خانواده امام موسی صدر اظهارات محمدعلی ابطحی مسؤول پیگیری پرونده امام صدر در دولت خاتمی مبنی بر درخواست این خانواده برای توقف پیگیری پرونده امام موسی صدر را كذب محض خواند. پایگاه اطلاع‌‏رسانی مؤسسه فرهنگی تحقیقاتی امام موسی صدر، با ارائه توضیحی در مورد اظهارات منتشر شده از ابطحی تاكید كرد: «خانواده امام، هیچ‌‏گاه از دولت آقای خاتمی و آقای ابطحی نخواستند كه پیگیری را متوقف سازند، بلكه خانواده، خواستار متوقف‌‏شدن مذاكرات شدند.» ابطحی روز گذشته مدعی شده بود: آنقدر ابعاد حادثه را برای رسیدن به حقیقت و نه سناریوسازی، پیگیری كردیم كه در نهایت خانواده امام موسی صدر از ما خواستند كه پیگیری نكنیم. گفتنی است مذاكرات با حكومت لیبی كه سال‌‏ها ادامه داشت سال گذشته و پس از پشت‌‏هم‌‏اندازی‌‏های سران این حكومت از جمله ژنرال القذافی در مورد پرونده امام موسی صدر، به درخواست خانواده متوقف شد و تصمیم بر این شد كه راه‌‏های دیگری از جمله فشارهای دیپلماتیك بین‌‏المللی و راهكارهای سیاسی و امنیتی برای آزادی امام صدر طی شود.