در جولای ۱۹۷۶ (تیرماه ۱۳۵۵)، سرگرد عبدالسلام جلود در سفر ۴۵ روزه خود به لبنان، به جز امام موسی صدر، رهبران گروه‌ها و احزاب لبنان و فلسطین دیدار و گفتگو کرد. در پی این سفر، نشریات و سازمان‌های لبنان که با دولت لیبی ارتباط تنگاتنگ داشتند، موجی از تبلیغات و حملات سهمگین و تحریک‌آمیز را علیه امام موسی صدر آغاز کردند.

به دنبال اشغال جنوب لبنان از سوی اسرائیل در مارس ۱۹۷۸ (فروردین۱۳۵۷)، امام موسی صدر با هدف فراخوانی کشورهای عربی برای برپایی اجلاس سران عرب به منظور یافتن راهکارهایی برای آزاد سازی جنوب لبنان، سفری را به چندین پایتخت عربی آغاز کرد و در مصاحبه‌ای با روزنامه لبنانی «النهار» در تاریخ ۲۴ جولای ۱۹۷۸ (۳ مرداد ۱۳۵۷)، اهداف خود از آن سفر را اعلام داشتند. چند روز پس از آن، «هواری بومدین» رئیس جمهور الجزایر در دیدار با امام موسی صدر، به ایشان پیشنهاد کرد که با توجه به تاثیر گذاری سرهنگ معمر قذافی در رویدادهای سیاسی_ نظامی لبنان، به لیبی سفر رفته و با وی دیدار نماید.

در تاریخ ۲۵ آگوست ۱۹۷۸ (۴ شهریور۱۹۵۷)، امام موسی صدر به همراه شیخ محمدیعقوب و روزنامه‌نگاری به نام عباس بدر الدین (مدیر خبرگزاری لبنان)، با اعلام قبلی، به منظور دیدار رسمی از لیبی و ملاقات با سرهنگ معمر قذافی عازم لیبی گردیده و در هتل «شاطئ»، در غرب شهر طرابلس اقامت گزیدند، اما با وجود آنکه ایشان میهمان رئیس جمهور لیبی بودند، رسانه‌های این کشور درباره سفر گروه لبنانی و ملاقات‌های آنان با مسئولان لیبی، خبری منتشر نکردند.

از‌‌ همان زمان، امام موسی صدر و همراهان او ناپدید شدند و ارتباط آنان با دنیای خارج قطع گردید، چندان که حتی خانواده‌های آنان، مجلس اعلای شیعیان و جنبش امل نیز از آنان اثری نیافتند و عباس بدرالدین نیز که به منظور پوشش خبری ملاقات‌ها و دیدارهای امام موسی صدر و انعکاس آن از طریق خبرگزاری لبنان، همراه ایشان بود، هرگز چنین فرصتی نیافت. سرهنگ قذافی، شب ۲۹یا ۳۰ آگوست را برای دیدار با امام صدر معین کرده بود، اما پس از رایزنی با شخصیت‌های ملی‌گرا و متعصب لبنانی، از جمله «بشارت مرهج»، وزیر کشور اسبق و رئیس کمیته مرکزی سازمان‌های ملی لبنان، «طلال سلمان»، روزنامه‌نگار و سردبیر مجله السفیر، «منح الصلح» روشنفکر ملی‌گرا، بلال حسن، نویسنده و روزنامه‌نگار فلسطینی و نویسندگانی چون اسعد مقدم و محمد قبانی؛ قذافی از دیدار با امام موسی صدر خودداری و آن را ملغی اعلام کرد. به گفته شاهدان عینی، امام موسی صدر و همراهان، آخرین بار در بعد از ظهر روز ۳۱ آگوست ۱۹۷۸ (مرداد۱۹۵۷) در حالی که سوار بر اتومبیل‌های تشریفات دولت لیبی، هتل محل اقامت خود را به سوی محل ملاقات با قذافی ترک می‌کردند، دیده شده‌اند و از آن لحظه به بعد، هیچ خبری از آنان در دست نیست.

اکنون با گذشت ۲۶ سال از آن تاریخ، حکایت بار دیگر تکرار شده و روزنامه الاهرام عربی، سه گمانه را در این باره مطرح کرده است: نخست، آنکه به گفته یکی از مسئولان امنیتی سابق کشور لیبی – که گویی می‌خواهد کمی از عذاب وجدان خود بکاهد-، شخصی به نام سرهنگ «خلیفه احنیش» امام موسی صدر را به شهر «سب‌ها» در جنوب لیبی برده و از آنجا، به اتفاق سرهنگ مسعود عبدالحفیظ ایشان را به یک زندان نظامی در منطقه «اوباری» انتقال داده است تا بدین ترتیب، ارتباط ایشان با دنیای خارج به کلی قطع گردد. این مقام امنیتی همچنین تصریح می‌کند که امام موسی صدر، به تنهایی به آن زندان منتقل گردیده و از سرنوشت همراهانش بی‌اطلاع بوده است.

