌کرد که زن‌ها و مردهای عامی پای منبر نیز مستفیض می‌شدند.
نتیجه آنکه عموم مردم و خصوصاً جوانان، تدریجاً به حاج‌آقا حسین علاقمند شدند و او در قلب‌های طبقات مختلف اجتماع و نیز در جامعهٔ روحانیت اصفهان جایگاهی بلند یافت. آن‌طور که استاد سید جلال‌الدین همایی در کتاب ارزشمند خود «تاریخ اصفهان» آورده است، حاج‌آقا حسین قبل از اتمام نگارش مقدمهٔ کتاب مزبور در سال ۱۳۶۶ ق، در زمرهٔ پیشوایان دینی شهر قرار گرفته بود. آیت‌الله ابراهیم امینی نجف‌آبادی نیز که طی سال‌های ۱۳۲۱ تا ۱۳۲۶ ش در حوزهٔ علمیهٔ اصفهان دروس مقطع سطح را می‌گذارند، در خاطرات خود آورده است که حاج‌آقا حسین در آن روزگار بعد از آیت‌الله سید محمدرضا خراسانی دومین عالم بزرگ شهر بود که به فضلا و طلاب شهریه می‌داد. آیت‌الله سید محمدعلی روضاتی نیز در کتاب ارزشمند خود «زندگانی حضرت آیت‌الله چهارسوقی» که نگارش آن در سال ۱۳۷۲ ق پایان یافت، آورده است که حاج‌آقا حسین «از طبقهٔ اول علماء و مدرسین اصفهان» محسوب است. علامه سید عبدالله شرف‌الدین نیز در خاطرات خود آورده است که طی سفر سال ۱۳۷۴ ق خود به اصفهان، حاج‌آقا حسین را پرچم‌دار اصلی روحانیت آن شهر و مرجع دین و دنیای مردم یافته بود. آیت‌الله العظمی منتظری نیز در خاطرات سال ۱۳۴۲ ش خود آورده است که حاج‌آقا حسین، آن روزگار «آیت‌الله اصفهان» بود.
فعالیت سیاسی در زمان پهلوی اولیکی از مهم‌ترین خصوصیات حاج‌آقا حسین، حضور فعال او در عرصهٔ سیاست بود. حاج‌آقا حسین از جمله روحانیون عالی‌مرتبهٔ انگشت‌شماری بود که دخالت مجتهدین در امر سیاست را بخشی از رسالت دینی و شرعی آن‌ها می‌دانست. به همین سبب، وی از روز بازگشت به اصفهان تا آخرین روز حیات، هر جا ضرورت و تکلیف احساس کرد، هوشمندانه و شجاعانه وارد عرصهٔ سیاست شد. آن‌طور که نوشته‌اند، نقش‌آفرینی‌اش در تحولات سیاسی قرن اخیر شهر اصفهان، کم‌نظیر یا بی‌نظیر بود.
در همان دوران رضاخان، علیه برخی مصوبات حکومت مرکزی چون اتحاد لباس، کشف حجاب و جلوگیری از برپایی مراسم عزاداری امام حسین (ع) قد بر افراشت، اعتراض‌ها و سخنرانی‌ها کرد. آن‌طور که نوشته‌اند، مواضع وی موجب شد تا «مأموران حکومت رضاخان مدتی منزل او را تحت نظر قرار دادند به طوری‌که خروج وی از خانه ممکن نبود». حکومت رضاخان همچنین به رغم اینکه او از مراجع بزرگ نجف اجازهٔ اجتهاد داشت، از دادن جواز استفاده از لباس روحانیت به وی خودداری کرد. حاج‌آقا حسین اما متناسب با شرایط و امکانات، راه مقاومت را در پیش گرفت و مثلاً برای زنده نگاه داشتن شعائر دینی، مراسم عزاداری حسینی را نیمه‌های شب با حضور برخی خواص در منزل خود برپا می‌کرد.
فعالیت سیاسی در زمان پهلوی دوم در دوران حکومت محمدرضا پهلوی، حاج‌آقا حسین از همان ابتدا و بلافاصله پس از شهریور سال ۱۳۲۰ ش، فرصت باز شدن نسبی فضای سیاسی کشور را مغتنم شمرد و آیت‌الله میرزا حسن چهارسوقی از بزرگان وقت علمای اصفهان را یاری کرد تا «هیأت علمیهٔ اصفهان» را احیاء و فعال سازد. رسالت اصلی هیأت مزبور، سرپرستی کلیهٔ شئون جامعهٔ روحانیت شهر اصفهان، اعلان موضع به نمایندگی از روحانیت اصفهان در مسائل فرهنگی، اجتماعی و سیاسی جامعه و همچنین ایجاد هماهنگی میان روحانیت اصفهان با روحانیت دیگر شهرهای بزرگ ایران بود. این هیأت تعداد پنجاه تن از چهره‌های شاخص وقت روحانیت اصفهان را در بر می‌گرفت و علاوه بر آیت‌الله چهارسوقی و خود او، بزرگانی چون آیات‌الله سید عبدالحسین طیب، شیخ مهدی نجفی مسجدشاهی و میرزا ابوالحسن شمس‌آبادی در آن عضویت داشتند. ریاست هیأت پس از درگذشت آیت‌الله چهارسوقی در سال ۱۳۳۶ ش، بر عهدهٔ حاج‌آقا حسین افتاد. جلسات منظم و هفتگی اعضای هیأت در منزل حاج‌آقا حسین و دیگر علما زمینه‌ای فراهم ساخت تا روحانیت شهر اصفهان در اقدامات فرهنگی، اجتماعی و مبارزات سیاسی خود هماهنگ شوند. بسیاری از اقدامات حاج‌آقاحسین طی سالیان بعد در عرصه‌های فرهنگ، اجتماع و سیاست، در قالب این هیأت صورت پذیرفت.
در کنار هیئت علمیهٔ شهر اصفهان، خصوصاً از دههٔ چهل شمسی به بعد، تدریجاً هیئت‌های دیگری نیز ویژهٔ وعاظ، مدارس ملی و دبیران روحانی فرهنگی برپا شد که همگی با حاج‌آقا حسین ارتباط تنگاتنگ داشتند و بعضاً برنامه‌ها و فعالیت خود را با ایشان هماهنگ می‌کردند.
از اولین فعالیت‌های سیاسی حاج‌آقا حسین در دوران پهلوی دوم، می‌توان حمایت پیوستهٔ وی از آیت‌الله سید ابوالقاسم کاشانی را در جریان نهضت ملی نفت برشمرد. فعالیت سیاسی دیگر او در آن مقطع، حمایت معنوی و عملی از مبارزات فدائیان اسلام بود. روابط حاج‌آقا حسین با فدائیان اسلام در حدی بود که نواب صفوی در سفری که به شهر اصفهان داشت، با ایشان دیدار و گفتگو کرد. از دیگر اقدامات حاج‌آقا حسین در این مقطع، ارسال نامه‌ای سرگشاده همراه دیگر بزرگان هیئت علمیهٔ اصفهان به رئیس وقت مجلس شورای ملی و مطالبهٔ جدی «صدور و دستور اکید منع تهیه و فروش» مشروبات الکلی در سراسر کشور بود.
حاج‌آقا حسین بعد از سرکوب شدن حرکت‌های آیت‌الله کاشانی، دکتر مصدق، فدائیان اسلام و قبل از آغاز نهضت اسلامی ایران به رهبری امام خمینی نیز هرگاه اقدامی خلاف ارزش‌ها و مصلحت اسلامی از سوی حکومت مشاهده کرد، هوشمندانه و شجاعانه برابر آن موضع گرفت. از جمله در مرداد سال ۱۳۳۸ ش طی نامه‌ای به دکتر منوچهر اقبال نخست‌وزیر وقت، جشن ادارهٔ فرهنگ اصفهان در دانشسرای مقدماتی آن شهر را که با آواز و رقص مختلط پسران و دختران همراه بود، مورد اعتراض قرار داد. همچنین در سال ۱۳۴۰ ش نامه‌ای به دکتر علی امینی نخست‌وزیر وقت نوشت و جلوگیری از مظاهر فساد را در جامعه خواستار شد. آن‌طور که در اسناد ساواک آمده است، حاج‌آقا حسین به سبب این نوع اعتراضات آزادامنشانه، بار‌ها توسط ساواک اصفهان احضار گردید، اما هرگز اعتنایی نکرد. از جمله در اسناد ساواک آمده است که پاسخ وی به یکی از فرستادگان آن روزگار ساواک اصفهان چنین بود: «من ملعبهٔ دست رئیس سازمان نیستم. اگر ایشان با من کاری دارند، به منزل من بیایند. آدرس منزل من خیابان شیخ ابومسعود منزل حاج‌آقا حسین خادمی است. همهٔ اهالی محل آدرس منزل من را می‌دانند. هرکه با من کار دارد، می‌تواند من را در منزل ملاقات کند».
نقش‌آفرینی در نهضت امام خمینیاز همان آغاز نهضت اسلامی مردم ایران به رهبری امام خمینی در سال ۱۳۴۱ ش، حاج‌آقا حسین از ارکان اصلی این نهضت، بلکه محور و رهبر بلامنازع نهضت در شهر و استان اصفهان بود. نقش حاج‌آقا حسین در این نهضت، با نقش امثال شهید آیت‌الله شیخ محمد صدوقی در یزد، شهید آیت‌الله سید عبدالحسین دستغیب در شیراز و شهید آیت‌الله سید محمدعلی قاضی طباطبایی در تبریز قابل مقایسه است.
در پی درگذشت آیت‌الله بروجردی در فروردین سال ۱۳۴۰ ش، حاج‌آقا حسین از مروجان مرجعیت دینی امام خمینی شد. بسیاری از روحانیون اطراف ایشان نیز، از جمله آیات‌الله و حجج‌اسلام احمد امامی، حسین امامی، فخرالدین کلباسی، کمال فقیه ایمانی، سید جمال‌الدین موسوی، مهدی مظاهری و مرتضی منصورزاده، به منظور ترویج و تثبیت مرجعیت دینی امام خمینی فعال شدند. بازاری‌های مرتبط با ایشان نیز عمدتاً مقلد امام خمینی شدند. موقعیت دینی حاج‌آقا حسین در شهر اصفهان، که در این مقطع از زمان دیگر عملاً در ادارهٔ حوزهٔ علمیهٔ شهر نیز نقشی کلیدی ایفا می‌کرد، موجب گردید تا اکثر متدینین تدریجاً به زعامت دینی امام خمینی گرایش پیدا کنند و مرجعیت دینی نامبرده به مرور زمان ترویج و تثبیت شود. سبب اقدام حاج‌آقا حسین به ترویج مرجعیت امام خمینی، نه اعتقاد به اعلمیت ایشان، بلکه توجه به هر دو جایگاه رفیع علمی و مبارزاتی امام راحل و جمع این دو خصوصیت مهم در وجود ایشان بود. انگیزهٔ اصلی حاج‌آقا حسین از ترویج مرجعیت دینی امام خمینی، تقویت مبارزات سیاسی ایشان بود.
دوران نقش‌آفرینی حاج‌آقا حسین در نهضت امام خمینی را می‌توان به چهار دورهٔ متمایز تقسیم کرد: ۱- از غائلهٔ تصویب‌نامهٔ انجمن‌های ایالتی و ولایتی در سال ۱۳۴۱ ش تا تبعید امام خمینی به ترکیه در آبان سال ۱۳۴۳ ش؛ ۲- از آبان سال ۱۳۴۳ ش تا فوت آیت‌الله آقا مصطفی خمینی در آبان سال ۱۳۵۶ ش؛ ۳- از آبان ۱۳۵۶ ش تا پیروزی انقلاب اسلامی ایران در بهمن سال ۱۳۵۷ ش؛ ۴- دوران پس از پیروزی انقلاب تا آخرین روز حیات.
مبارزات سیاسی سال‌های ۴۱-۴۳در آبان ۱۳۴۱ ش و در پی مخالفت قاطع امام خمینی و دیگر مراجع عظام تقلید در قم با تصویب‌نامهٔ انجمن‌های ایالتی و ولایتی، حاج‌آقا حسین اطلاعیه‌ای با امضای خود و سی تن از بزرگان روحانیت اصفهان منتشر نمود که طی آن مصوبهٔ مزبور شدیداً مورد اعتراض واقع شده بود. پیگیری حاج‌آقا حسین موجب گردید که بازاریان، کسبه و تجار اصفهان نیز اعتراض مکتوب خود را علیه این تصویب‌نامه اعلان کنند. وقتی رژیم شاه پس از دو ماه اعتراض مردم در سرتاسر ایران تحت رهبری روحانیت تصویب‌نامه را باز پس گرفت، مردم اصفهان به دستور حاج‌آقا حسین و دیگر روحانیون بزرگ شهر خیابان‌ها و کوچه‌ها را به نشانهٔ شادمانی بابت عقب‌نشینی حکومت چراغانی کردند.
حاج‌آقا حسین در بهمن ۱۳۴۱ ش و پیرو دریافت پیام شفاهی امام خمینی به واسطهٔ آیت‌الله شیخ مرتضی مقتدایی، همگام با امام راحل و دیگر مراجع عظام تقلید در قم، علیه جریان رفراندم اصول ششگانه یا انقلاب سفید قاطعانه موضع گرفت. وی ابتدا طی اطلاعیه‌ای به امضای خود و برخی علمای بزرگ شهر، مخالفت صریح خود با اصول ششگانه را اعلان و مردم را به عدم شرکت در رفراندم دعوت کرد. پس از آن و پیشاپیش علماء، یک راهپیمایی اعتراض‌آمیز از مسجد شاه تا مسجد جامع ترتیب داد که مورد استقبال شدید مردم قرار گرفت. متعاقب این راهپیمایی، بازار اصفهان به توصیهٔ وی در اعتصاب فرو رفت. دروس حوزهٔ علمیهٔ اصفهان نیز، افزون بر عدم برپایی نمازهای جماعت در تمامی مساجد شهر، رسماً تعطیل اعلان شد. حاج‌آقا حسین هرچند در پی این اقدامات ساعاتی را محترمانه بازداشت و به مقر ساواک اصفهان برده شد، اما به سبب اجتماع فوری و اعتراض‌آمیز علماء در مقابل ساختمان استانداری، خیلی زود آزاد گردید.
رفراندم اگرچه به صورت صوری برگذار شد، اما مشارکت مردم در آن بسیار کم‌رنگ بود. مراسم بزرگداشت سالگرد آیت‌الله کاشانی در مسجد نو بازار اصفهان که یکی از روزهای اسفند سال ۱۳۴۱ ش به دعوت و میزبانی حاج‌آقا حسین برپا شد، مناسبت دیگری بود که قدرت و شکوه روحانیت را به رخ رژیم پهلوی کشانید.
در پی حملهٔ وحشیانهٔ رژیم شاه به مدرسهٔ فیضیه در روز ۲ فروردین سال ۱۳۴۲ ش، حاج‌آقا حسین روحانیون شهر اصفهان را بسیج و از روز ۶ فروردین نمازهای جماعت کلیهٔ مساجد شهر را به نشانهٔ اعتراض تعطیل کرد. این اعتصاب که تا روز ۱۲ فروردین به طول انجامید، موجب شد تا بازار اصفهان نیز به طور کامل و یک‌پارچه برای روزهای پی در پی تعطیل شود. حاج‌آقا حسین روز ۱۴ فروردین تلگراف مشترکی را همراه آیات‌الله سید محمدرضا خراسانی، سید ابوالحسن شمس‌آبادی و شیخ مهدی نجفی برای آیت‌الله العظمی سید ابوالقاسم خویی ارسال و تلاش کرد تا مراجع و علمای نجف را نیز در کارزار روحانیت ایران علیه رژیم شاه سهیم سازد. چندهفته بعد حاج‌آقا حسین همراه هفتاد تن از علمای اصفهان نامه‌ای به امام خمینی در قم نوشتند و جنایت اخیر رژیم و اقدامات دین‌ستیزانهٔ آن را با شدت محکوم کردند. آیت‌الله دکتر سید محمد حسینی بهشتی یکی از امضاء کنندگان نامهٔ اخیر بود.
محرم سال ۱۳۴۲ ش شهرهای مختلف ایران به درخواست امام خمینی، صحنهٔ نمایش اعتراضات مردمی علیه سیاست‌های دین‌ستیز رژیم شاه شد. در اصفهان نیز با هدایت حاج‌آقا حسین و دیگر علمای بزرگ شهر، مراسم عزاداری مساجد و تکایا، خصوصاً عزاداری پیش از ظهر روز عاشورا در مسجد شاه و سپس راهپیمایی بعد از ظهر خیل عزاداران به سوی مدرسهٔ چهارباغ، از این فاعده مستثنی نبود. در روز ۱۱ محرم مردم اصفهان با تشویقات و پیگیری حاج‌آقا حسین دعوت امام خمینی را پاسخ مثبت گفتند و با تشکیل صف‌های طولانی جلوی بانک‌های شهر، اشتیاق خود را برای کمک مالی به بازسازی مدرسهٔ فیضیه به نمایش گذاردند.
با دستگیری امام خمینی در روز ۱۵ خرداد سال ۱۳۴۲ ش، موج اعتراضات مردمی سراسر ایران را فرا گرفت. آن‌طور که در گزارش‌ها آمده است، حجم اعتراضات در اصفهان، پس از قم و تهران، بیش از دیگر شهرهای کشور بود. به مجرد انتشار خبر دستگیری امام راحل، حاج‌آقا حسین علمای بزرگ و متنفذ شهر را گرد هم آورد و بالاتفاق طی اطلاعیه‌ای مشترک دستگیری ایشان را قاطعانه محکوم کردند. با هدایت حاج‌آقا حسین بازار اصفهان در اعتصاب فرو رفت، نمازهای جماعت مساجد و همچنین مجالس درس حوزهٔ علمیهٔ این شهر نیز تعطیل شد. تلاش‌های مجدانهٔ حاج‌آقا حسین که هدف داغ کردن تنور مبارزه علیه رژیم شاه را دنبال می‌کرد، ابعاد اعتصاب را در سرتاسر شهر گسترش داد و دانشگاهیان، فرهنگیان و کارگران را نیز افزون بر روحانیون و بازاریان در بر گرفت. حاج‌آقا حسین طی اطلاعیه‌ای با امضای خود و سه تن از علمای ارشد اصفهان در روز ۱۶ خرداد تصریح کرد که «دین خدا در معرض خطر دشمنان اسلام قرار گرفته» و «بر عموم اهالی متدین اصفهان لازم است که با تمام قوا در نهضت مقدس مذهبی به رهبری حضرات آیات عظام مراجع تقلید... تا حصول نتیجهٔ قطعی شرکت نمایند». حاج‌آقا حسین همچنین اعضای جلسه‌ای نیمه مخفی به نام «انجمن مرکزی» را که از علاقمندان ایشان بودند، بسیج کرد تا جهت سازماندهی اعتراضات مردم اصفهان و همچنین کمک‌رسانی به مردم مبارز در شهرهای قم و تهران چاره‌اندیشی کنند. اعتصاب و تعطیلی بازار اصفهان بیش از یک هفته به طول انجامید و تظاهرات اعتراض‌آمیز هر روز مردم، به رغم درگیری مأموران رژیم با آن‌ها، بر اساس هدایت و تدابیر حاج‌آقا حسین ادامه یافت. روند تحولات سیاسی شهر اصفهان و حرف‌شنوی روحانیت، بازار و طبقات مختلف مردم موجب شد تا نقش محوری حاج‌آقا حسین در راهبری شهر بیش از گذشته آشکار شود.
