دولت لیبی آن هنگام ادعا کرد امام صدر سوار هواپیمایی شده که قرار بود عازم ایتالیا شود و او به این کشور عزیمت کرده است اما دولت رم بار‌ها تاکید کرده که وی وارد ایتالیا نشده است. در سال ‪ ۱۹۷۶‬حمله‌های تبلیغاتی روزنامه‌ها و لبنانی‌هایی که دارای روابطی با لیبی بودند ضد امام موسی صدر آغاز شد. امام صدر از آغاز جنگ داخلی در لبنان در سال ‪ ۱۹۷۵‬رابطه‌ای با لیبی نداشت و پس از یورش اسراییل به جنوب لبنان در سال ‪ ۱۹۷۸‬به منظور بر پایی نشستی از کشورهای عربی برای پایان دادن به بحران داخلی لبنان از برخی کشورهای عربی دیدن کرد.

در همین چارچوب امام صدر به توصیه رییس جمهوری وقت الجزایر و همچنین به دلیل نفوذی که لیبی در برخی جریان‌های نظامی و سیاسی لبنان داشت به این کشور سفر کرد. وسایل اطلاع رسانی لیبی خبر ورود وی و دیدار‌هایش با مسوولان لیبی را پخش نکردند و به همین دلیل ارتباط امام صدر با جهان خارج قطع شد. امام موسی صدر قرار بود در این سفر با معمر قذافی نیز دیدار کند اما قذافی پس از مشورت با برخی شخصیت‌های لبنانی مانند طلال سلمان و بشار مرهج دیدار برنامه‌ریزی شده خود را با امام موسی صدر لغو کرد.

اما در این میان مقام‌های وقت عربستان در دیدار با هیات پیگیری وضعیت امام موسی صدر گفتند صدر و معمر قذافی با هم دیدار کرده و بحث تندی میان آنان درباره وضع لبنان مطرح شده بود. در پی بالا گرفتن بحث ربوده شدن امام موسی صدر، قذافی در سال ‪ ۱۹۷۸‬با «یاسر عرفات» دیدار و پس از آن در بیانیه‌ای اعلام کرد امام موسی صدر بدون اطلاع مقام‌های لیبی این کشور را به مقصد ایتالیا ترک کرده است. هیات لبنانی که در سال ‪ ۱۹۷۸‬برای پیگیری ربوده شدن امام موسی صدر قرار بود به لیبی و ایتالیا سفر کند به دلیل پاسخ منفی لیبی تنها به ایتالیا سفر کرد اما تحقیقات امنیتی نشان داد که امام صدر و همراهانش به ایتالیا نرسیده و لیبی را ترک نکرده‌اند.

هر چند در پی تحقیقات اولیه در ایتالیا چمدان امام موسی صدر و همراهانش در هتلی در رم پیدا شد اما قاضی ایتالیایی این پرونده در سال ‪ ۱۹۷۹‬بطور قاطع اعلام کرد امام صدر با هیچ وسیله‌ای وارد ایتالیا نشده است. پس از این تحقیقات، مجلس اعلای شیعه لبنان با صدور بیانیه‌ای مسوولیت ربوده شدن امام موسی صدر را متوجه دولت لیبی دانست و سازمان آزادیبخش فلسطین نیز در سال ‪ ۱۹۷۹‬موضع مشابهی را ضد قذافی اتخاذ کرد.

دولت لبنان در سال ‪ ۱۹۸۱‬با صدور بیانیهٔ جنایت ربوده شدن امام موسی صدر را تجاوز به امنیت ملی لبنان خواند و پرونده وی را به دادگستری این کشور ارجاع کرد. دستگاه قضایی لبنان نیز با صدور حکمی اعلام کرد امام موسی صدر لیبی را ترک نکرده بلکه اشخاص دیگری خود را به شکل قلابی به جای وی و همراهانش جا زده و بطور ساختگی وارد ایتالیا شده‌اند. در سال ‪ ۲۰۰۱‬سازمان عفو بین‌الملل نیز ادعای دولت لیبی درباره خروج امام موسی صدر از این کشور را نادرست اعلام کرد.

قذافی در نتیجه فشارهای قضایی لبنان و ایران در سخنرانی سالیانه خود در سال ‪ ۲۰۰۲‬بر خلاف اظهار نظرهای پیشین خود اعتراف کرد که امام موسی صدر در لیبی ربوده شده است. در پی این موضوع خانواده امام موسی صدر و خانواده همراهان وی دادخواستی را ضد قدافی و مسوولان لیبی به دادستانی لبنان ارایه کردند و دادستان کل لبنان نیز پس از این دادخواست، دستور احضار قذافی و شماری از مسوولان لیبی را به جرم ربودن صدر صادر کرد. با وجود پیگیری‌های مردم، خانوادهٔ امام موسی صدر و دولت‌های گذشتهٔ لبنان برای روشن شدن سرنوشت وی، لیبی هنوز پاسخی قانع‌کننده دراین زمینه ارایه نکرده است.

مردم لبنان بویژه شیعیان معتقدند دولت لیبی امام موسی صدر را ربوده و زندانی کرده است و «معمر قذافی» رهبر این کشور را مسوول جان وی می‌دانند. به باور برخی کار‌شناسان در بیروت دولت لیبی که از پشتیبانان جریان چپ در لبنان بود قصد داشت بخاطر بی‌طرفی امام صدر در جنگ داخلی از او انتقام بگیرد و قذافی در عمل و نه حرف از جریان یاد شده بشدت حمایت می‌کرد. طایفه‌های مختلف لبنان تاکنون نتوانسته‌اند از کنار این واقعه براحتی عبور و آن را فراموش کنند و شماری از اعضای جنبش امل و افرادی که از این جنبش جدا شدند عملیاتی ضد منافع لیبی در خاک لبنان انجام داده‌اند، به همین دلیل مقام‌های دولت لیبی از ترس انتقام‌گیری شیعیان از سفر به‌لبنان خودداری می‌کنند.