لازم به ذکر است که سرهنگ خلیفه احنیش، از قبیلة «قذافی» بوده و با داشتن مدرک تحصیلی ابتدایی به درجه سرهنگی ارتقاء یافته است (!) سرهنگ مسعود عبدالحفیظ نیز از نزدیکان قذافی و حاکم دست‌نشاندة او در منطقة سب‌ها است و از زمانی که گروهبان ساده‌ای بیش نبود، به بی‌رحمی و خشونت اشتهار داشته است. دربارة سوء سابقة وی، اخبار و اسناد شگفت‌آوری در دست است که چه بسا به زودی پرده‌ از آن برگیریم. احتمال مذکور، که مستقیما از اطرافیان افراد فوق‌الذکر شنیده شده‌است، با آنچه که دکتر عبدالسلام تریکی، وزیرخارجه سابق لیبی بدان اشاره کرده، انطباق دارد. او در این‌باره به یکی از دوستان خود چنین گفته‌است: «امام موسی صدر و همراهانش پس از ملاقات با قذافی، دستگیر و زندانی شدند و در زندان باقی ماندند.

محل زندان آنان نیز تا فوریه ۱۹۷۹ (بهمن ۱۳۵۷) مشخص بوده‌است». از لحظة ناپدید شدن امام صدر و همراهان ایشان، سردمداران لیبی نسبت به این واقعه اظهار بی‌اطلاعی نمودند و قذافی نیز از گفتگو با رئیس جمهور وقت لبنان، الیاس‌سرکیس، که در ۱۲ سپتامبر ۱۹۷۸ (۲۱ شهریور ۱۹۵۷) خواستار مذاکرة تلفنی دربارة این حادثه شده بود، امتناع ورزید؛ هرچند «تغافل» و «تظاهر به بی‌خبری» از سوی سران لیبی، دیری نپایید و بازتاب رسانه‌ای و بین‌المللی واقعه، آنان را برآن داشت که دیدگان فروبستة خویش را بر حادثه‌ای با عنوان «ناپدیدشدن امام موسی صدر» باز بگشایند.

بدین‌ترتیب؛ به دنبال ملاقات قذافی با یاسر عرفات، رئیس سازمان آزادی بخش فلسطین، دولت لیبی طی بیانیه‌ای رسمی در تاریخ ۱۷ سپتامبر۱۹۷۸ (۲۷ شهریور۱۳۵۷)، احتمال دیگری را- که‌‌ همان گمانة دوم است– مطرح و اعلام داشت که امام موسی صدر و همراهانش، بدون اطلاع دولتمردان لیبیایی، بعدازظهر روز ۳۱ آگوست ۱۹۷۸ (۱۰شهریور ۱۳۵۷)، این کشور را ترک کرده و سوار بر هواپیمایی ایتالیا، رهسپار «رم» گردیده‌اند.

دولت لبنان در ۱۳ سپتامبر۱۹۷۸ (۲۳ شهریور۱۳۵۷)، دو گروه تحقیق را برای بررسی موضوع به ایتالیا و لیبی روانه کرد، اما سران لیبی از پذیرش گروه لبنانی امتناع نمودند. نتیجة تحقیق گروه لبنانی در ایتالیا نشان داد که امام موسی صدر و همراهانش، با پروازی که در بیانیة رسمی دولت لیبی بدان اشاره شده، لیبی را ترک نکرده و هرگز به ایتالیا نرفته‌اند.

پس از آنکه چمدان‌های امام موسی صدر و همراهانش (شیخ یعقوب و عباس‌بدرالدین) در هتل «هولدای آن» ایتالیا یافت شد، دستگاه‌های امنیتی و قضایی ایتالیا با انجام سلسله تحقیقاتی، یقین حاصل کردند که امام موسی صدر و یارانش با پرواز هواپیمایی «ایتالیا»، لیبی را ترک نکرده و با هیچ وسیله نقلیة دیگری نیز به ایتالیا نرفته‌اند. دولت ایتالیا طی بیانیه‌ای رسمی خطاب به دولت لبنان، مجلس اعلای شیعیان لبنان، دولت سوریه و دولت ایران اعلام کرد که امام موسی صدر و همراهانش، هیچگاه به خاک ایتالیا وارد نشده و به صورت ترانزیت نیز از این کشور عبور نکرده‌اند.