حاج‌آقا حسین در روز ۲۰ تیر ماه، پیرو پیشنهاد یا دعوت آیات عظام میلانی و شریعتمداری، همگام با علمای ارشد دیگر بلاد کشور، راهی تهران شد تا بالاتفاق و به طور عملی برای آزادسازی امام خمینی اقدام کنند. حاج‌آقا حسین از نخستین عالمان بزرگی بود که در تاریخ ۲۷ تیر ماه اطلاعیهٔ معروف و کثیرالامضای علمای بلاد را خطاب به «آیت‌الله العظمی آقای خمینی مرجع عالیقدر تقلید» امضاء و طی آن بر مرجعیت امام راحل تأکید کرد. این اطلاعیه تدبیری بود که با انگیزهٔ مرتفع شدن سایهٔ خطر اعدام از سر امام خمینی اتخاذ شده بود. حاج‌آقا حسین همچنین در روز ۲ مرداد همراه عالمان بزرگ دیگر بلاد اطلاعیه‌ای را خطاب به «ملت مسلمان ایران» منتشر کرد که طی آن امام خمینی «از مراجع مسلم تقلید» خوانده شده بود، جایگاه علمی و مذهبی ایشان مفصلاً تشریح و اقدامات رژیم شاه علیه نامبرده محکوم گردیده بود. برخی علماء ایرانی مقیم نجف اشرف نیز در همان ایام طی نامه‌ای مشترک نقش حاج‌آقا حسین را در حمایت از امام خمینی صمیمانه مورد تجلیل قرار دادند. متعاقب تبدیل حبس امام خمینی به حصر در منزلی واقع در محلهٔ قیطریهٔ تهران، علماء بزرگ بلاد به شهرهای خویش باز گشتند و مردم اصفهان استقبالی باشکوه و کم‌سابقه از حاج‌آقا حسین به عمل آوردند.
اواخر مرداد سال ۱۳۴۲ ش و پس از فروکش کردن موج التهابات مردمی در شهرهای بزرگ کشور به سبب کسب اطمینان از سلامتی و امنیت امام خمینی، رژیم شاه به فکر اجرای انتخابات نمایشی مجلس بیست و یکم افتاد. حاج‌آقا حسین و علمای طراز اول اصفهان همگام با دیگر علمای بزرگ بلاد در روز ۳۱ مرداد طی اطلاعیه‌ای انتخابات مزبور را «نمایشی» خواندند و حضور مردم در آن را تحریم کردند. وی در اطلاعیهٔ دیگری که چند روز بعد همراه با بزرگان اتحادیه‌ها، صنوف و بازار امضا کرد، ضمن «جبار» خواندن رژیم پهلوی، روز ۲۵ شهریور را تعطیل عمومی اعلان کرد. حاج‌آقا حسین افزون بر این دو اطلاعیه، با امضاء اطلاعیه‌های دیگری نیز که طی روزهای بعد به نام «جامعهٔ روحانیت اصفهان» و «مسلمانان غیور» میان مردم پخش شد، آن‌ها را به تحریم انتخابات تشویق کرد. وی در روز ۱۳ مهر و به مناسبت افتتاح مجلس بیست و یکم، طی اطلاعیه‌ای مردم اصفهان را دعوت کرد تا با برپایی اعتصاب عمومی و بستن بازار و مغازه‌ها، اعتراض خود را علیه گشایش مجلس شورای نمایشی اعلان کنند. ساواک اصفهان در گزارش مورخ ۱۳ مهر خود به ساواک مرکز، آیات‌الله خادمی و حسینعلی منتظری را عاملان اصلی اعتصاب مردم در به ترتیب اصفهان و نجف‌آباد معرفی نمود. ساواک اصفهان در روز ۱۵ مهر حاج‌آقا حسین را به مقر خود احضار و با حضور تیمسار پاکروان که از تهران آمده بود، نقش وی در هدایت اعتراضات مردمی را مورد اعتراض قرار داد. فشارهای روحی روانی ساواک اما اثری نداشت و حتی بازداشت حاج‌آقا حسین خلاف مصلحت شهر تشخیص داده شد.
حاج‌آقا حسین در اسفند سال ۱۳۴۲ ش همراه تعداد ۵۵ تن از مجتهدین و روحانیون بلند مرتبهٔ شهر اصفهان نامه‌ای به مقامات عالی مرتبهٔ کشور نوشت و رسماً آزادی امام خمینی را مطالبه کرد. به دنبال آزادی امام خمینی در اواسط فروردین سال ۱۳۴۳ ش، حاج‌آقا حسین همراه جمعی از بزرگان اصفهان در روز ۱۷ فروردین عازم شهر قم شد تا از امام دیدن کند. وی پس از بازگشت به اصفهان، مجالس جشن و سرور مردمی متعددی را در مساجد، بازار و مدارس علوم دینیه ترتیب داد تا از امام خمینی تجلیل شود و حکومت نیز هرچه بیشتر در انزوا قرار گیرد. یکی از مهم‌ترین این مجالس در روز ۲۹ فروردین به میزبانی شخص حاج‌آقا حسین در مدرسهٔ صدر بازار برپا شد و طی آن آزادی امام خمینی رسماً جشن گرفته شد. حاج‌آقا حسین طی روزهای بعد نیز گروه‌های مختلف مردمی را به قم گسیل داشت تا به‌واسطهٔ دیدار با امام خمینی، شخصیت، حرکت و مطالبات ایشان مورد توجه، حمایت و تقویت بیشتر قرار گیرد. وی خود نیز در اولین روزهای اردیبهشت ماه مجدداً همراه گروهی از علما و مردم اصفهان برای دیدار امام خمینی رهسپار قم شد و ضمن انجام یک راهپیمایی از مطالبات سیاسی ایشان حمایت کرد. گفته شده است که امام خمینی طی دیدار اخیر از مردم اصفهان تشکر و حاج‌آقا حسین را به عنوان نمایندهٔ خود در این شهر معرفی کرد. ظاهراً طی یکی از دو سفر اخیر حاج‌آقا حسین به شهر قم، امام خمینی به بازدید ایشان آمد و این بازدید در منزل آیت‌الله منتظری صورت پذیرفت.
تیمسار مقدم رئیس وقت ساواک کل کشور در روز ۷ اردیبهشت به ساواک اصفهان دستور داد تا حاج‌آقا حسین را به اتهام تلاش جهت ایجاد شکاف میان روحانیت و دولت، بازداشت و به تهران اعزام کند. ساواک اصفهان اما دستگیری ایشان را به مصلحت فضای امنیتی شهر ندانست و اِعمال مراقبت شدید علیه وی را پیشنهاد کرد. حاج‌آقا حسین در آستانهٔ عید غدیر مجدداً اطلاعیه‌ای صادر و از مردم اصفهان دعوت نمود تا در مجلس جشن مورخ ۱۱ اردیبهشت «هیئت متوسلین به حضرت مهدی موعود» حضور یابند که به مناسبت فرا رسیدن عید و همچنین به شکرانهٔ آزادی امام خمینی برپا می‌شد.
در اواخر بهار سال ۱۳۴۳ ش حاج‌آقا حسین در انظار جامعه و دولت دیگر به شخصیتی بدل شده بود که به سبب جایگاه تراز اول علمی، دینی و تقوایش مورد وثوق عموم مردم است و از طرفی وکالت شرعی و نمایندگی امام خمینی را در اخذ وجوهات شرعیه و هزینهٔ آن‌ها در محل مورد نظر، بر عهده دارد. در اسناد وقت ساواک نیز چنین گزارش شده است که وی از روز ۱۴ اردیبهشت رسماً نمایندگی امام راحل را عهده‌دار شده بود. آن‌طور که برخی مورخین نوشتند، امام خمینی از این زمان به بعد مسائل مرتبط با اصفهان را غالباً به حاج‌آقا حسین ارجاع می‌داد.
حاج‌آقا حسین در اولین سالگرد حملهٔ وحشیانهٔ سربازان رژیم شاه به مدرسهٔ فیضیه، بدون اخذ مجوز و به رغم مخالفت ساواک و شهربانی، بر آن شد تا یاد شهدای این فاجعه را گرامی بدارد. وی طی اطلاعیه‌ای از مردم اصفهان خواست تا مراسم صبح عاشورا را در مسجد سید بپا دارند و عصر همان روز از آنجا به مقصد مسجد شاه راهپیمایی کنند. حرکت راهپیمایی با جلوداری حاج‌آقا حسین و برخی روحانیون از محل مسجد سید به سوی مسجد شاه آغاز شد، اما متعاقب یورش شدید مأموران رژیم، به درگیری مردم با نظامیان منجر و نهایتاً با از هم‌پاشیدگی جمعیت پایان یافت.
سخت‌گیری‌ها، سرکوب‌ها و فشارهای بیش از حد رژیم شاه باعث گردید تا از بهار سال ۱۳۴۳ ش اعتراضات مردمی کم‌کم از حالت راهپیمایی خارج و به مجالس دینی، سیاسی و حرکات زیرزمینی تبدیل شود.
مبارزات سیاسی سال‌های ۴۳-۵۶شامگاه روز ۱۳ آبان سال ۱۳۴۳ ش، یعنی ۱۰ روز پس از سخنرانی تاریخی و شدیداللحن امام خمینی در مسجد اعظم قم علیه طرح کاپیتولاسیون، مأموران رژیم ایشان را دستگیر و بلافاصله به کشور ترکیه تبعید کردند. در پی انتشار خبر تبعید امام راحل به ترکیه، روحانیت اصفهان به رهبری حاج‌آقا حسین همگام با روحانیت سراسر کشور اعلان اعتصاب کرد و نمازهای جماعت مساجد و درس‌های حوزهٔ علمیه رسماً تعطیل اعلان شد. بازاریان اصفهان نیز در سطحی گسترده به اعتصابیون پیوستند، تا جائی‌که حتی در کوچه‌ها و خیابان‌ها، مغازه‌ها تعطیل گردید. حاج‌آقا حسین و علمای ارشد اصفهان با انتشار اطلاعیه‌ای از مردم خواستند در مسجد سید اجتماع و از آنجا یک راهپیمایی اعتراض‌آمیز به مقصد مسجد شاه برپا کنند. تجمع مردم اصفهان در مسجد سید و راهپیمایی آن‌ها به سوی مسجد شاه توسط نیروهای رژیم شاه با خشونت در هم کوبیده شد.
حاج‌آقا حسین وقتی با ملاحظهٔ شرایط موجود از تلاش‌های خود و جامعهٔ روحانیت ایران برای بازگرداندن امام خمینی از تبعید به کشور ناامید شد، واقع‌گرایانه و هوشمندانه در چارچوب امکانات و محدودیت‌های وقت بر آن شد تا حرکت و فعالیت خود را چنان طراحی و اجرا کند، که اولاً نام و یاد امام راحل در اصفهان و ایران زنده باقی بماند؛ ثانیاً و مهم‌تر از آن، شعلهٔ نهضت مقدس دینی ایران علیه رژیم شاه به طور کامل خاموش نشود. برخی مبارزان آن روزگار اعتقاد دارند که این «وجود حاج‌آقا حسین در رأس حوزهٔ علمیهٔ اصفهان» و فعالیت‌های شخص نامبرده بود که مانع از آن گشت تا شعلهٔ مبارزات مردم اصفهان علیه رژیم پهلوی خاموش گردد. اهمیت نقش حاج‌آقا حسین در مبارزات سیاسی آن روزگار مردم اصفهان زمانی بیشتر آشکار می‌شود که توجه گردد، برخی عالمان برجستهٔ اصفهان بنابر دلایلی که هر یک داشتند، از سال ۱۳۴۳ ش به بعد تدریجاً عرصهٔ مبارزهٔ جدی با رژیم شاه را ترک گفتند. شرایط جدید موجب گردید تا حاج‌آقا حسین عملاً در میدان مبارزه تنها شود و البته حضور و تلاش وی پررنگ‌تر گردد.
یکی از اقدامات حاج‌آقا حسین در دوران فترت مبارزات، دعای مداوم برای سلامتی امام خمینی در سخنرانی‌ها، خطابه‌ها و بر روی منابر بود. اقدام متواضعانه و شجاعانهٔ دیگر ایشان طی دوران فترت مبارزات آن بود که با توجه به ممنوعیت نام امام راحل در سراسر کشور، از طرف آن بزرگوار اما به نام خودشان، شهریهٔ طلاب را در شهر اصفهان پرداخت می‌کردند. هم طلبه‌ها می‌دانستند و هم خود حاج‌آقا حسین تصریح و تصدیق داشت، که شهریهٔ مزبور از سوی امام خمینی است. همهٔ تلاش‌های ساواک اصفهان برای تعطیل شدن این شهریه با پایمردی حاج‌آقا حسین مواجه و با شکست مواجه شد.
از دیگر اقدامات حاج‌آقا حسین طی دوران فترت مبارزات آن بود که اصفهان به مرکز فعال چاپ و توزیع سخنرانی‌ها و اطلاعیه‌های امام خمینی در سراسر کشور تبدیل شد. حاج‌آقا حسین در برخی مدارس علمیهٔ اصفهان تجهیزات و امکانات چاپ و تکثیر راه‌اندازی کرده بود که توسط شبکه‌ای منظم زیر نظر مستقیم ایشان فعالیت می‌کرد. نوشته‌اند که هیچ اطلاعیه‌ای چاپ و تکثیر نمی‌شد، مگر آنکه پیش‌تر توسط شخص حاج‌آقا حسین بررسی و تأیید شده بود. از جمله طلابی که در این عرصه فعال بود و زیر نظر مستقیم حاج‌آقا حسین فعالیت می‌کرد، فردی به نام شیخ حسن عطایی بود. وی بعد‌ها مورد شناسایی و تعقیب ساواک قرار گرفت و لذا از ایران به عراق و لبنان گریخت و در شهر صور تحت حمایت امام صدر قرار گرفت.
حاج‌آقا حسین در نوروز سال ۱۳۴۴ ش و به رغم فشار‌ها و تهدیدهای ساواک، علناً به روحانیون و مردم اصفهان اعلان کرد که پیرو تصمیم آیت‌الله العظمی میلانی در مشهد، «امسال به واسطهٔ تبعید آیت‌الله خمینی، عید در ایران نداریم». حاج‌آقا حسین در مهر سال ۱۳۴۴ ش و پیرو دریافت خبر انتقال امام خمینی از ترکیه به نجف، این خبر مسرت‌بخش را از بالای منبر به عموم مردم اعلان و سپس طی تلگرافی مراتب خوشنودی خود، روحانیت و مردم اصفهان را به امام راحل ابلاغ کرد. امام خمینی نیز طی نامهٔ مورخ ۲۳ بهمن سال ۱۳۴۴ ش خود به حاج‌آقا حسین، از تصدی مسئولیت ادارهٔ حوزهٔ علمیهٔ شهر اصفهان توسط وی و حسن جریان آن ابراز خوشنودی و همچنین ضرورت حمایت مالی بازار آن شهر از حوزهٔ علمیهٔ قم را گوشزد کرد.
برخی بزرگان البته تاریخ آغاز ریاست حاج‌آقا حسین بر حوزهٔ علمیهٔ اصفهان را بعد از درگذشت آیت‌الله سید محمدرضا خراسانی در سال ۱۳۵۶ ش دانسته‌اند که با توجه به مفاد نامهٔ فوق‌الذکر امام راحل، به نظر می‌رسد سخن دقیقی نیست. شواهد تاریخی دیگر نیز نشان می‌دهد که حاج‌آقا حسین از نیمهٔ اول دههٔ چهل شمسی، یعنی در زمان حیات آیت‌الله خراسانی، عملاً ادارهٔ حوزهٔ علمیهٔ اصفهان را در دست گرفت یا الاقل با مرحوم خراسانی در این امر تشریک مساعی کرد. از جملهٔ این شواهد، نامهٔ اسفند سال ۱۳۴۵ ش آیت‌الله العظمی گلپایگانی به حاج‌آقا حسین است که طی آن، از وی در جایگاه رئیس حوزهٔ علمیهٔ اصفهان تقاضا نمود تا در برابر فشارهای دولت وقت مقاومت کند، تسلیم خواستهٔ دولت مبنی بر اجرای امتحانات طلاب زیر نظر برنامهٔ وزارت آموزش و پرورش نشود و حتی به دوایر دولتی چنین پاسخ گوید که حوزهٔ علمیهٔ اصفهان تابع حوزهٔ علمیهٔ قم است و بر اساس برنامه‌های آن مرکز اداره می‌شود. همچنین در خاطرات آیت‌الله سید عبدالله ابن‌الرسول آمده است: «حوزهٔ علمیهٔ اصفهان سابقهٔ درخشانی دارد. زمانی که بنده به حوزهٔ علمیهٔ اصفهان آمدم، مرحوم آیت‌الله حاج‌آقا حسین خادمی رئیس حوزهٔ علمیهٔ اصفهان بود. آیت‌الله سید محمدرضا خراسانی و آیت‌الله شیخ عباسعلی ادیب [هم] بودند».
در بهار سال ۱۳۴۶ ش حاج‌آقا حسین تلاش کرد آیت‌الله العظمی شریعتمداری و دیگر مراجع و علمای بانفوذ کشور را بر آن دارد تا با اعتراض به دولت، از اجرای لایحهٔ حمایت از خانواده، از اجرای قانون نظام‌وظیفهٔ طلاب و از تبعید آیت‌الله حاج‌آقا حسن قمی به شهر خاش ممانعت به عمل آورند. در ادامهٔ سال ۱۳۴۶ ش به دنبال دستگیری آیت‌الله منتظری و اعتصاب غذای ایشان در زندان قزل‌قلعهٔ تهران، حاج‌آقا حسین همراه برخی دیگر از علمای اصفهان، به منظور رهایی نامبرده و در حمایت از ایشان تلاش فراوانی به عمل آوردند. از جمله اقدامات وی ارسال تلگرافی مشترک به تاریخ ۳ تیر سال ۱۳۴۷ ش با آیات‌الله سید علی بهبهانی و شمس‌آبادی به آیت‌الله العظمی سید احمد خوانساری در تهران بود. در تلگراف مزبور از آیت‌الله العظمی خوانساری تقاضا شده بود با مراجع و مقامات مربوطه رایزنی کنند تا آیات‌الله منتظری و عبدالرحیم ربانی شیرازی از زندان آزاد شوند و شأن روحانی آن‌ها مراعات گردد.
اقدامات حاج‌آقا حسین در حمایت از آیت‌الله منتظری و دیگر زندانیان سیاسی در حالی انجام گرفت که ساواک فشارهای خود را علیه ایشان مضاعف ساخته بود. از جمله اقدامات ایذایی ساواک علیه حاج‌آقا حسین آن بود که از مهر سال ۱۳۴۷ ش به مدت شش ماه کلیهٔ مراسلات و مکاتبات ایشان را تحت بازرسی و حتی سانسور قرار داد. همچنین دادگاه نظامی اصفهان پروندهٔ سال‌های ۱۳۴۳-۱۳۴۴ ش حاج‌آقا حسین را مجدداً به جریان انداخت و حکم حبس قابل خرید مورخ ۱۸ مهر سال ۱۳۴۷ ش ایشان را که توسط سرلشگر صلاحی عرب و سرلشگر حاتم امضا شده بود، نهایتاً ابلاغ نمود.
در روز ۲۶ دی سال ۱۳۵۰ ش و در پی سخنان توهین‌آمیز یک سناتور مجلس سنا علیه امام خمینی و طرح ادعای نامربوط ایرانی نبودن ایشان، حاج‌آقا حسین طلاب و فضلای حوزهٔ علمیهٔ اصفهان را در مدرسهٔ صدر احضار و ضمن طرح موضوع، کلیهٔ دروس را به مدت چند روز تعطیل اعلان کرد. ساواک اصفهان در این واقعه حاج‌آقا حسین را تهدید نمود که در صورت بروز بی‌نظمی در حوزهٔ علمیه، شدیداً با وی برخورد خواهد شد.
از دیگر موضوعاتی که در دوران فترت انقلاب موجب درگیری حاج‌آقا حسین، هیئت علمیه و روحانیت اصفهان با رژیم شاه شد، حرکت‌های فرهنگی غیراخلاقی و دین‌ستیزانه هر از چند‌گاه حکومت بود. از جمله نوشته‌اند که رژیم شاه قصد داشت پروژهٔ جشن هنر شیراز را با همهٔ مظاهر غیر اخلاقی آن در اصفهان تکرار کند، که به سبب مخالفت حاج‌آقا حسین و روحانیت شهر از تصمیم خود منصرف شد. همچنین نوشته‌اند که رژیم شاه در اوایل سال ۱۳۵۱ ش به دنبال آن بود تا در اصفهان دبیرستان‌های مختلط راه اندازد و حتی درسی را به «آموزش‌های جنسی» اختصاص دهد. نامه‌های اعتراض‌آمیز متعدد حاج‌آقا حسین به نخست‌وزیر وقت، که برخی از آن‌ها توسط قریب شصت تن از علمای اصفهان امضا شده بود، و نهایتاً تهدیدهای جدی حاج‌آقا حسین و روحانیت شهر، رژیم شاه را مجبور نمود تا در تاریخ ۷ آبان ۱۳۵۱ ش آموزش و پرورش را از اجرای تصمیم مزبور منع کند. مخالفت با تغییر برخی مواد قانون مدنی مثل بالا بردن سن ازدواج از دیگر موضوعاتی بود که مخالفت جدی حاج‌آقا حسین، هیئت علمیه و روحانیت اصفهان را در پی داشت.
تداوم مبارزات سیاسی حاج‌آقا حسین و ادامهٔ مخالفت‌های مؤثر ایشان با سیاست‌های فرهنگی نادرست رژیم شاه، افزایش سخت‌گیری و فشار حکومت علیه وی را در پی داشت. از جمله اقدامات ایذایی رژیم شاه از اواخر دههٔ چهل شمسی به بعد علیه حاج‌آقا حسین، محرومیت وی از برخی حقوق ابتدایی شهروندی، از جمله ممنوع‌الخروج ساختن ایشان و ممانعت از حتی تشرف نامبرده به سفرهای عتبات یا حج تمتع و عمره بود.
مبارزات سیاسی سال‌های ۵۶-۵۷متعاقب درگذشت آیت‌الله سید مصطفی خمینی در اولین روز آبان سال ۱۳۵۶ ش، حاج‌آقا حسین همراه برخی روحانیون در مدرسهٔ ذوالفقاری شهر اصفهان مجلس ترحیمی برگزار کرد که طی آن حجت‌الاسلام به دره‌ای از نزدیکان وی منبر رفت و ضمن توصیف شخصیت متوفی، برای اولین بار پس از سال‌ها اختناق، نام امام خمینی را بر زبان آورد و طول عمر ایشان را از خداوند طلب کرد. حاج‌آقا حسین روز ۴ آبان نیز در مراسم ترحیم حاج‌آقا مصطفی در مدرسهٔ صدر بازار حضور یافت و طی این مراسم آیت‌الله سید محمدعلی احمدی از نزدیکان ایشان مطالب سیاسی روشنگرانه‌ای را که تا آن زمان بی‌سابقه بود، از بالای منبر برای مردم باز گفت. مجالس فاتحه حاج‌آقا مصطفی یکی پس از دیگری با می‌دان‌داری حاج‌آقا حسین در مساجد مختلف اصفهان برپا گردید و فضای شهر را مجدداً در اختیار روحانیت و نهضت اسلامی قرار داد. وضع طوری شد که مردم با ورود حاج‌آقا حسین به مجالس، برای سلامتی امام راحل صلوات می‌فرستادند. برپایی این مجالس به دستگیری ۳۹ تن از روحانیون و فعالان مبارزه در اصفهان توسط ساواک منجر شد. به مناسبت چهلمین روز درگذشت حاج‌آقا مصطفی نیز مجالس ترحیمی با محوریت حاج‌آقا حسین برپا گردید. یکی از این مجالس در مسجد خود وی برپا شد که با سالروز رحلت امام صادق (ع) مصادف و با استقبال پرشکوه مردم مواجه گشت. مراسم چهلم حاج‌آقا مصطفی در مسجد سید، توسط طلاب آن مسجد که زیر نظر حاج‌آقا حسین بودند، به تظاهرات خیابانی و به صحنهٔ درگیری خیابانی مردم با مأموران رژیم تبدیل شد.
از مراسم ترحیم حاج‌آقا مصطفی به بعد، حاج‌آقا حسین با همراهی روحانیت اصفهان در صدد برآمد تا با بهره‌گیری از مناسبت‌های مذهبی، مصیبت و تهدید پدید آمده را به فرصت تبدیل کند. در همین راستا سخنرانی آقای محمدعلی ابراهیمی در اصفهان به مناسبت عید غدیر، به سخنرانی‌ای سیاسی و بلکه به مراسم تجلیل از امام خمینی تبدیل شد. با آغاز محرم سال ۱۳۵۶ ش اغلب مراسم عزاداری حسینی در اصفهان رنگ و روی سیاسی به خود گرفت و در خدمت نهضت اسلامی در آمد. مدرسهٔ صدر بازار و مسجد سید، محور اصلی اجتماعات مردمی بود و نه تنها کسبه و بازاریان، بلکه دانشجویان دانشگاه‌های اصفهان و صنعتی اصفهان همگام با طلاب و روحانیت، در مراسم عزاداری و اعتراض علیه رژیم فعالانه حضور داشتند.
در پی انتشار مقالهٔ توهین‌آمیز «ارتجاع سرخ و سیاه» توسط روزنامهٔ اطلاعات و قیام خونین ۱۹ دی سال ۱۳۵۶ ش مردم قم، اصفهان نیز چون شهرهای دیگر عکس‌العمل حماسی و تند نشان داد. رهبران روحانیت اصفهان در روز ۲۲ دی ماه در منزل حاج‌آقا حسین گرد هم آمدند و اقداماتی چون تعطیلی اعتراض‌آمیز نمازهای جماعت در کلیهٔ مساجد شهر، تعطیلی دروس حوزهٔ علمیه و نیز تعطیلی عمومی بازار را مورد تصویب قرار دادند. حاج‌آقا حسین در روز ۲۵ دی ماه اطلاعیه‌ای را در محکومیت رژیم و حمایت از نهضت امام خمینی با امضای ۵۰ تن از چهره‌های برجستهٔ روحانیت اصفهان منتشر نمود و طی آن، ضمن اعلان مصوبات فوق‌الذکر، مردم را به ابراز انزجار از اقدامات رژیم در بازار، کوچه‌ها و خیابان‌ها دعوت کرد. صدور این اطلاعیه و تعطیلی نمازهای جماعت و بازار، فضای عمومی شهر اصفهان را به شدت ملتهب ساخت. در روز ۲۹ بهمن به مناسبت چهلم شهدای قم و همگام با قیام مردم تبریز، طلاب و روحانیت اصفهان با هماهنگی و تشویق حاج‌آقا حسین اعلامیه‌های افشاگرانهٔ تندی را علیه رژیم شاه منتشر کردند. هدف حاج‌آقا حسین از این اقدامات، در هم شکستن فضای خفقان حاکم بر شهر و به میدان مبارزه کشیدن توده‌های مردم در بازار و کوچه‌ها و خیابان‌ها بود.
در آستانهٔ نوروز سال ۱۳۵۷ ش، حوزهٔ علمیهٔ اصفهان با انتشار اطلاعیه‌ای عید را به تأسی از امام خمینی عزای عمومی اعلام و از مردم دعوت کرد تا با ابراز اعتراض‌های پی در پی، مخالفت با رژیم را گسترش دهند. همزمان با آن حاج‌آقا حسین نیز در پاسخ به اطلاعیهٔ مراجع ثلاث قم اطلاعیه‌ای جداگانه منتشر و طی آن عید نوروز را عزای عمومی اعلام و مردم اصفهان را از جمله پیشتازان نهضت اسلامی ملت ایران معرفی کرد. حاج‌آقا حسین در روز ۹ فروردین اطلاعیهٔ دیگری را منتشر و طی آن از مردم دعوت کرد تا چهلم شهدای تبریز را با شکوهی فراوان در اصفهان گرامی بدارند. در این اطلاعیه اطاعت عموم مردم از مراجع تقلید شرعاً واجب و صریحاً اعلان شده بود: «هر مسلمان و شیعهٔ دوازده امامی می‌داند که در زمان غیبت امام زمان (عج)، اطاعت مراجع تقلید و مجتهدین بر آن‌ها واجب و فریضهٔ دینی است و مخالفت با آن‌ها، مخالفت با امام، پیغمبر و خدا است». بر خلاف تهدیدات رژیم، مراسم چهلم شهدای تبریز با اجتماع گستردهٔ مردم و تعطیلی مجدد بازار همراه شد و عملاً اولین راهپیمایی گستردهٔ مردم اصفهان در این روز انجام گرفت. مردم با محوریت حاج‌آقا حسین و حوزهٔ علمیهٔ اصفهان در مسجد حکیم اجتماع کردند و پس از سخنرانی آقای سید محمد احمدی فروشانی در خیابان‌های عبدالرزاق و چهارباغ عباسی دست به راهپیمایی زدند و سر راه خود مظاهر رژیم و مراکز فساد از جمله سینما‌ها را مورد حمله قرار دادند.
در پی ضرب و شتم زندانیان سیاسی زندان اصفهان و اعتصاب غذای آن‌ها در روز ۲۶ خرداد سال ۱۳۵۷ ش، مادران و همسران این زندانیان در حمایت از عزیزان خود به حاج‌آقا حسین پناه برده و در منزل ایشان متحصن شدند. این تحصن که ۱۶ روز به طول انجامید، در روز ۹ تیر ماه آغاز گردید. حاج‌آقا حسین در همان روز پس از آغاز تحصن با انتشار نامه‌ای حمایت خود را از اقدام مادران و همسران زندانیان اعلان کرد. در این مقطع، شخص حاج‌آقا حسین و بیت او، پناهگاه و نقطهٔ اتکای انقلابیون و مردم بود. با عقب‌نشینی رژیم در برابر فشار مردم و خاتمه یافتن اعتصاب غذای زندانیان، مادران و همسران آن‌ها روز ۲۵ تیر ماه به تحصن خود پایان دادند.
در پی درگذشت حجت‌الاسلام شیخ احمد کافی، آیت‌الله شیخ فخرالدین کلباسی از نزدیکان حاج‌آقا حسین، در مجلس ترحیمی که از سوی ایشان در مسجد حاج محمدجعفر برپا شده بود، بر فراز منبر اعلان نمود که اگر دولت نسبت به تأمین خواسته‌های آیت‌الله خادمی مبنی بر آزادی زندانیان سیاسی و تغییر رئیس ادارهٔ اوقاف اصفهان اقدام نکند، نامبرده به مهاجرتی اعتراض‌آمیز به سوی قم دست خواهد زد و مسئولیت عواقب آن بر عهدهٔ دولت خواهد بود. در روز ۵ مرداد اجتماع گستردهٔ مردم در مجلس ترحیم آیت‌الله آخوند ملأ علی همدانی که از سوی حاج‌آقا حسین برپا گردید، به راهپیمایی گسترده و دستگیری تعداد کثیری از آحاد مردم توسط مأموران رژیم منجر شد. حاج‌آقا حسین در روز ۷ مرداد مجلس ترحیم دیگری برای بزرگداشت آقایان کافی و آخوند ملأ علی همدانی در مسجد کمرزرین اصفهان برپا کرد که در پایان به راهپیمایی مردم و درگیری شدید آن‌ها با مأموران منجر شد.
در پی دستگیری آیت‌الله سید جلال‌الدین طاهری در روز ۱۰ مرداد، مردم اصفهان بی‌درنگ به سمت منزل حاج‌آقا حسین آمدند و به عنوان اعتراض در آن محل متحصن شدند. حاج‌آقا حسین در همان روز طی اعلامیه‌ای دستگیری آیت‌الله طاهری را محکوم و اعلان کرد: «همگی اهالی متدین و غیور اصفهان اظهار می‌دارند تا آزادی معظم‌له از پا نخواهیم نشست و تعطیلی نماز و دروس و مغازه‌ها را ادامه می‌دهیم و چنانچه پاسخ مثبت به ما داده نشد، مسئولیت هرگونه عکس‌العمل به عهدهٔ مقامات خواهد بود». جامعهٔ روحانیت اصفهان نیز متعاقب این اعلامیه اطلاعیهٔ دیگری را با ۳۵ امضاء صادر و دستگیری آیت‌الله طاهری را محکوم کرد. تحصن مردم اصفهان در منزل حاج‌آقا حسین ده روز تمام به طول انجامید و علی‌رغم فشار‌ها و تهدیدات ساواک و نیز محاصرهٔ منزل توسط مأموران رژیم، روز به روز بر ابعاد و گستردگی آن افزوده شد. امواج تحصن شهر اصفهان را در نوردید و طبقات مختلف مردم در نقاط دیگر شهر نیز دست به اعتصاب‌ها و راهپیمایی‌ها زدند. بازار، نمازهای جماعت و مدارس علوم دینی تعطیل گردیدند و حتی مغازه‌های خیابان‌ها، مراکز آموزشی و برخی ادارات دولتی نیز به تعطیلی کشیده شدند. با افزایش فشار‌ها و تهدیدات ساواک مبنی بر یورش به متحصنین و نیز با آغاز ماه مبارک رمضان و ضرورت استفاده از این فرصت الهی جهت خودسازی عمومی و رشد هرچه بیشتر نهضت، حاج‌آقا حسین پس از مشورت با مراجع تقلید، بیت امام و علمای شهر قم، در روز ۱۹ مرداد اطلاعیه‌ای صادر و متحصنین را به شکستن تحصن دعوت کرد. متعاقب این اطلاعیه متحصنین تصمیم گرفتند شب هنگام از منزل حاج‌آقا حسین خارج و پس از راهپیمایی در خیابان‌ها به منازل خود رهسپار شوند. خروج متحصنین با هجوم ناگهانی مأموران رژیم مواجه شد و درگیری شدید مردم و مأموران تا سحرگاه ادامه یافت. حاصل این درگیری‌ها، شهید و مجروح شدن تعداد زیادی از مردم بود که تا آن زمان سابقه نداشت. صبح روز ۲۰ مرداد دامنهٔ درگیری‌ها به دیگر نقاط شهر اصفهان گسترش پیدا کرد و تعداد بیشتری از مردم در خاک و خون خود در غلطیدند. کانون اصلی درگیری‌ها اطراف مسجد سید بود و همچنین خیابان‌های چهارباغ، طالقانی، فروغی، میدان شهداء و خصوصاً اطراف منزل حاج‌آقا حسین. شدت درگیری‌ها موجب گردید تا از ساعت ۱۴: ۳۰ همان روز در اصفهان حکومت نظامی اعلان گردد. اصفهان اولین شهر ایران بود که در دوران مبارزات منجر به پیروزی انقلاب، حکومت نظامی در آن برپا شد.
با آغاز حکومت نظامی، منزل حاج‌آقا حسین در محاصرهٔ کامل قرار گرفت و ده‌ها تن از روحانیون و اطرافیان وی توسط مأموران رژیم بازداشت، زندانی یا تبعید شدند. حجت‌الاسلام سید احمد خمینی در روز ۲۱ مرداد از نجف با حاج‌آقا حسین تماس تلفنی گرفت و از جانب امام خمینی قوت قلب گفت و دلجویی کرد. امام راحل در روز ۲۲ مرداد طی اطلاعیه‌ای به تفصیل حوادث خونبار شهر اصفهان و خشونت رژیم در حق مردم و خصوصاً اعلان حکومت نظامی را محکوم کرد.
با اعلان حکومت نظامی و حصر منزل حاج‌آقا حسین، شیوهٔ مبارزهٔ مردم اصفهان تغییر کرد. مبارزهٔ منفی و امتناع عموم مردم از تعامل با دستگاه‌های دولتی آغاز شد و بازار و مغازه‌های خیابان‌های اصلی شهر تعطیل گردید و فضای عمومی شهر در حالت اعتصاب قرار گرفت. جوانان در قالب گروه‌های سازمان یافته شب‌ها با استفاده از تاریکی شب در کوچه‌ها به شعارنویسی و برپایی تظاهرات اقدام می‌کردند. سرلشگر ناجی فرماندار نظامی اصفهان تانک‌ها و نفربرهای زرهی را در خیابان‌ها مستقر کرد و ساواک اصفهان حتی در صدد برآمد تا حاج‌آقا حسین را دستگیر و وی را مجبور کند بر حرمت تعطیلی بازار و مغازه‌ها فتوا دهد. رئیس ساواک کل کشور اما که از نفوذ حاج‌آقا حسین در میان مردم مطلع و هراسان بود، با این اقدام مخالفت کرد.
حاج‌آقا حسین در این مقطع اگرچه به سبب محاصرهٔ منزل، از دامنهٔ فعالیتش کاسته شده بود، اما در حد توان بر آن بود تا از هرگونه فرصت و روزنه‌ای برای تقویت نهضت بهره‌برداری کند. وی از طرق مختلف، حتی از طریق تماس‌های تلفنی کنترل شده، تلاش می‌کرد تا ارتباط با افراد و جریان‌های مؤثر در امر نهضت، خصوصاً ارتباط با مراجع تقلید، بیت امام راحل، علما و نیز اقوام و نزدیکان را فعال نگاه دارد. در این مقطع، به رغم شرایط سخت امنیتی، بعضاً حتی از غفلت‌های مأموران رژیم استفاده گردید و دیدارهایی حضوری و مخفیانه میان حاج‌آقا حسین و خانواده‌های شهدای اصفهان تنظیم شد.
حاج‌آقا حسین در اوایل مهر ماه سال ۱۳۵۷ ش و در پی اقدام رژیم بعث عراق به ایجاد محدودیت‌هایی برای فعالیت امام خمینی، تلگرافی برای حسن‌البکر رئیس‌جمهور وقت آن کشور ارسال کرد. در این تلگراف تقاضا شده بود تا از اعمال محدودیت و مزاحمت برای امام راحل خودداری شود. حاج‌آقا حسین همچنین پس از هجرت امام خمینی به پاریس در روز ۱۳ مهر ماه تلگرافی برای ژیسکار دستن رئیس‌جمهور وقت فرانسه ارسال نمود. در تلگراف اخیر تقاضا شده بود تا تمامی مراتب احترام در حد کمال نسبت به امام راحل مبذول داشته شود.
با آغاز فصل تحصیلات، امواج نهضت اسلامی از همان اولین روز مهر ماه مدارس و دانشگاه‌های اصفهان را در نوردید و جوانان و نوجوانان به شکلی جدی‌تر وارد عرصهٔ مبارزه و درگیری شدند. استادان و آموزگارانی که با حاج‌آقا حسین، با بیت ایشان و با دستگاه روحانیت اصفهان نزدیک بودند، مسئولیت سازماندهی جوانان و نوجوانان را عهده‌دار شدند.
حاج‌آقا حسین در روز ۵ آبان طی نامه‌ای به مراجع و علمای شهر قم، خبر کشتارمردم اصفهان توسط مأموران رژیم طی روزهای قبل را افشاء و ضمن محکومیت گستاخی وزیر امور خارجهٔ انگلیس نسبت به روحانیت و مردم ایران، تحریم عمومی اجناس انگلیسی را در سراسر کشور پیشنهاد کرد. وی در روز ۱۰ آبان تلگرافی با امضای چهارده تن از روحانیون بلند مرتبهٔ اصفهان خطاب به امام راحل در پاریس مخابره نمود که طی آن بر مقام مرجعیت عام و زعامت ایشان تأکید شده بود.
در پی تعرض مأموران رژیم به حرم امام رضا (ع) در روز ۲ آذر ماه و تیراندازی به سوی مردم، حاج آقا حسین در روز ۴ آذر طی اطلاعیهٔ شدیداللحنی این عمل را محکوم و از مردم اصفهان دعوت کرد تا اعتراضات خود را با شدتی بیشتر علیه نظام شاه ابراز کنند. در پی صدور این اطلاعیه، روحانیت اصفهان نیز با صدور اطلاعیه‌ای جداگانه بر خواسته‌های حاج‌آقا حسین تأکید نمود. نتیجهٔ این اطلاعیه‌ها آن بود که بازار اصفهان که از حدود یک ماه قبل در اعتصاب پیوسته قرار داشت، اعتصاب خود را ادامه داد. از آنجایی که بار مالی تداوم اعتصاب برای بسیاری از کسبه و بازاریان اصفهان طاقت‌فرسا شده بود، بزرگان بازار آن شهر با حاج‌آقا حسین مذاکره و نهایتاً چنین نتیجه‌گیری کردند که چند روز مانده به انتهای ماه، مغازه‌ها باز شوند و از اول ماه بعد، با آمادگی بیشتر و همگام با سایر شهرستان‌ها و خصوصاً تهران، اعتصاب را مجدداً آغاز کنند. اقدام مهم دیگر حاج‌آقا حسین و روحانیت اصفهان طی این مقطع در مدیریت بحران اقتصادی ناشی از تداوم اعتصاب‌ها، راه‌اندازی تعاونی‌های اسلامی با مشارکت گستردهٔ مردم در محله‌های گوناگون شهر بود تا اقلام مورد نیاز اقشار آسیب‌پذیر را به دست آن‌ها برسانند.
روحانیت اصفهان با محوریت حاج‌آقا حسین در آستانهٔ محرم سال ۱۳۵۷ ش بر آن شد تا با برنامه‌ریزی دقیق، مراسم عزاداری حسینی را در سطح شهر به شکلی متمرکز و سراسری اجرا کند تا بدین وسیله ظرفیت مردم را برای مبارزه علیه رژیم شاه به شکلی بهینه بسیج نماید. در دههٔ اول محرم، هر روز صبح تجمعات مردمی، عزاداری و سپس راهپیمایی بر قرار بود. حاج‌آقا حسین به رغم کهولت سن و شرایط نامناسب جسمانی، شخصاً در این مراسم حاضر می‌شد تا به مردم قوت قلب دهد. وی به سبب اینکه نمی‌توانست مسافتی طولانی را پیاده‌روی کند، سوار بر اتومبیل پیشاپیش مردم اصفهان حرکت می‌کرد و با حضور خود به آن‌ها دلگرمی می‌داد.
مردم روز ۷ محرم بعد از اجتماع در مسجد سید همراه حاج‌آقا حسین دست به راهپیمایی زدند و در نزدیکی چهارراه وفایی با مأموران رژیم درگیر شدند. معاون فرماندار نظامی در حضور جمعیت از حاج‌آقا حسین خواست پراکنده شدن مردم را فرمان دهد. حاج‌آقا حسین اما شجاعانه و قاطعانه بر ادامهٔ راهپیمایی اصرار نمود و مأموران نهایتاً به سوی مردم تیراندازی و تعدادی را شهید و مجروح کردند. حاصل این درگیری، مقاومت حماسی مردم و عقب‌نشینی مأموران بود، تا جایی‌که کنترل بخش مرکزی شهر به دست مردم افتاد و تمام مراکز رسمی مرتبط با رژیم مورد حمله قرار گرفت.
حاج‌آقا حسین و کمیتهٔ برگزاری راهپیمایی‌ها که مستقیماً زیر نظر ایشان فعالیت می‌کرد، در آستانهٔ روزهای تاسوعا و عاشورا گروه‌های انتظامات ویژه‌ای را در سطح شهر تشکیل دادند تا نظم و ترتیب راهپیمایی‌های سراسری این دو روز را تنظیم و مدیریت کند. حاج‌آقا حسین در مصاحبهٔ روز تاسوعای خود با خبرنگاران آمریکایی با صراحت بر ضرورت سقوط رژیم شاه و نظام سلطنتی تأکید کرد. در روزهای تاسوعا و عاشورا، عزاداری و راهپیمایی مردم اصفهان با قدرت و با جمعیتی نزدیک به یک میلیون نفر برگزار شد. شعار ثابت مردم، ضرورت بر چیده شدن فوری بساط رژیم سلطنتی در ایران بود. مردم در حین راهپیمایی به برخی مراکز امنیتی رژیم حمله‌ور شدند و از جمله کلانتری شمارهٔ یک و مرکز ساواک اصفهان را به تصرف خود در آوردند. مأموران رژیم که در سراسر کشور دستور داشتند سر راه مردم قرار نگیرند و از اجتماعات تاسوعا و عاشورای آن‌ها ممانعت به عمل نیاورند، بعد از ظهر روز عاشورا ناگهان با هدایت مستقیم تیمسار ناجی فرمانده نظامی شهر از آسمان و زمین به جمعیت حمله‌ور شدند و ۴۸ تن را شهید و ۱۳۰ نفر را مجروح کردند. عملیات نظامی علیه مردم قریب سه روز ادامه یافت و مأموران رژیم حتی به حریم منازل نیز تجاوز کردند. ساواک اصفهان که قصد ادامه و توسعهٔ فشار بر مردم را داشت، با دریافت تهدید بی‌سابقهٔ حاج‌آقا حسین به صدور فرمان جهاد، و نیز پیرو دستور ساواک مرکز مبنی بر توقف فوری خشونت، ناچاراً عملیات فشار را متوقف کرد.
در پی برقراری فضای رعب و وحشت بر فراز شهر اصفهان، حاج‌آقا حسین روز ۱۳ محرم اطلاعیه‌ای را خطاب به مراجع و آیات عظام سراسر کشور منتشر و ضمن اعلان خبر راهپیمایی قاطع و میلیونی مردم اصفهان، با غیر قانونی و غیر اسلامی خواندن رژیم پهلوی، جنایات آن رژیم در کشتار عزاداران حسینی را افشاء کرد. حاج‌آقا حسین با انتشار اطلاعیه‌ای دیگر، روز ۱۷ محرم را به مناسبت هفتم شهدای عاشورای اصفهان عزای عمومی اعلان و مردم را به اجتماع در مسجد سید دعوت کرد. صدور این اطلاعیه‌های شجاعانه، موجب گردید تا فضای رعب و وحشت حاکم بر شهر اصفهان شکسته شود و ابتکار عمل مجدداً در دست انقلابیون و مردم قرار گیرد.
ناجی فرماندار نظامی اصفهان در روز ۲۰ محرم طی مکاتبه‌ای با رئیس ستاد ارتش در تهران با استناد به این استدلال که «مسئول اعلامیه‌های مضره [آیت‌الله خادمی] اثر غیر قابل انکاری در تحریک مردم به بلوا و آشوب و اغتشاش دارد»، دستگیری حاج‌آقا حسین را تقاضا نمود. مسئولان ارشد رژیم اما از ترس واکنش مردم نه تنها با این تقاضا موافقت نکردند، بلکه آیت‌الله طاهری را نیز آزاد نمودند.
در روز ۱۰ صفر سال ۱۳۵۷ ش، به مناسبت اربعین حسینی و چهلم شهدای عصر عاشورای اصفهان، راهپیمایی بسیار بزرگی در شهر اصفهان برپا شد که بزرگ‌ترین تجمع مردمی تاریخ انقلاب اسلامی در آن شهر نام گرفت. سخنرانان این مراسم آیت‌الله طاهری و استاد علی‌اکبر پرورش بودند و سپس نماز ظهر و عصر به امامت حاج‌آقا حسین اقامه گردید.
از دیگر اقدامات حاج‌آقا حسین طی ماه‌های محرم و صفر، تشویق سربازان و نظامیان به اجرای دستور امام خمینی مبنی بر ترک پادگان‌ها بود. حاج‌آقا حسین تلاش فراوانی کرد تا از طریق انجمن مددکاری امام زمان (ع) و با کمک بازاریان خیر، وجوه مورد نیاز جهت تغذیهٔ رایگان و اسکان موقت سربازان فراری را تأمین کند. گفته شده است که برخی افسران و درجه‌داران نیروی هوایی، هوانیروز و مرکز توپ‌خانه، از مدت‌ها پیش‌تر با حاج‌آقا حسین روابط پنهان داشتند. خروج شاه از کشور در روز ۲۶ دی ماه سرعت فرار نظامیان از خدمت را مضاعف ساخت؛ تا جایی‌که گروه کثیری از پرسنل ارتش روز ۳ بهمن با لباس فرم همراه مردم اصفهان راهپیمایی و در جلوی منزل حاج‌آقا حسین اجتماع کردند. حاج‌آقا حسین متعاقب برپایی مراسم اربعین حسینی سال ۱۳۵۷ ش همگام با امام خمینی اطلاعیه‌ای صادر و ضمن نامشروع خواندن رژیم پهلوی مردم اصفهان را به نافرمانی مدنی و عدم پرداخت قبوض آب، برق و تلفن دعوت کرد. از دیگر اقدامات نمادین وی در این مقطع، موافقت با درخواست ورزشکاران انقلابی شهر مبنی بر تغییر نام ورزشگاه «۲۵ شهریور» آن روز اصفهان به ورزشگاه «جهان پهلوان غلامرضا تختی» امروز بود.
در پی تشکیل دولت موقت مهندس مهدی بازرگان به فرمان امام راحل، حاج‌آقا حسین حمایت قاطع خود را از این دولت اعلان و راهپیمایی گستردهٔ مردم اصفهان در پشتیبانی از این دولت را شکل داد. حاج‌آقا حسین و علمای اصفهان در هفتهٔ اول ماه بهمن سال ۱۳۵۷ ش ستادی را جهت استقبال از امام خمینی تشکیل دادند و کاروان‌های مردمی متعددی را برای این منظور به تهران فرستادند. در پی ممانعت رژیم شاه از بازگشت امام خمینی به ایران در روز ۶ بهمن، همزمان با تحصن روحانیت شهر تهران در مسجد دانشگاه تهران، حاج‌آقا حسین نیز در رأس بیش از یک صد تن از روحانیون شهر اصفهان، به عنوان اعتراض در مسجد سید متحصن گردید. با بازگشت امام خمینی به ایران در روز ۱۲ بهمن و با به اوج رسیدن ابعاد نهضت اسلامی، روز ۱۹ بهمن مردم اصفهان راهپیمایی بزرگی را از میدان نقش جهان تا مسجد مصلا برگزار کردند. در پایان این راهپیمایی حاج‌آقا حسین برای مردم سخنرانی نمود و در عصر همان روز با عقب‌نشینی نیروهای حکومت نظامی به داخل پادگان‌ها، شهر اصفهان به طور کامل در دست انقلابیون افتاد.
نوشته‌اند که حاج‌آقا حسین در روزهای پایانی رژیم شاه، با تشکیل کمیته‌ای متشکل از چهره‌های انقلابی روحانی، دانشگاهی، بازاری و فرهنگی در منزل خود و با سازماندهی و به صحنه فرستادن قریب دوازده هزار جوان فعال و مخلص، موفق گردید آخرین مراحل پیروزی مردم علیه حکومت نظامی را مدیریت و تسهیل کند. شاید به همین دلیل بود که پیروزی انقلاب اسلامی ایران در روز ۲۲ بهمن، در اصفهان نسبت به دیگر شهرهای ایران، با هزینهٔ کمتری صورت پذیرفت. خبرنگار روزنامهٔ فرانسوی لوموند جایگاه آن روزهای حاج‌آقا حسین را چنین گزارش کرد: «حکمران واقعی شهر، آیت‌الله خادمی است. یک حیکم نود ساله، که بدون کوچک‌ترین مخالفت یا درگیری، حاکمیتش را اجرا می‌کند. آیت‌الله خادمی فرماندهی خود را از محل اقامتش در انتهای یک کوچهٔ بن‌بست در شرق اصفهان صادر می‌کند. این خانهٔ ارزان قیمت، اکنون به ستاد مرکزی انقلاب تبدیل شده است. آیت‌الله روی زمین در گوشهٔ اتاق نشسته و به یک متکا تکیه داده است. لباس اویک عبای بلند قهوه‌ای رنگ است و به تمام دیدار کنندگانش از پشت عینک لبخند می‌زند... یکی از رهبران جبههٔ ملی آهسته به من گفت: آیت‌الله یک سیاست‌مدار پیر کارکشته است. در طول سی سال گذشته قدرت او همچنان افزایش یافته و امروز رهبر واقعی است».
فعالیت‌های سیاسی پس از انقلابدر اولین روزهای پس از پیروزی انقلاب، امام خمینی هنوز در مدرسهٔ رفاه مستقر بود که حاج‌آقا حسین همراه دیگر بزرگان اصفهان به دیدار ایشان رفت. از این پس دیگر رابطهٔ حاج‌آقا حسین و امام راحل نزدیک‌تر و پیوسته برقرار بود. حاج‌آقا حسین جزو معدود مقامات روحانی ارشد کشور بود که برای دیدن امام خمینی به وقت گرفتن و انجام هماهنگی قبلی نیاز نداشت. هرگاه ضرورت می‌دید امام راحل را ملاقات کند، سرزده به دیدن ایشان می‌رفت و امام در خدمت ایشان بود. احترام و محبت امام نیز به حاج‌آقا حسین متقابلاً در اوج و طوری بود که مثلاً وقتی پس از پیروزی انقلاب در قم مستقر شد، در اولین سفری که حاج‌آقا حسین به قم آمد، به مجرد کسب اطلاع از حضور نامبرده، به دیدن ایشان شتافت.
پس از پیروزی انقلاب اسلامی ایران فعالیت‌های سیاسی حاج‌آقا حسین در دو سطح و در دو راستای کلی معطوف شد: ۱- تلاش در سطح ملی جهت تحکیم و تثبیت هرچه سریع‌تر پایه‌های نظام تازه تأسیس جمهوری اسلامی؛ ۲- تلاش در سطح محلی جهت حل مشکلات مردم شهر اصفهان. امام خمینی در این مقطع نیز مثل گذشته، اغلب مسائل شهر اصفهان را به حاج‌آقا حسین ارجاع می‌داد.
یکی از دغدغه‌های حاج‌آقا حسین در دوران پس از پیروزی انقلاب، تنظیم یک قانون اساسی مناسب، منطبق بر اصول و مبانی اسلام و شایستهٔ نظام جمهوری اسلامی ایران بود. او به تشویق امام راحل نامزد و سپس عضو مجلس خبرگان قانون اساسی شد و ضمن ریاست سنی بر آن، در تنظیم و تصویب مواد آن مشارکت جست. یکی دیگر از دغدغه‌های حاج‌آقا حسین در دوران پس از پیروزی انقلاب، تأمین نیروی انسانی متخصص و متعهد مورد نیاز در تشکیلات جدید دستگاه قضایی بود. ایشان فضلای برجستهٔ حوزهٔ علمیهٔ اصفهان و همچنین فضلای اصفهانی حوزهٔ علمیهٔ قم را تشویق می‌کرد تا به دستگاه قضایی جدید بپیوندند و پایه‌های آن را تقویت کنند.
تندروی و افراط، متأسفانه یکی از آفت‌های مهم و شاید اجتناب‌ناپذیر، در مراحل اولیهٔ هر انقلاب است. انقلاب اسلامی ایران نیز متأسفانه از این آفت در امان نبود. حاج‌آقا حسین طبیعتاً به اقتضای ملاحظات شرعی، اخلاقی و انسانی، تندروی و افراط را مجاز نمی‌دانست و از همان ابتدای پیروزی انقلاب خواستار در پیش گرفتن اعتدال، میانه‌روی و رعایت ضوابط شرعی، اخلاقی و انسانی در تمام زمینه‌ها بود. حاج‌آقا حسین با تندروی و افراط بعضی مسئولان در صدور احکام قضایی مخالف بود. مصادرهٔ بی‌ضابطه و غیر قابل توجیه برخی اموال را بر نمی‌تابید. اجرای این نوع احکام فاقد پشتوانهٔ شرعی را با صراحت «غارت کردن مردم» می‌نامید و بار‌ها دردمندانه وقوع چنین فجایعی را در شهر اصفهان و اطراف آن به امام راحل گزارش و بابت آن گله کرد. نوشته‌اند که اجرای نادرست بند معروف (ج) – در خصوص تقسیم و مدیریت اراضی – و افزون بر آن نحوهٔ اجرای برخی امور مرتبط با احکام ثانویه و حکومتی را با شرع مغایر می‌دانست. همچنین اقداماتی چون ترور مهندس عباس بحرینیان رئیس وقت کمیتهٔ انقلاب اسلامی اصفهان و نیز برخورد جناحی با مسائل سیاسی شهر و استان را شرعی، اخلاقی و اصول‌گرایانه نمی‌دانست. برخی مطلعین همچنین نقل کرده‌اند که حاج‌آقا حسین بسیار متأثر و مکدر بود از اینکه چرا با آیت‌الله العظمی شریعتمداری مدارا و با احترام و عطوفت رفتار نشد.
اهتمام حاج‌آقا حسین به ضرورت در پیش گرفتن اعتدال، میانه‌روی و حساسیت او در رعایت مسائل شرعی، اخلاقی و انسانی موجب گردید تا برخی انقلابیون تندرو و افراطی شهر اصفهان وی را متهم کنند که چنان‌که شایسته است با انقلاب همراه نیست! حاج‌آقا حسین حتی متهم گردید به قطبی بدل شده است که بعضی افراد ثروتمند با نزدیک شدن به ایشان تلاش دارند اموال و موقعیت خود را حفظ کنند.
شاید مهم‌ترین گروه از مخالفین حاج‌آقا حسین را در شهر اصفهان، پارهای طرفداران آیات‌الله طاهری و منتظری تشکیل می‌دادند. طیف سید مهدی هاشمی و فتح‌الله امید نجف‌آبادی که نماد آن روزگار تندروی و افراط در اصفهان بودند، در قلب این گروه جای داشتند. مهدی هاشمی کسی بود که قتل آیت‌الله شمس‌آبادی در سال ۱۳۵۶ ش با دسیسهٔ او صورت گرفت. امید نجف‌آبادی نیز کسی بود که قتل مهندس بحرینیان به دستور او انجام پذیرفت. بسیاری بزرگان معتقد بودند و هستند که تندروی‌ها، قدرت‌طلبی و اعمال نفوذ طیف مهدی هاشمی بیشترین نقش را در ایجاد و خصوصاً تشدید اختلافات اصفهان ایفا کرد. مبالغه نیست اگر گفته شود، حاج‌آقا حسین از اولین روحانیون بلندپایهٔ کشور بود که خطر این طیف مخوف را با هوشمندی احساس، افشاء و شجاعانه در برابر آن موضع‌گیری و مقاومت کرد. آیت‌الله طاهری نیز البته گفته شده است که بعد‌ها علیه این طیف موضع‌گیری نمود. در مورد شخص وی همچنین گفته شده است که به رغم اختلاف در خط‌مشی با حاج‌آقا حسین، همواره جایگاه، حرمت و وجاهت ایشان را به عنوان پیش‌کسوت و رئیس حوزهٔ علمیهٔ اصفهان، همچنین به عنوان انسانی مخلص و شخصیتی طرفدار امام راحل، به رسمیت می‌شناخت و قبول داشت.
برخی مطلعین بر این باور هستند که بعضی اعضای فعالِ آن روزگار دفتر امام خمینی نیز از جریان آیت‌الله طاهری در برابر حاج‌آقا حسین حمایت کردند. سید کاظم موسوی بجنوردی دومین استاندار اصفهان پس از پیروزی انقلاب در خاطرات خود حتی از امام راحل چنین نقل کرده است که «در اصفهان روحانیت دو قطب دارد: یک قطب آقای طاهری و اطرافیانش هستند که همه با ما هستند. قطب دوم آقای خادمی است که خودش آدم خوبی است. ولی در اطراف ایشان عده‌ای جمع شده‌اند. شما باید طوری عمل کنید که هر دو قطب را با خود داشته باشید و در جهت حدت عمل کنید». در همین حال آیت‌الله محمدرضا مهدوی کنی نیز در خاطرات خود آورده است که در مقابل جریان آیات‌الله طاهری و منتظری، اکثریت علمای شهر اصفهان شامل بزرگان و مشایخ حوزهٔ علمیه قرار داشتند که طرفدار حاج‌آقا حسین بودند.
تلاش‌های فراوان حاج‌آقا حسین از یک سو و آیات‌الله طاهری و منتظری از سوی دیگر برای مهار این اختلاف‌ها به جایی نرسید. کار به جایی رسید که میان کمیته‌های انقلاب و سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در اصفهان درگیری پدید آمد. مداخلهٔ حتی برخی شخصیت‌های برجستهٔ انقلاب از جمله آیات‌الله بهشتی، میرزا علی مشکینی و مهدوی کنی نیز راه به جایی نبرد. نهایتاً سیر تحولات حاج‌آقا حسین را مجبور کرد تا در اعتراض به وضع موجود اصفهان را ترک و گزینهٔ استقرار در قم را اختیار کند. این اقدام موجب شد تا مقامات عالی‌رتبهٔ وقت نظام مستقیماً در امور اصفهان مداخله و بخش عمده‌ای از مشکلات و اسباب اختلاف‌ها را رفع کنند. از جمله اقدامات امام راحل، عزل امید نجف‌آبادی از منصب «حاکم شرع» شهر اصفهان بود که خبر این اقدام را خود شخصاً طی نامه‌ای در دی ماه سال ۱۳۵۸ ش به حاج‌آقا حسین اطلاع داد. حاج‌آقا حسین در سایهٔ فضای مثبت پدید آمده سربلند به اصفهان بازگشت و از سوی طبقات مختلف مردم، علما و بازاریان، به گرمی مورد استقبال قرار گرفت. مهدی هاشمی و امید نجف‌آبادی، چند سال بعد از اختلافات اصفهان که ماهیت و ابعاد جرائم آن‌ها روشن‌تر شد، به دستور شخص امام راحل بازداشت، محاکمه و بر اساس حکم دادگاه اعدام شدند.
حاج‌آقا حسین در جریان دفاع مقدس، به علت کهولت سن و بیماری، امکان حضور در جبهه‌های نبرد کنار رزمدگان را نداشت. با این وجود، وی در پشت جبهه و از قلب اصفهان، در تشویق جوانان به حضور فعال در جبهه‌ها، در تشویق مردم به حمایت مادی و معنوی از رزمندگان و در تقویت روحیهٔ مردم و رزمندگان، نقش فعالی داشت.
فعالیت‌های اجتماعییکی دیگر از خصوصیات مهم حاج‌آقا حسین، احساس مسئولیت قوی ایشان در برابر مشکلات اجتماعی و زندگی روزمرهٔ مردم بود. حاج‌آقا حسین تنها مرد سیاست نبود و پیش و بلکه بیش از آن، مرد اجتماع، دارای عواطف انسانی و دارای حس نوع‌دوستی قوی بود.
بسیج کمک‌های مردمی به منظور دستگیری از محرومان جامعه، یکی از دل‌مشغولی‌های مهم وی در طول زندگی بود. انجمن‌ها و بیمارستان‌های خیریهٔ فعال و متعددی طی سالیان طولانی توسط او در اصفهان تأسیس شد. بیمارستان خیریهٔ امام حسن عسگری (ع) معروف به «عسگریه»، انجمن خیریهٔ مددکاری امام زمان (ع) برای ایتام، همچنین انجمن خیریهٔ «صادقیه» ویژهٔ سرپرستی معلولین و از کارافتادگان، از این جمله هستند. رسیدگی به خانواده‌های زندانیان و تبعیدیان دوران مبارزه علیه رژیم پهلوی، یکی دیگر از دغدغه‌های مهم زندگی وی بود. چنان‌که پیش‌تر اشاره شد، وقتی مردم مبارز اصفهان علیه رژیم پهلوی در اعتصاب بودند و بازار و مغازه‌ها تعطیل بود، پیوسته در فکر جمع‌آوری کمک‌های مردمی و ارسال آن برای لایه‌های آسیب‌پذیر اعتصاب‌کنندگان بود.
در جریان جنگ‌های ویرانگر داخلی لبنان طی سال‌های ۵۵-۱۳۵۴ ش که جمع بی‌شماری از ساکنان در شهر بیروت کشته، مجروح و بی‌خانمان شدند، حاج‌آقا حسین یکی از معدود مقامات روحانی ارشد کشور بود که از طریق امام موسی صدر، با ارسال پی در پی وجوهات شرعیه و کمک‌های مؤثر مردمی، از شیعیان جنگ‌زدهٔ آن سامان فریادرسی و حمایت کرد.
همچنین در سال ۱۳۵۷ ش وقتی زلزلهٔ ویرانگر طبس اتفاق افتاد، یکی از روحانیون بلند مرتبهٔ کشور بود که به جمع‌آوری و ارسال خیل کمک‌های مردمی برای زلزله‌زدگان مبادرت نمود.
پس از پیروزی انقلاب نیز، هم خود حاج‌آقا حسین و هم بیت او، پناهگاه مردم شهر اصفهان و از مراجع اصلی رسیدگی به درخواست‌ها و مظالم ستم‌دیدگان و گرفتاران بود. تلاش وی همواره بر آن بود تا به اندازهٔ توان خود، ولو با نوشتن یادداشتی کوچک و معرفی به مقامات مسئول، گرهی را از گره‌های مردم بگشاید.
فعالیت‌های فرهنگییکی دیگر از خصوصیات مهم حاج‌آقا حسین، حضور فعال وی در عرصهٔ فرهنگی جامعه، اهتمام وی به فرهنگ عمومی و تلاش پبوسته برای اصلاح و ارتقاء آن بود.
از نمونه اقدامات حاج‌آقا حسین در این عرصه، برپایی مؤسسهٔ فرهنگی آموزشی احمدیه در سال ۱۳۴۴ ش بود که یک باب دبستان، یک باب دبیرستان و مجموعه‌ای فرهنگی دینی را شامل می‌شد. برخی محققین این ابتکار حاج‌آقا حسین را متأثر از اقدامات فرهنگی مرحوم حجت‌الاسلام شیخ عباسعلی اسلامی در تهران و برخی شهرهای دیگر کشور دانستند. حتی اگر هم این سخن صحیح باشد، به نظر می‌رسد که افکار اصلاحی امام موسی صدر و تجربهٔ موفق فرهنگی نامبرده در جنوب لبنان نیز که طی سفر پاییز سال ۱۳۴۴ ش نامبرده به اصفهان برای حاج‌آقا حسین و علمای اصفهان بازگو شد، بی‌تأثیر نبوده است. احتمال تأثیرپذیری اخیر وقتی بیشتر می‌شود که توجه گردد، اساس‌نامهٔ مؤسسهٔ احمدیه، توسط امام صدر بود که نگاشته شد.
از دیگر اقدامات فرهنگی مهم حاج‌آقا حسین، جلسات تدریس اصول عقائد برای عموم مردم، خصوصاً برای جوانان و علی‌الخصوص برای دانشجویان، در مؤسسهٔ احمدیه بود. مساجد حاج‌رسولی‌ها و دارالشفا از دیگر مکان‌هایی بودند که حاج‌آقا حسین تلاش می‌کرد با منبر رفتن در آنجا، جوانان را جذب و معارف دینی را برای آن‌ها باز گوید.
از دیگر اقدامات فرهنگی حاج‌آقا حسین برای ارتقای سطح فرهنگی جامعه و مردم، دعوت از شخصیت‌های برجستهٔ دینی و فرهنگی کشور جهت ارائهٔ سخنرانی در اصفهان بود. علامه شیخ عبدالحسین امینی از جمله شخصیت‌هایی بود که در این راستا به اصفهان دعوت شد و در مساجد جامع، سید و نو منبر رفت و با استقبال گرم مردم مواجه شد. علامهٔ امینی که بر حاج‌آقا حسین وارد شده بود، همچنین روزهای متوالی با علما، فضلا و طلاب در آن منزل جلسات متعدد داشت و اثری عمیق بر جامعهٔ روحانیت اصفهان بر جای گذاشت. آیت‌الله علامه سید محمدحسین طباطبایی نیز از بزرگانی بود که توسط حاج‌آقا حسین به اصفهان دعوت شد تا به روشنگری بپردازد. در خود اصفهان نیز حاج‌آقا حسین اندیشمندان دردمند و متعهد را تشویق و حمایت کرد تا با تلاش‌های فرهنگی خود به روشنگری جوانان بپردازند. از جمله اقدامات اندیشمندان اصفهانی که با پشتیبانی مستقیم حاج‌آقا حسین انجام گرفت، جلسات تفسیر قرآن استاد علی‌اکبر پرورش طی سال‌های ۱۳۴۸ و ۱۳۴۹ ش در مسجد حاج‌رسولی‌ها بود. اقدامی دیگر از این نوع، انتشار کتاب «دومین رمضان» بود که توسط برادران اژه‌ای نگارش شد.
از دیگر اقدامات فرهنگی حاج‌آقا حسین، تشویق جوانان و خصوصاً دانش‌آموزان و دانشجویان، به تشکیل انواع جمعیت‌ها و انجمن‌های اسلامی و اقدام به حمایت مادی و معنوی از آن‌ها بود.
حساسیت در برابر انحرافات دینییکی دیگر از خصوصیات مهم حاج‌آقا حسین، حساسیت، موضع‌گیری صریح و تلاش‌های روشنگرانهٔ او در برابر نه تنها انحرافات، بلکه در برابر چالش‌های مهم فکری و دینی جامعه بود.
نمونه‌ای از تلاش‌های حاج‌آقا حسین در برابر انحرافات فکری موجود در جامعه، پاسخ‌گویی مستدل وی به تبلیغات و شبهات مطرح شده توسط جریان الحاد، مادی‌گرایان، کمونیست‌ها و توده‌ای‌ها بود که حتی وجود خداوند را منکر بودند. بسیاری از جلسات و سخنرانی‌های حاج‌آقا حسین در مساجد حاج‌رسولی‌ها، دارالشفاء و مؤسسهٔ احمدیه، برای پاسخ‌گویی به این نوع شبهات شکل گرفت. کتاب «رهبر سعادت» نیز نمونه‌ای از آثار مکتوب وی است که در این حوزه نگارش شد و صفحاتی بعد معرفی خواهد شد.
نمونه‌ای دیگر از حساسیت حاج‌آقا حسین در برابر انحرافات دینی جامعه، موضع صریح وی در برابر مخالفان حجاب بانوان بود. وی سال ۱۳۷۱ ق در پاسخ به استفتایی نه تنها اعلام کرد که «حجاب زن نسبت به مو، گردن و بدن» را امری واجب و از ضروریات مذهب اسلام می‌داند، بلکه تصریح نمود که منکرین حجاب را نیز فاقد صلاحیت اعتماد مردم جهت نمایندگی آن‌ها در پارلمان می‌داند.
نمونه‌ای دیگر از تلاش‌های حاج‌آقا حسین در برابر انحرافات دینی موجود در جامعه، مبارزهٔ فکری وی با فِرَق ضاله، خصوصاً با فرقهٔ بهائیت بود. حاج‌آقا حسین علما، فضلا و مبلغین متعددی را به مدارس، مجالس، محافل و روستاهای گوناگون فرستاد تا میان جوانان و مردم روشنگری و با طرح پاسخ‌های مستدل، تبلغیات بهائیان را بی‌اثر سازند. برخی سخنرانی‌های خود وی نیز در مساجد حاج‌رسولی‌ها، دارالشفاء و در مؤسسهٔ احمدیه، پاسخ‌گویی مستدل به شبهاتی بود که بهائیان در برابر جوانان طرح کرده بودند.
نمونه‌ای دیگر از حضور فعال حاج‌آقا حسین در چالش‌های فکری مهم جامعه، تلاش‌های وی در جریان کتاب «شهید جاوید» بود. این کتاب که توسط آیت‌الله نعمت‌الله صالحی نجف‌آبادی نگاشته شد، هدف قیام امام حسین (ع) را به دست گرفتن حکومت عنوان کرده بود. در این کتاب استدلال شده بود (نقل به مضمون) که امام حسین (ع) اگر می‌دانست که قیامش قرین شکست خواهد شد و بر حکومت دست نخواهد یافت، دست به قیام نمی‌زد و به کربلا نمی‌رفت. نتیجهٔ ضمنی این استدلال، انکار علم و همچنین عصمت امام (ع) از خطا بود. حاج‌آقا حسین و یاران نزدیک او علیه این تفکر موضع گرفتند و در جلسات متعدد به روشنگری اذهان مردم و جوانان پرداختند.
چالش‌های فکری ایجاد شده توسط توسط آیت‌الله سید جواد غروی اصفهانی و نیز دکتر علی شریعتی از دیگر مواردی بود که حاج‌آقا حسین و همفکران وی در برابر آن پاسخ‌گویی و نسبت به روشنگری اذهان مردم، خصوصاً جوانان و بالاخص تحصیل‌کردگان، اقدام کردند.
برخورداری از سعهٔ صدربرخورداری حاج‌آقا حسین از سعهٔ صدر و روحیهٔ تسامح، دوری ایشان از تعصب و خشک‌مقدسی، خصوصاً در برابر جوانان و حتی در برابر دگراندیشان، یکی دیگر از خصوصیات مهم شخصیتی وی بود. این خصوصیت شخصیتی، مکمل حساسیت ایشان در برابر انحرافات دینی و رفتاریِ مبتلا بهِ جامعه بود.
نقل کرده‌اند که در روزگاری که کتاب‌های امثال احمد کسروی «ضاله» نامیده می‌شد، نسخهای از این کتاب‌ها در کتابخانهی شخصی حاج‌آقا حسین موجود بود و حتی فرزندان غیر روحانی ایشان اجازه داشتند آن‌ها را مطالعه کنند. گاهی که برخی دوستان حاج‌آقا حسین به رفتار آزادمنشانهٔ وی اعتراض می‌کردند، پاسخ ایشان چنین بود [نقل به مضمون] که بچه‌ها اینجا این کتاب‌ها را نخوانند، جای دیگر خواهند خواند. پس بگذاریم همینجا بخوانند تا پاسخ شبهات مطرح شده را نیز از خود ما بشنوند.
همچنین نقل کرده‌اند که حاج‌آقا حسین روزی در مجلسی میهمانی به اتاقی وارد شد که دو تن از جوانان فامیل در آن مشغول «ورق‌بازی» بودند. حاج‌آقا حسین وقتی صحنه را دید، بر اساس تسامحی که داشت، بی‌آن‌که دو جوان را توبیخ یا منفعل کند، با آن‌ها سر به شوخی گذاشت. وقتی نیز دقایقی بعد اتاق را ترک گفت، بازی دو جوان که صد البته شکل قمار نداشت، با شادابی تمام ادامه یافت.
حاج‌آقا حسین سالیان طولانی، با نهایت صمیمیت و گرمی، در جلسات انجمن‌های اسلامی دانش‌آموزان و دانشجویان شهر اصفهان که به طور مخفیانه در منازل افراد برپا می‌شد، حضور می‌یافت، کنار جوانان بر زمین می‌نشست و با آن‌ها به گفتگو می‌پرداخت. همیشه و همه جا، با متانت پرسش‌ها و آراء مخالف را می‌شنید و سپس با منطق، با مهربانی و به دور از تندی و احساسات، پاسخ می‌گفت.
رفتار حاج‌آقا حسین حتی با دگراندیشان، همواره اخلاقی، سازنده، دور از تعصب و بر اساس میانه‌روی و اعتدال بود. نقل کرده‌اند که روزی در مراسم ختم یکی از سر‌شناسان شهر اصفهان شرکت جست. پسر متوفا که تازه از فرنگ برگشته بود، کنارش بر زمین نشست. جوان در گفتگویی که با حاج‌آقا حسین رد و بدل کرد، وجود خداوند را انکار نمود. حاج‌آقا حسین از جوان سؤال کرد: «آیا اروپا با تمام پیشرفت‌های صنعتی که تاکنون داشته، توانسته است کُرّات و آسمان‌ها را در جست‌وجوی خدا در نوردد و یقین کند که خدایی وجود ندارد»؟ جوان پاسخ داد: خیر. حاج‌آقا حسین مجدداً از او سؤال کرد: «در این صورت شما نیز یقین ندارید که خدا نیست»؟ جوان پاسخ داد: «خیر! در شک و تردید هستم». حاج‌آقا حسین گفت: «پس من شما را از شک و تردید بیرون می‌آورم، به طوری که یقین کنید خدایی هست». جوان پیشنهاد حاج‌آقا حسین را پذیرفت و روزهای متوالی به منزل ایشان رفت تا راجع به توحید و دیگر اصول اعتقادی گفتگو کنند. حاصل این گفتگو‌ها، کتاب «سؤال و جواب پیر و بُرنا» یا همان «رهبر سعادت» شد که صفحاتی بعد در زمرهٔ آثار حاج‌آقا حسین ذکر خواهد شد.
همچنین نقل کرده‌اند که در غائلهٔ کتاب «شهید جاوید» و همچنین در چالش‌های فکری مرتبط با آیت‌الله غروی و دکتر شریعتی، حاج‌آقا حسین هرگز چوب تکفیر و برچسب‌زنی را علیه کسی بلند نکرد، هرگز احدی را از دایرهٔ اسلام و دین خارج نخواند و هرگز در معرکه‌های ناسزاگویی از فراز منابر وارد نشد. بالعکس، رویهٔ حاج‌آقا حسین آن بود که ضمن رعایت دقیق اخلاق، اعتدال و حرمت افراد، از راه گفتگو، منطق و حتی به‌کارگیری چاشنی محبت، پاسخ‌گویی، روشنگری و مشکلات را علاج کند. در اوایل غائلهٔ کتاب «شهید جاوید»، حاج‌آقا حسین حتی به شهر قم سفر کرد تا ضمن دیدار با مؤلف کتاب و نویسندگان تقریظ بر آن، بلکه اختلافات فکری را از راه محبت و با گفتگوی صمیمانه حل کند.
در ماجرای دکتر شریعتی نیز حاج‌آقا حسین نه مثل برخی روحانیون راه طرد شدید همراه با اتهام‌زنی را در پیش گرفت و نه مثل برخی دیگر راه طرف‌داری مطلق و همه‌جانبه را. حاج‌آقا حسین راه میانه را در پیش گرفت و ضمن تأکید بر این نکته که آثار دکتر شریعتی به سبب عدم تخصص او در مسائل اسلامی خالی از اشکال نیست و لذا نمی‌تواند در جایگاه متون مرجع فکری مکتب تشیع قرار گیرد، اما منصفانه قبول داشت که مباحث خوب و ستودنی نیز در آثار مزبور وجود دارد که در جایگاه خود قابل استفاده است.
از جمله مسائل مهمی که حاج‌آقا حسین در تعامل با چالش‌های فکری مهم جامعه مورد توجه قرار می‌داد، حفظ اتحاد و انسجام مردم بود. وی با هوشمندی دریافته بود که ساواک در پی بهره‌برداری از این چالش‌ها و دامن زدن به هرگونه اختلاف علما جهت تضعیف اتحاد، انسجام و نتیجتاً نهضت مردم علیه دستگاه سلطنت است. توجه به این نکتهٔ مهم نیز مزید بر علت شده بود تا حاج‌آقا حسین همواره تلاش کند، جانب میانه‌روی و اعتدال را در پیش بگیرد و محور هیچ جریانی علیه جریانی دیگر واقع نشود. در غائلهٔ کتاب «شهید جاوید»، آیت‌الله حاج‌آقا حسن امامی از یاران همفکر حاج‌آقا حسین، کتابی مستدل در مقام رد نوشت. با اینکه محتوای کتاب به لحاظ علمی مورد ستایش حتی بزرگانی چون شهید آیت‌الله دکتر بهشتی قرار گرفته بود، اما به توصیهٔ آن شهید و به منظور پرهیز از تشدید اختلافات، از چاپ و انتشار آن خودداری شد. اگر حاج‌آقا حسین با اجتناب از انتشار کتاب مزبور مخالف بود، کتاب بی‌شک همان وقت منتشر می‌شد.
خوشفکری و ابتکارخوشفکری، حسن سلیقه، ابتکار و خلاقیت حاج‌آقا حسین، یکی دیگر از خصوصیات مهم شخصیتی ایشان بود.
شاید برجسته‌ترین نمود خوشفکری حاج‌آقا حسین، جمع موفق او میان فقاهت و سیاست بود. حاج‌آقا حسین در حالی به عنوان مجتهدی جامع‌الشرایط در عرصهٔ سیاست ورود پیدا کرد و دهه‌های متمادی می‌دان‌دار شد، که بی‌مبالغه می‌توان گفت در میان همگنان معاصر خود در حوزهٔ علمیهٔ اصفهان، از این جهت تنها بود. آیات‌الله حاج‌آقا رحیم ارباب، سید محمدرضا خراسانی، شیخ محمدباقر زند کرمانی، سید ابوالحسن شمس‌آبادی، سید عبدالحسین طیب و شیخ احمد فیاض که فقهای بزرگ معاصر حاج‌آقا حسین در حوزهٔ علمیهٔ اصفهان بودند، هیچ‌کدام در عرصهٔ سیاست ورود پیدا نکردند. آیات‌الله سید محمدباقر درچه‌ای، میر محمدصادق مدرس خاتون‌آبادی، سید ابوالقاسم دهکردی، شیخ محمدرضا نجفی مسجدشاهی، سید محمد نجف‌آبادی و سید علی نجف‌آبادی نیز که فقهای بزرگ نسل قبل از حاج‌آقا حسین در حوزهٔ علمیهٔ اصفهان بودند، هیچ یک در عرصهٔ سیاست نقش‌آفرینی نکردند. فقهای بزرگ حوزهٔ علمیهٔ اصفهان طی دو قرن اخیر که در عرصهٔ سیاست ورود و می‌دان‌داری کردند، منحصر به آیات‌الله سید محمدباقر شفتی (معروف به سید حجت‌الاسلام)، شیخ محمدباقر نجفی، و دو فرزند فرد اخیر، آقا شیخ محمدتقی نجفی و حاج‌آقا نورالله نجفی بودند. حاج‌آقا حسین پنجمین مجتهد جامع‌الشرایط و برجسته حوزهٔ علمیهٔ اصفهان طی دو قرن اخیر است که فقاهت و سیاست را با هم جمع کرد و البته بی‌شک در علمیت بر دو عالم قبل از خود برتری داشت.
نمود دیگر خوشفکری حاج‌آقا حسین این نکتهٔ مهم بود که وی نه تنها در عرصهٔ سیاست ورود جدی پیدا کرد، بلکه همواره در این عرصه مسیر میانه‌روی و اعتدال را طی نمود. در میان رهبران انقلاب اسلامی ایران روحانیون برجستهٔ دیگری هم وجود داشته و دارند که فقاهت و سیاست را با هم در آمیختند. اما اندک است تعداد کسانی که در عرصهٔ سیاست، پیوسته مسیر میانه‌روی و اعتدال را طی کردند. اغلب بزرگان در برهه‌ای از زمان، طی ایام جوانی یا در اولین سال‌های مبارزه، سوابقی از تندروی را تجربه کردند؛ هرچند اغلب در دوران پختگی و خصوصاً در سال‌های آخر عمر، متنبه شدند و مسیر اعتدال را پیش گرفتند. حاج‌آقا حسین اما مثل آیات‌الله امام موسی صدر، دکتر بهشتی، استاد مطهری و شهید صدوقی، از مجتهدین جامع‌الشرایط به راستی انگشت‌شماری بود که در عین ورود جدی به عرصهٔ سیاست، از همان ابتدا و به طور پیوسته، مسیر میانه‌روی و اعتدال را طی کرد.
یکی دیگر از نمودهای خوشفکری حاج‌آقا حسین، دیپلماسی حوزوی بسیار فعال و قوی وی بود. حاج‌آقا حسین یکی از مهم‌ترین پنجره‌های ارتباط حوزهٔ علمیهٔ اصفهان با دنیای خارج بود. وی از همان اولین روزی که به ایران بازگشت و در اصفهان ماندگار شد، تا آخرین روز حیات، با مراجع مطلق وقت عالم تشیع، روابطی مستقیم، گرم، صمیمانه و تماس پیوسته داشت. در زمان مرجعیت هر یک از آیات عظام سید ابوالحسن اصفهانی، سید صدرالدین صدر، سید حسین بروجردی، سید محسن حکیم و امام خمینی، محل مراجعهٔ پیوستهٔ آن بزرگان، خصوصاً در امور مربوط به اصفهان، نماینده و وکیل شرعی آن‌ها، یا از جانب آن‌ها مجاز به دخالت در امور حسبیه بود. با دیگر مراجع مهم عالم تشیع، همچنین با علماء بزرگ بلاد و رهبران ارشد جامعهٔ اسلامی نیز، دارای روابط عمیق دوستی و در تماس دائم بود. از جمله بزرگانی که مرتب با آن‌ها در ارتباط بود، می‌توان آیات عظام و آیات‌الله میلانی و سید عبدالله شیرازی در مشهد، شریعتمداری، سید محمدرضا گلپایگانی، مرعشی نجفی و علامهٔ طباطبایی در قم، سید ابوالقاسم کاشانی، سید احمد خونساری، سید علی بهبهانی و دکتر بهشتی در تهران، شهید صدوقی در یزد، سید عبدالحسین دستغیب در شیراز، شیخ علی‌اصغر صالحی کرمانی در کرمان، شیخ عبدالرسول قائمی در آبادان، سید محمود شاهرودی، شیخ عبدالحسین امینی، سید ابوالقاسم خویی و سید محمدباقر صدر در نجف، سید عبدالحسین شرف‌الدین و امام موسی صدر در بیروت را نام برد. حاج‌آقا حسین نه تنها با عالمان بزرگ حوزوی در تماس دائم بود، بلکه با بزرگان و فعالان ملی مذهبی کشور نیز ارتباط داشت. از جملهٔ این فعالان، می‌توان دکتر محمد مصدق و دکتر مظفر بقایی را نام برد. میزان خوشفکری حاج‌آقا حسین زمانی بیشتر آشکار می‌شود که توجه گردد، تماس وی با بزرگان ملی مذهبی و اهتمام وی به آگاهی یافتن از آراء آنان به زمانی مربوط است که پارهای علمای انقلابی‌تر، از جمله آیت‌الله العظمی منتظری، از حتی دیدار با امثال آن آقایان استنکاف داشتند. دیپلماسی حوزوی فعال و قوی حاج‌آقا حسین برکات مهمی همراه داشت. شاید مهم‌ترین این برکات، کمک به اتحاد و انسجام و هماهنگی روحانیت ایران در مبارزه علیه رژیم شاه بود. برکت دیگر، رهایی مبارزان متعددی از انواع فشار‌ها و خطرهای امنیتی بود. یکی از این مبارزان، آیت‌الله شیخ علی‌اکبر هاشمی رفسنجانی بود که در یکی از دفعات گرفتاری، تنها و تنها به برکت دیپلماسی فعال و قوی حاج‌آقا حسین، حکم اعدامش به شش سال حبس تقلیل یافت.
نمود دیگر خوشفکری حاج‌آقا حسین، اهتمام جدی وی به کار دسته‌جمعی و تشکیلاتی بود. حاج‌آقا حسین از معدود فقهای فعال در عرصهٔ اجتماع و سیاست بود که چون امام موسی صدر و دکتر بهشتی، به طور دسته جمعی و تشکیلاتی کار کرد و به این شیوه اعتقاد و بلکه بر آن اصرار داشت. احیاء هیئت علمیهٔ اصفهان در کنار آیت‌الله میرزا حسن چهارسوقی و تنظیم امور روحانیت شهر اصفهان در چارچوب آن، راه‌اندازی مؤسسهٔ فرهنگی احمدیه و تشریک مساعی در راه‌اندازی هیئت وعاظ اصفهان و همچنین جمعیت‌های خیریه و انجمن‌های فرهنگی و صنفی متعدد، نمونه‌هایی از اهتمام حاج‌آقا حسین به کار دسته‌جمعی و تشکیلاتی است.
یکی دیگر از نمودهای خوشفکری حاج‌آقا حسین، اهتمام وی به جوانان، تحصیلات جدید، مدارس جدید و دانشگاه‌ها است. حاج‌آقا حسین نه تنها بخش قابل توجهی از عمر خود را کنار دانشجویان و حتی دانش‌اموزان گذراند و صرف پاسخ‌گویی به نیازهای فکری و روحی آن‌ها کرد، بلکه خود سراغ جوانان رفت و در خانه ننشست تا جوانان سراغ او بیایند. حاج‌آقا حسین نه تنها بر خلاف اغلب فقهای سنتی معاصر و هم‌طبقهٔ خود با تحصیل جوانان در مدارس جدید مخالف نبود، بلکه مشوق احداث مدارس جدید بر اساس اصول تربیتی صحیح بود و خود شخصاً دبستان و دبیرستان احمدیه را تأسیس کرد. حاج‌آقا حسین نه تنها با تحصیل عالیهٔ جوانان در دانشگاه مشکل نداشت، بلکه با جمعیت‌های مختلف دانشجویی رابطهٔ نزدیک داشت و حتی سه تن از فرزندان ذکور وی، با رضایت پدر، در بهترین دانشگاه‌های ایران و آلمان تا پایان مقطع دکترا به تحصیل پرداختند.
حاج‌آقا حسین حتی در منطق و ادبیات گفتگو با جوانان، صاحب سبک و اهل ابتکار و خلاقیت بود. نمونه‌ای از ابتکارات مهم وی در این عرصه، منطق و سبک استدلال متناسب با اقتضائات روز وی در پاسخ‌گویی به شبهات اعتقادی جوانان در کتاب کلامی و عمیق «رهبر سعادت» بود. وی در این کتاب که زمان پهلوی اول نگاشته شد، بسیار استادانه از نظرات کامیل فلاماریون ستاره‌شناس برجستهٔ فرانسه در باب عظمت کهکشان‌ها استفاده و نظم عالم خلقت و وجود خداوند را اثبات کرده بود. حاج‌آقا حسین به گواهی کتاب مزبور، از پیشگامان استفاده از یافته‌های علمی دانشمندان غربی در اثبات معارف دینی بود. این روش بعد‌ها توسط روحانیون روشنفکر مورد اقتباس و آراء علمی دانشمندانی چون گوستاو لوبون و آلکسیس کارل در انواع مباحث دینی مورد استناد قرار گرفت. افزون بر منطق و سبک استدلال کتاب «رهبر سعادت»، ادبیات و سبک «پرسش و پاسخ» داستان‌گونهٔ این کتاب نیز در پاسخ‌گویی به شبهات اعتقادی جوانان، نوعی ابتکار بود. شاید به سبب این ابتکارات بود که آیت‌الله شیخ جعفر سبحانی در مناسبتی راجع به کتاب «رهبر سعادت» چنین گفتند: «امروز کتاب‌های فراوانی به این سبک تألیف شده است. ولی مبدأ اصلی رهبر سعادت است. تألیف به سبک جدید و این روش که رهبر سعادت نام دارد، ابتدا از مرحوم آقای خادمی شروع شد. ابتکاری بود که منشأ شد دیگران از آن تقلید کنند. این سبک را ایشان ایجاد کردند».
بی‌شک یکی از مهم‌ترین نمودهای خوشفکری حاج‌آقا حسین، حمایت وی از روحانیون درس‌خوانده و روشنفکری چون امام موسی صدر و دکتر بهشتی بود. صدر و بهشتی، نه تنها از زمان فعالیت در لبنان و آلمان، بلکه از دوران طلبگی در قم، به رغم وفاداری کامل به فقه جواهری، اما به اشراف بر اقتضائات عصر، به ملاحظهٔ دو عنصر زمان و مکان در استنباط و در یک کلام، به روشنفکری شهرت داشتند. صدر به جهت فتوایش در خصوص طهارت اهل کتاب، همچنین به سبب اقدامات مؤثرش در خصوص گفتگو و تعایش اسلام و مسیحیت، نیز به سبب اعتقادش به ضرورت تعامل سازندهٔ شیعیان با حاکمان و پادشاهان عرب و ایران، مورد انتقاد شدید پارهای روحانیون انقلابی اطراف امام خمینی واقع شده بود. بهشتی نیز به سبب اعتقادات راسخش در خصوص تقریب مذاهب اسلامی، مورد انتقاد شدید روحانیون سنتی شهر تهران بود. دامنهٔ این انتقادات تا حدی گسترده بود که بهشتی پس از بازگشت از آلمان و طی حدود یک دهه اقامت در تهران، در هیچ مسجدی اقامهٔ جماعت نکرد. حمایت قاطع صدر و بهشتی از فعالیت دکتر شریعتی نیز سبب دیگر انتقاد برخی روحانیون سنتی از آن‌ها بود. حاج‌آقا حسین در میانهٔ هیاهوی سنگین این انتقادات اما نه تنها به خیل منتقدین نپیوست، بلکه رابطهٔ دوستانهٔ خود را با صدر و بهشتی حفظ کرد و حتی در جهت حمایت از آن‌ها همت گمارد. صدر هرگاه به ایران و اصفهان سفر می‌کرد، منزل حاج‌آقا حسین یکی از دو مرکزی بود که بر آن وارد می‌شد. حاج‌آقا حسین پیوسته یکی از مهم‌ترین حامیان مادی و معنوی فعالیت‌های اجتماعی سیاسی صدر در لبنان بود. در طول سال‌های ۱۳۵۵ و ۱۳۵۶ ش که اختلافات آیت‌الله سید مصطفی خمینی و اطرافیان او با صدر به اوج خود رسیده بود، حاج‌آقا حسین آستین همت بالا زد تا با نگارش نامه‌هایی، میان صدر از سویی و خمینی پدر و پسر از سوی دیگر، تألیف قلوب کند. بعد از پیروزی انقلاب نیز حاج‌آقا حسین از معدود شخصیت‌های روحانی عالی‌مقام کشور بود که همراه و همپای آیات‌الله صدوقی و سید محمدباقر سلطانی طباطبایی، شخصاً پیگیری سرنوشت امام صدر را از امام خمینی مطالبه کرد. در مورد بهشتی، حاج‌آقا حسین از صمیم قلب دوست‌دار وی و چنان‌که پیش‌تر گفته شد، حتی قائل بود که «وی را بزرگ کرده است». از اقدامات مهم حاج‌آقا حسین در حمایت از بهشتی، برپایی جلسهٔ باشکوهی بود با حضور تمامی علما و روحانیون اصفهان در مؤسسهٔ احمدیه، تا بهشتی فرصت یابد اعتقادات خود را در باب وحدت شیعه و اهل سنت تشریح کند و موضوعاتی چون شریعتی و حجاب را مورد بحث قرار دهد. آن‌طور که محمد پیشگاهیفرد به نقل از برخی حاضرین و نیز دکتر خلیل رفاهی بر اساس مشاهدات شخصی‌اش در خاطرات خود آورده‌اند، آن روز بهشتی بر اساس منابع اصیل تاریخی و روایی، خصوصاً کتب «من لا یحضره الفقیه» و «اصول کافی»، طی یک بحث عمیق و سنگین حوزوی و اجتهادی، استنباطات خود را ارائه کرد و با اقناع افراد متعددی از حاضرین، سربلند از میدان بحث طلبگی بیرون آمد.
شاید توجه به این نمودهای خوشفکری حاج‌آقا حسین بود که سال‌ها بعد برخی عالمان بزرگ مثل آیت‌الله سید مرتضی مستجابی تأکید کردند که «آیت‌الله خادمی فقیهی قشری نبود» و بعضی دیگر مثل آیت‌الله العظمی سلطانی طباطبایی وی را «فقیهی روشنفکر» نامیدند.
آرای فقهی حاج‌آقا حسین غالباً موافق مشهور بود. از معدود آراء فقهی خلاف مشهور حاج‌آقا حسین، اعتقاد وی را بر توقف نماز جمعه در عصر غیبت بر شمرده‌اند. ن نقل شده است که وی متنجس را نجس کننده نمی‌دانست. در مورد نظر حاج‌آقا حسین راجع به نظریهٔ ولایت فقیه، نقل شده است که وی بر اساس پارهای دلایل فقهی، به اصل ولایت فقیه اعتقاد داشت. اما در بارهٔ حیطهٔ اختیارات ولی فقیه، احتمال داده شده است که وی چون شاگرد میرزای نائینی بود و مبانی فقهی شاگرد معمولاً برخاسته از مبانی فقهی استاد است، جز مسألهٔ قضاوت و امور حسبیهٔ مختص به فقها، شاید نظرشان به آن وسعت نبود.
استقلال فکریاستقلال فکری و رفتاری حاج‌آقا حسین، یکی دیگر از خصوصیات مهم شخصیتی ایشان بود. وی اگرچه برای نهاد مرجعیت شیعه احترام فوق‌العاده‌ای قائل بود، اما هرگز در کسی ذوب نشد و در همه حال استقلال فکری و رفتاری خود را حفظ کرد. در عین حال که در حیطهٔ مسائل کلان جهان اسلام و عالم تشیع به هماهنگی با نهاد مرجعیت در قم یا نجف کاملاً معتقد و پایبند بود، اما در حیطهٔ مسائل محلی و خاص وقتی در بارهٔ موضوعی به جمع‌بندی قطعی می‌رسید، بر اساس نظر خود عمل می‌کرد، حتی اگر مرجع وقت نظر دیگری داشته باشد.
در اوایل دوران زعامت آیت‌الله العظمی بروجردی در قم، آیت‌الله العظمی سید صدرالدین صدر که رئیس حوزهٔ علمیهٔ قم پس از رحلت آیت‌الله العظمی شیخ عبدالکریم حائری بود، توسط برخی اطرافیان آقای بروجردی مورد بی‌مهری واقع شد. نقل کرده‌اند حاج‌آقا حسین وقتی از اخبار و فضای قم آگاهی یافت، به رغم ارادتی که به آقای بروجردی داشت، آقای صدر را به اصفهان دعوت و مقدمات کار را فراهم کرد. آقای صدر در تابستان یکی از سال‌های ۱۳۲۴ یا ۱۳۲۵ ش سفری چند ماهه به اصفهان رفت، بر حاج‌آقا حسین وارد شد و مورد استقبال فوق‌العاده گرم عموم علما، روحانیت و طبقات مختلف مردم شهر گرفت. طی مدت سفر، نمازهای جماعت شهر اصفهان عملاً تعطیل شد و قاطبهٔ مردم در مسجد دارالشفاء پشت سر آقای صدر قرار گرفتند. با تقاضای حاج‌آقا حسین و فضلای اصفهان، آقای صدر درس خارج فقهی را در مدرسهٔ صدر بازار برپا کرد که با اقبال گستردهٔ علما مواجه شد و به تعبیر آیت‌الله العظمی سید محمدعلی موحد ابطحی، «جمعیتی انبوه و خیلی آبرومند» در آن شرکت جستند. مقصود حاج‌آقا حسین، استقرار دائمی آقای صدر در اصفهان و عدم بازگشت ایشان به قم بود. آقای بروجردی اما با این تصمیم مخالف و بی‌شک مخالفت ایشان نیز برای انسان باهوشی چون حاج‌آقا حسین قابل پیش‌بینی بود. نهایتاً آقای بروجردی نمایندگانی را به اصفهان فرستاد و با دعوت آقای صدر، موجبات بازگشت ایشان را به قم فراهم کرد.
نمودی دیگر از استقلال رأی حاج‌آقا حسین، در قصهٔ مؤسسهٔ فرهنگی آموزشی احمدیه بود. نقل کرده‌اند که در اوایل دوران زعامت امام خمینی، برخی مخالفانِ حاج‌آقا حسین در اصفهان با ارسال اطلاعاتی نادرست ذهن امام راحل را نسبت به مؤسسهٔ احمدیه مشوش کرده بودند. امام خمینی در این ارتباط طی نامه‌ای برای حاج‌آقا حسین چنین نوشت: «قضیهٔ مدرسهٔ احمدیه نمی‌دانم چیست؟ گفته‌اند در مدرسهٔ احمدیه بعضی اشخاص معلوم‌الحال دخالت دارند. این معنا اسباب نگرانی بعضی و گله‌مندی برخی دیگر شده است. جنابعالی خوب واقف هستید که این نحو مؤسسات تبلیغی را باید با احتیاط کامل تلقی کرد. دخالت جنابعالی برای حیثیت شما مضر است». حاج‌آقا حسین که به حقایق مؤسسهٔ احمدیه و به حواشی و جزئیات آن وقوف کامل داشت، به رغم انتقاد امام راحل از موضع خود عقب ننشست و طی نامهٔ تذکر ایشان را پس از ارائهٔ توضیحات مفصل چنین پاسخ گفت: «این مؤسسه، دینی است. پول‌هایی مردم داده‌اند. کسانی که مخالفت می‌کنند، یک عده مردم بی‌دین و ناپاک هستند». در پی پاسخ قاطع حاج‌آقا حسین، امام راحل از موضع اولیهٔ خود عقب نشست و مسأله را به خود حاج‌آقا حسین واگذار کرد: «مرقومهٔ محترم حاکی از سلامت مزاج مبارک، موجب تشکر گردید. از مطالبش مطلع شدم. غرض این‌جانب جز حفظ حیثیات سرکار نبوده و نیست. به طوری که مرقوم شده است، این مؤسسه موافق صلاح است و یری اشاهد ما هو یری الغائب. ممکن است بعضی‌ها که مطالبی [علیه مدرسهٔ احمدیه] گفتند، یا بی‌اطلاع یا غرض در کار بوده است. در هر صورت جنابعالی هر طور صلاح می‌دانید، عمل بفرمایید».
نمودی دیگر از استقلال رأی حاج‌آقا حسین، مخالفت پیوسته و قاطع وی با افراط و تندروی در دوران قبل و پس از پیروزی انقلاب، خصوصاً با برخی اعدام‌ها، مصادره‌ها، زیر پا گذاشتن‌های پارهای حقوق مسلم شهروندی و هتک حرمت بعضی بزرگان بود. چنان‌که پیش‌تر گفته شد، حاج‌آقا حسین بسیار بسیار زود‌تر از برجستگانی چون آیات‌الله منتظری و طاهری اصفهانی، علیه تندروی، خشونت و تجاوز به حقوق شهروندی موضع گرفت.
گریز پیوسته از مرجعیتپرهیز و بلکه گریز پیوستهٔ حاج‌آقا حسین از تصدی مسئولیت مرجعیت دینی، یکی دیگر از خصوصیات مهم شخصیتی وی بود. حاج‌آقا حسین به لحاظ سنی یک سال از امام خمینی (متولد سال ۱۳۲۰ ق/۱۲۸۱ ش) بزرگ‌تر بود. در همان حال، سال‌ها بیش از امام خمینی، در دروس خارج مراجع بزرگ شیعه شرکت جسته بود. با این امتیاز که امام خمینی در قم، اما حاج‌آقا حسین در نجف اشرف درس‌های اجتهادی خود را گذرانده بود. اگر امام راحل یک دهه شاگردی آیت‌الله العظمی شیخ عبدالکریم حائری را کرده بود، حاج‌آقا حسین چنان‌که پیش‌تر گفته شد، از سال ۱۳۳۹ تا سال ۱۳۵۴ ق بیش از پانزده سال تمام شاگردی اعاظمی چون آیات عظام میرزای نائینی، آقا ضیاء عراقی و سید ابوالحسن اصفهانی را نموده بود. از لحاظ هوش و استعداد نیز حاج‌آقا حسین، قطعاً از امام خمینی کم نداشت. یعنی اگر اقوی نبود، کمتر هم نبود. او وارث هوش و استعداد خاندان صدر و چنان‌که پیش‌تر نقل شد، از مبرز‌ترین شاگردان میرزای نائینی بود. قریب ده سال نیز پیش‌تر و بیشتر از امام خمینی، دروس خارج فقه و اصول را تدریس کرده بود. حاج‌آقا حسین تدریس دروس خارج حوزوی را از حدود سال ۱۳۱۴ ش آغاز کرده بود، امام راحل اما از حدود سال ۱۳۲۴ ش. تعامل مراجع بزرگ شیعه نیز با حاج‌آقا حسین، از جنس تعامل آن‌ها با افراد هم‌تراز خود بود. رسم است که مراجع بزرگ شیعه، در مکاتبات خود تنها افرادی در سطح مرجعیت را «آیت‌الله» خطاب می‌کنند. در همین حال برخی مراجع بزرگ وقت شیعه که با حاج‌آقا حسین مکاتبه داشتند، از جمله آیات عظام میلانی، شریعتمداری، سید محمدباقر صدر و سید عبدالله شیرازی، لقب «آیت‌الله» را خطاب به ایشان بکار می‌بردند. در مورد آیت‌الله العظمی مرعشی نجفی نوشته‌اند که وقتی شهروندان اصفهانی برای استفتاء به ایشان مراجعه می‌کردند، به حاج‌آقا حسین ارجاع و تأکید می‌کرد که «هرچه ایشان بفرمایند، من قبول دارم». در مورد آیت‌الله العظمی گلپایگانی نیز در اسناد ساواک آمده است که در تیر ماه سال ۱۳۵۷ ش اصرار برخی روحانیون اصفهان را مبنی بر دخالت در مدیریت مؤسسهٔ احمدیه رد و در پاسخ آن‌ها تصریح کرد: «سرپرستی مؤسسهٔ احمدیه با آیت‌الله خادمی می‌باشد و هرگونه فعل و انفعال در آنجا بایستی تحت نظر آقای خادمی باشد... اگر من بخواهم به جای آقای خادمی شخص دیگری را انتخاب کنم، به ایشان اهانت می‌شود». در مرتبهٔ بعد از مراجع دینی، علماء بزرگ بلاد نیز به گواهی نوع تعامل یا خاطراتشان، حاج‌آقا حسین را در سطح مرجعیت می‌دیدند. آیت‌الله صدوقی در مکاتبات خود با حاج‌آقا حسین از لقب «آیت‌الله العظمی» استفاده می‌کرد که تنها در مورد مراجع بکار می‌رود. یا مثلاً آیت‌الله طاهری خرم‌آبادی در خاطرات خود آورده است که «آقای خادمی از علمای شاخص اصفهان و در حد یک مرجع تقلید بود». غرض آنکه حاج‌آقا حسین به لحاظ علمی، بی‌شک از امام خمینی کمتر نبود و مراجع عظام و علماء بزرگ بلاد نیز ایشان را در سطح مرجعیت می‌دیدند. از خصوصیات مهم و کم‌نظیر شخصیتی حاج‌آقا حسین اما، گریز آشکار و پیوستهٔ ایشان از تصدی مرجعیت دینی بود. پس از درگذشت آیت‌الله العظمی بروجردی در سال ۱۳۴۰ ش، وقتی دوران مرجعیت امام خمینی و هم‌قطاران ایشان آغاز شد، حاج‌آقا حسین نیز می‌توانست رسالهٔ عملیهٔ خود را در اصفهان منتشر و ادعای مرجعیت کند. درست همان‌طور که مثلاً امروز آیت‌الله حاج‌آقا حسین مظاهری در همین شهر و به حق، ردای مرجعیت را بر تن نموده است. حاج‌آقا حسین چنان‌که پیش‌تر گفته شد، در آن روزگار اعلم علمای اصفهان، رئیس حوزهٔ علمیهٔ آن شهر و درس‌های خارج ایشان اولین و قوی‌ترین درس آن حوزه بود. ایشان اما به رغم این امتیازات نه تنها در وادی مرجعیت قدم نگذاشت، بلکه باز چنان‌که پیش‌تر نقل شد، در نهایت تواضع، مروج مرجعیت امام خمینی شد! نه تنها مروج مرجعیت امام خمینی شد، بلکه حتی پذیرفت جایگاه خود را تا حد نمایندهٔ شرعی و وکیل ایشان تنازل دهد! سال‌های سال به جای اینکه خود و به نام خود شهریه دهد، به نام امام خمینی شهریهٔ ایشان را داد. تا آخرین روز حیات نیز به رغم اصرار بسیاری از شاگردان، علاقمندان و هم‌قطاران، بر عهد خود باقی ماند و نپذیرفت که رسالهٔ عملیه منتشر و ردای مرجعیت بر تن کند. کسانی را که بر انتشار رسالهٔ عملیه‌اش مصر بودند، پیوسته چنین پاسخ می‌داد: «مُقَلَّد، مسئول اعمال مقلِّدین و در قیامت گردنش زیر پای مقلدین است. من طاقت و آمادگی آن را ندارم».
سادهزیستیسادهزیستی حاج‌آقا حسین، یکی دیگر از خصوصیات مهم شخصیتی ایشان بود. آن طور که نوشته‌اند، زندگی حاج‌آقا حسین در سطح متوسط و زاهدانه بود. تا آستانهٔ پیروزی انقلاب در سال ۱۳۵۷ ش، به رغم کهولت سن و ابتلا به دردپا، اتومبیل شخصی نداشت. حاضر هم نبود سهم امام را هزینهٔ چنین مصارفی بکند. در سال‌های آخر حیات ایشان بود که یکی از دوستانشان اتومبیلی را اهداء کرد. در مصرف بیت‌المال بسیار محتاط بود. از داشتن خَدَم و حَشَم و اطرافیان پرهیز داشت. روزنامهٔ لوموند در گزارشی طی سال ۱۳۵۷ ش ساده‌زیستی حاج‌آقا حسین را با این عبارات توصیف کرده بود: «آیت‌الله خادمی فرمان‌های خود را از محل اقامتش در انتهای یک کوچهٔ بن‌بست در شرق اصفهان صادر می‌کند. این خانهٔ ارزان قیمت، اکنون به ستاد مرکزی انقلاب تبدیل شده است. آیت‌الله روی زمین در گوشهٔ اتاق نشسته و به یک متکا تکیه داده است».
دین‌داری واقعیدینداری واقعی، به معنای حرکت پیوسته بر اساس آموزه‌ها، اصول و ارزش‌های دینی، به معنای انس با قرآن، عشق به اهل بیت (ع) و برخورداری از معنویت، صفای باطن و توکل قوی بر خداوند، شاید مهم‌ترین خصوصیت شخصیتی حاج‌آقا حسین بود. فقیه و اصولی بودن، لزوماٌ به معنای تدین و دین‌داری نیست. حاج‌آقا حسین را اما پیران دیِر با همهٔ وجود شهادت داده‌اند که از آن دسته عالمانی بود که به اصول روحانیت پایبند و «انسانی متدین» به معنای واقعی کلمه بود.
آیت‌الله مستجابی در بارهٔ مراتب تدین حاج‌آقا حسین نقل کرده است که ایشان با ادامهٔ تحصیل فرزندش در اروپا مخالف بود. سبب مخالفتش نه ضدیت با دانشگاه، بلکه نگرانی بابت برخی عوارض احتمالی منفی زندگی در غرب بود. لذا رضایت نداشت که حتی ریالی از «پول امام زمان (ع)» هزینهٔ سفری شود که ممکن است آن عوارض منفی بر آن مترتب باشد. تلاش‌های فراوان نزدیکان در متقاعد کردن حاج‌آقا حسین، از جمله تلاش‌های آیت‌الله مستجابی و حتی تلاش‌های امام موسی صدر که سفری را صرفاً جهت گفتگو در اطراف این موضوع به اصفهان آمده بود، بی‌نتیجه بود. حاج‌آقا حسین نهایتاً با تحصیل فرزند در اروپا تنها تحت این شرایط موافقت کرد، که هزینهٔ سفر نه از محل وجوهات شرعی، که از منابع مطمئن دیگر تأمین شود؛ و البته همین‌طور نیز شد.
برخی محققین در بارهٔ انس حاج‌آقا حسین با قرآن نوشته‌اند که نامبرده «هر روز چند جزء قرآن را تلاوت می‌کرد. در کوچه و خیابان که راه می‌رفت، پیوسته آیاتی را که حفظ بود، تلاوت می‌نمود. در طول ماه مبارک رمضان، گاهی چند مرتبه قرآن را ختم می‌کرد».
در بارهٔ مراتب دلبستگی حاج‌آقا حسین به اهل بیت (ع) نیز از دکتر فضل‌الله صلواتی نقل شده است که نامبرده در آخرین ماه محرم قبل از فوت: «هنگامی‌که از منبر [ذکر مصیبت امام حسین (ع)] پایین آمدند، چون نشستند و من نیز در کنارشان بودم، به عنوان اعتراض خدمتشان عرض کردم که چرا با این حال خود را اذیت می‌کنید؟ آقایان دیگر که تشریف دارند؛ شما زحمت منبر را به خود ندهید. فرمودند: چند کلمه ذکر مصیبت کردم. دلم می‌خواهد در این پایان عمرم مرا جزو ذاکران ابی‌عبدالله محسوب نمایند».
در بارهٔ توکل حاج‌آقا حسین بر خداوند نیز از خود وی نقل شده است: «در دوران تحصیل در نجف اشرف، مادرم هر ماه مبلغی به عنوان کمک هزینه برایم می‌فرستاد تا اینکه جنگ بین‌الملل دوم در گرفت و به علت بهم خوردن امنیت کشور، مادرم نتوانست این پول را برایم بفرستد و فشار و تنگدستی چنان مرا در تنگنا قرار داد که بناچار به حرم مطهر امیرالمؤمنین (ع) رفته و مشکل خود را به عرض آن حضرت رساندم. در همین حال مرحوم آیت‌الله حاج سید ابوالحسن اصفهانی وارد حرم شدند و بعد از زیارت مرقد مطهر پهلوی من نشستند و پس از خواندن نماز یک بسته پول به من دادند. این برنامه تا سه ماه چند بار تکرار شد تا پول ارسالی مادرم از اصفهان رسید و مرحمتی سید هم قطع گردید. این در حالی بود که کسی جز خدا و امیرالمؤمنین (ع) و هم‌حجره‌ای من از جریان تنگدستی من و ارسال پول اطلاع نداشت».
رحلتحاجآقا حسین صبح روز دوشنبه مورخ ۲۰ اسفند سال ۱۳۶۳ ش معادل با ۱۸ جمادی‌الثانی سال ۱۴۰۵ ق در شهر اصفهان درگذشت. پیکر وی پس از برپایی مراسم بسیار باشکوه تشییع در شهر اصفهان، روز سه‌شنبه در شهر مشهد مجدداً از محل مسجد ملاهاشم تا حرم مطهر حضرت امام رضا (ع) تشییع و نهایتاً در محل دارالسلام روی در نقاب خاک کشید.
فرزندان و اعقابحاجآقا حسین در دوران زندگی بیش از یک همسر اختیار کرد و از آن‌ها شش فرزند پسر و چهار فرزند دختر به یادگار گذاشت: ۱- آقا سید محمد خادمی؛ ۲- دکتر سید علی خادمی؛ ۳- دکتر سید محمدتقی خادمی؛ ۴- دکتر سید محمدرضا خادمی؛ ۵- حجت‌الاسلام و المسلمین سید محمدعلی خادمی؛ ۶- حجت‌الاسلام و المسلمین سید محمدمهدی خادمی؛ ۷- بانو بتول سادات خادمی (همسر آقای تقی عاملیان خوراسگانی)؛ ۸- بانو وجیهه سادات خادمی (همسر آقای جواد معلم)؛ ۹- بانو ملیحه سادات خادمی (همسر دکتر مهدی مؤیدی)؛ ۱۰- بانو زهرا سادات خادمی (همسر آقای سید محسن مدرس صادقی).
مادر فرزندان دوم، سوم، چهارم، هفتم، هشتم و نهم، بانو سیده شمس‌الحاجیه بیدآبادی فرزند حجت‌الاسلام سید محمدعلی ملاذالاسلام بیدآبادی فرزند حجت‌الاسلام سید هاشم بیدآبادی فرزند حجت‌الاسلام سید جعفر بیدآبادی فرزند آیت‌الله العظمی سید محمدباقر شفتی بیدآبادی معروف به سید حجت‌الاسلام است. فرزندان پنجم، ششم و دهم نیز از یک مادر هستند.
اعقاب حاج‌آقا حسین امروز در اصفهان، قم، تهران و برخی دیگر از شهرهای ایران، اروپا و آمریکا زندگی می‌کنند و ده‌ها تن از آن‌ها در بهترین مراکز حوزوی، دانشگاهی و پزشکی به تدریس، پژوهش و خدمات درمانی اشتغال داشته و دارند. افزون بر فرزندان دوم تا ششم، دکتر سید محمدباقر خادمی، دکتر سید احمدرضا محمودی؛ دکتر مریم سادات حسینی، دکتر مهدی معلم، دکتر مسعود معلم، دکتر مهناز معلم، دکتر میثم معلم، دکتر مهدی مقتدایی، دکتر سید محمدحسین خادمی، ندا فراهینی و نیلوفر فراهینی از جملهٔ این فرهیختگان هستند. آیت‌الله شیخ مرتضی مقتدایی داماد بانو بتول سادات خادمی فرزند حاج‌آقا حسین است.
مشاهیر شاگردانشمارش شاگردان آقا سید حسین نیز مانند شاگردان پدر بزرگ وی آیت‌الله العظمی سید صدرالدین موسوی عاملی، کاری دشوار است. چه آن‌طور که در کتب تراجم آمده، بسیاری از طلاب و فضلای دهه‌های ده تا شصت شمسی اصفهان و شهرهای نزدیک به آنکه تعدادشان بی‌شک بر صد‌ها تن بالغ است، در حوزهٔ علمیهٔ آن شهر و در یکی از دروس خارج فقه، اصول یا سطح وی تلمذ کردند. اما برخی معاریف شاگردان وی عبارت‌اند از آیات و حجج اسلام: حسین مظاهری (سطح)؛ ابراهیم امینی (سطح)؛ مرتضی مقتدایی (سطح مکاسب و سپس خارج فقه و اصول)، سید حسن فقیه امامی (سطح مکاسب و سپس خارج فقه و اصول)؛ سید محمد احمدی سدهی (خارج فقه و اصول)، سید مسیح موسوی فریدنی (خارج فقه و اصول)، محمدباقر صدیقین، محمدتقی صدیقین اصفهانی (سطح)، دکتر سید محمد سجادی (سطح مکاسب)، استاد فضل‌الله ضیاء نور (خارج فقه و اصول)، سید محمدعلی میر محمدصادقی، سید هاشم سادات موسوی، رضا مظاهری کرونی، محمدعلی ابراهیمی (خارج فقه و اصول)، فخرالدین کلباسی، محمدعلی سعادت حسن‌آبادی جرقویه (خارج فقه و اصول)، محمدتقی مجلسی، محمد حکیم الهی، سید مهدی حجازی قمشه‌ای، محمد ربانی خوراسگانی، ناصر مهدوی هرستانی، سید جلال‌الدین شریعتی زفره‌ای، محمدحسین کریمی، سید مرتضی ابطحی، سید جواد ابطحی (خارج)، سید مجتبی مهدوی هرستانی، سید مرتضی مهدوی هرستانی، محمدعلی اعتزازیان، میرزا علی فقیه ایمانی، رضا ناطق اصفهانی، سید عبدالحسین رمضانی، سید محمدباقر میردامادی، سید محمدباقر کتابی، محمدباقر نیلفروشان، سید بهاءالدین مهدوی (سطح)، محمدتقی فهامی (خارج)، سید تقی هاشمی دهسرخی، سید محمدتقی حجازی فروشانی (خارج)، سید محمدتقی مدنی چهارسوقی، محمدجعفر الهی نجف‌آبادی (خارج)، دکتر سید جعفر سجادی، حبیب‌الله شاهنده، سید حسن مهاجر (خارج)، سید حسن دیباجی سدهی، سید حسن مصطفوی سدهی، صفرعلی شریعت فلاورجانی، ابوطالب مصطفایی، سید مرتضی موسوی کوشکی، عبدالخالق عبداللهی اصفهانی، احمدرضا قصری سدهی، غلامعلی خلدی فراز سدهی، سید محمود فقهی، منوچهر منصورزاده، محمدتقی (رنجبر) رهبر (خارج)، یدالله رحیمیان، یحیی مرتضوی، سید مجتبی میردامادی، دکتر سید محمدباقر کتابی و دکتر سید محمدعلی مدرس مطلق (خارج اصول).
آثار مکتوبحاجآقا حسین آثار مکتوب ارزشمندی از خود به یادگار گذاشت که فهرست آن‌ها از این قرار است: دو جلد تقریرات درس خارج فقه مرحوم آیت‌الله میرزای نائینی شامل مباحث «الصلاه» و «الصوم»؛ دو جلد تقریرات درس خارج اصول آیت‌الله میرزای نائیتی شامل مباحث الفاظ تا آخر معنای حرفی و خاتمهٔ برائت تا آخر تعادل و ترجیح؛ حواشی بر برخی کتاب‌های اصول؛ حواشی بر بخش‌های طهارت و صلاه از کتاب «مصباح‌الفقیه» آیت‌الله حاج‌آقا رضا همدانی؛ رساله‌ای در عدم ارث زوجه از غیر منقول؛ رساله‌ای در لباس مشکوک (تا قواطع صلاه)؛ دست‌نوشته‌ای در مباحث کلام (شامل شرح خطبهٔ اول نهج‌البلاغه و مباحثی در توحید)؛ دست‌نوشته‌ای در مباحث منطق (بررسی موضوع قیاس)؛ دست‌نوشته‌ای در مباحث فقه و اصول (شامل موضوعات شبههٔ محصوره، تعادل و تراجیح، مبطلات نماز، قاعدهٔ ید و مسائل روزه)؛ تصحیح کتاب رسائل شیخ انصاری (با همکاری آیت‌الله شیخ مرتضی اردکانی)؛ رهبر سعادت (دو مجلد) در علم کلام راجع به اثبات وجود خداوند، پیامبری حضرت رسول (ص)، مباحثی از امامت، زندگانی و خصوصیات حضرت پیامبر و ویژگی‌های قرآن کریم. آیت‌الله شیخ احمد فیاض در مورد اهمیت کتاب اخیر گفته است: «برای شناخت آیت‌الله حاجی‌آقا حسین خادمی لازم است علماء اعلام و حجج اسلام به کتاب «رهبر سعادت» در اثبات نبوت مراجعه نمایند و عمق علمی ایشان را دریابند. انصافاً کتابی در جامعیت مطالب علمی و دینی با اختصار مانند آن کتاب نیست».
حاج‌آقا حسین در منزل خود کتاب‌خانهٔ نفیسی داشت دارای تعداد زیادی کتاب خطی ممتاز، که بسیاری از آن‌ها با دست‌خط خود نویسندگان آن‌ها نگاشته شده بود. اهمیت این کتاب‌خانه چنان بود که محققان بزرگی چون آیت‌الله العظمی سید موسی شبیری زنجانی از شهرهای خود به منزل ایشان در اصفهان رفتند تا متنی را با «یک کتاب خطی که نسخهٔ خیلی ممتازی بود»، مقابله کنند. فهرست این کتاب‌های خطی که تعداد ۳۰۹ عنوان را شامل است، به همت فرزند ایشان حجت‌الاسلام سید محمدعلی خادمی تهیه و در سال ۱۳۹۳ ش توسط مؤسسهٔ کتاب‌شناسی شیعه در قم تکمیل و منتشر گردید.
مراجع:
روضات‌الجنات (ج ۴)؛ تکملهٔ امل‌الآمِل؛ بغیه‌الراغبین؛ قصص‌العلماء؛ احسن‌الودیعه (ج ۱)؛ اعیان‌الشیعه (ج ۱۴)؛ نسب‌نامهٔ الفت (ج ۱ و ۲)؛ کرام‌البرره (ج ۱)؛ نقباءالبشر (ج ۲)؛ منتهی‌الآمال (ج ۲)؛ معجم رجال الفکر و الادب فی النجف خلال الف عام (ج ۲)؛ ریحانه‌الادب (ج ۳)؛ تاریخ اصفهان (سلسله سادات و مشجرات و مسطحات، انساب و نسب امام‌زاده‌های اصفهان)؛ مکارم‌الآثار (ج ۱)؛ تاریخ علمی و اجتماعی اصفهان (ج ۱، ۲ و ۳)؛ بیان‌المفاخر (ج ۲)؛ دانشمندان و بزرگان اصفهان (ج ۱)؛ اعلام اصفهان (ج ۱، ۲ و ۳)؛ گنجینهٔ دانشمندان (ج ۳ و ۸)؛ رجال اصفهان در علم و عرفان و ادب و هنر (ج ۱)؛ زندگانی حضرت آیت‌الله چهارسوقی؛ اسنادی از خاندان روضاتیان؛ مستدرکات اعیان‌الشیعه (ج ۱)؛ گلشن ابرار (ج ۳)؛ مشاهیر مدفون در حرم رضوی (ج ۱)؛ تاریخ شفاهی زندگی و مبارزات آیت‌الله خادمی؛ فهرس مخطوطات آیت‌الله الخادمی الاصفهانی؛ خادم شریعت (یاران امام به روایت اسناد ساواک (کتاب نوزدهم))؛ امام موسی صدر (یاران امام به روایت اسناد ساواک (کتاب هفدهم)) (ج ۳)؛ یادنامهٔ امام موسی صدر؛ خاطرات محمد پیشگاهیفرد؛ خاطرات آیت‌الله منتظری (ج ۱ و ۲)؛ خاطرات آیت‌الله طاهری خرم‌آبادی؛ خاطرات آیت‌الله مهدوی کنی؛ خاطرات آیت‌الله ابراهیم امینی؛ گردش ایام (خاطرات دکتر خلیل رفاهی)؛ مسی به رنگ شفق؛ آیت‌الله العظمی حاج سید محمدرضا گلپایگانی به روایت اسناد ساواک (ج ۱، ۲ و ۳)؛ صحیفهٔ امام (ج ۲، ۱۱ و ۱۳)؛ جامعهٔ مدرسین حوزهٔ علمیهٔ قم (ج ۱ و ۳)؛ عزت شیعه (ج ۲)؛ صدر دین؛ مشاهیر خاندان صدر (ج ۴)؛ جریان‌ها و سازمان‌های مذهبی سیاسی ایران؛ جرعه‌ای از دریا (ج ۲)؛ جمع پریشان (ج ۱)؛ مزارات اصفهان؛ بوستان فضیلت؛ آشنای آسمان؛ درس‌هایی از مکتب اسلام (ش ۲۸۸)؛ مجلهٔ نور علم (ش ۳۵)؛ حوزه (ش ۳۲ و ۹۵)؛ مبلغان (ش ۱۳۰)؛ کیهان فرهنگی (ش ۲۹ و ۳۶)؛ آیین پژوهش (ش ۸۴، ۹۳ و ۹۶)؛ یادآور (ش ۴ و ۵)؛ هفته‌نامهٔ حریم امام (ش ۱۱۴ و ۱۱۵)؛ گفتگو با آیات، حجج‌اسلام و آقایان: سید مرتضی مستجابی؛ دکتر سید علی خادمی؛ سید محمدعلی خادمی؛ سید محمدمهدی خادمی؛ رضا مختاری؛ سید شهاب‌الدین خادمی؛ سید حسین خادمی؛ سید مرتضی خادمی؛ محمدجواد عاملیان؛ دکتر مهدی معلم؛ دکتر محمدعلی اژه‌ای؛ محمد پیشگاهیفرد؛ دکتر سید صادق طباطبایی؛ دکتر سید مسعود صدرعاملی؛ مهندس علی‌اکبر رنجبر کرمانی؛ دکتر سید محمدعلی مدرس مطلق.