اما یک شاعر عرب زبان - که به تابعیت لیبی درآمده، و در آن زمان رایزن فرهنگی سفارت لیبی در رم بوده – در گفتگو با نگارنده مدعی شده بود که با چشم خویش امام موسی صدر و همراهانش را در روز اول سپتامبر۱۹۷۸ (۱۱ شهریور ۱۳۵۷) در رم مشاهده کرده است. شاعر مذکور،‌‌ همان شخصی است که بعد‌ها به عنوان رایزن و سرپرست سفارت لیبی در لبنان مشغول به کار شد و تنها با ماورنی‌های لبنان رابطه داشت، به گونه‌ای که بنابر اظهارات «ابراهیم قلیلات»، رئیس جنبش «المرابطون» - که اکنون در پاریس اقامت دارد- شخص مذکور از سوی قذافی ماموریت داشته که مبلغی را به او برساند، اما از تحویل آن مبلغ به قلیلات امتناع کرده بود، چرا که او را از طرفداران جمال عبدالناصر- که در آن زمان در عرصه سیاسی لبنان از نیرو و تاثیر بیشتری برخوردار بود می‌دانست، هرچند «ابراهیم قلیلات» با رهبران لیبی نیز رابطه نزدیک و تنگاتنگ داشت.

یکی از مسئولان لیبیایی که از رهبران جنبش مبارزاتی – انقلابی این کشور بوده و از افشای نام خود هراس دارد، در پاسخ به پرسشی دربارة مسالة امام موسی صدر چنین می‌گوید: در این قضیه، چند نکتة مشخص و چند ابهام وجود دارد:

آنچه معین است اینکه امام موسی صدر و همراهانش به لیبی وارد و از آن خارج نشده‌اند. یکی از نکات مبهم آن است که گروهی معتقدند افرادی که به آنان شباهت داشته‌اند، به ایتالیا فرستاده شده‌اند و بدیهی است که این سناریو، بدون اطلاع دولتمردان لیبی قابل اجرا نبوده است، زیرا امام موسی صدر موجب نگرانی سازمان‌های فلسطینی– به ویژه در جنوب لبنان- شده بود و قذافی در آن زمان، حاضر بود برای تأمین منافع آن سازمان‌ها، هر کاری را به انجام رساند.

از دیگر احتمالات و گمانه‌های موجود آن است که گروه «ابونضال»، امام و همراهانش را به همراه ۵۲ نفر دیگر در تابستان ۱۹۸۴ (۱۳۶۳) به قتل رسانده باشند، که این کار نیز بدون آگاهی سردمداران دولت لیبی امکان‌پذیر نبوده است (لازم به تذکر است که گرده ابوفضال ۹ سال پس از ربودن امام در لیبی اقامت گزید). گمانة سوم نیز آنکه امام موسی صدر را در‌‌ همان روزهای نخست، از یاران خویش جدا کرده و بلا فاصله به شهادت رسانده‌اند.

مطابق با برخی نقل قول‌ها، در جریان یک مراسم مذهبی که با شرکت علماء و روحانیون مسلمان در مسجد «مولا محمد» طرابلس برپا بوده و به‌صورت زنده از تلویزیون پخش می‌شده، و مجری معروف لیبیایی و رئیس رادیو قرآن این کشور، «محمد مشری» اجرای مراسم را به عهده داشته است، جدال لفظی شدیدی میان قذافی و امام موسی صدر – که هر دو از حاضرین در مراسم بوده‌اند- واقع می‌شود. باید گفت هرچند میان آن دو، اختلاف نظر شدیدی دربارة تاریخ اسلام وجود داشته است، اما بعید به نظر می‌رسد که کار به جدال لفظی و پرخاش کشیده باشد و بر این بنا، چه بسا امکان اینکه اختلاف موجود میان آن دو، موجب تعدیِ قذافی نسبت به امام موسی صدر و قتل ایشان شده باشد، چندان محتمل به نظر نرسد، اما منبع نقل این خبر معتقد است که برخی از رهبران سازمان‌های فلسطینی، قذافی را متقاعد کرده بودند که امام موسی صدر، مانعی در برابر جنب مقاومت فلسطین و لبنان بر ضد اسرائیل به شمار می‌آید، به‌ویژه آنکه در آن مقطع، جنبش امل به رهبری امام صدر، در عرصة سیاسی لبنان از جایگاه و تأثیر مهمی برخوردار شده بود و همین موجب گردید که گفتمان ملی‌گرایی عربی (پان عربیسم) – که قذافی شدیداً تحت تأثیر آن قرار داشت- وی را وادار کند که با گستردن دامی در برابر امام موسی صدر، به سازمان‌های فلسطینی اجازه دهد که با ایشان را به پادگانی در منطقه «سوانی»، حد فاصل شهرهای طرابلس و عزیزیه، منتقل کنند و گفته می‌شود یکی از مسئولان اطلاعاتی- امنیتی لیبی به نام «سعید راشد» به هنگام انتقال امام موسی صدر به آن پادگان، همراه ایشان بوده است.

هرچند جزئیات سناریوهای مذکور با هم تفاوت دارد، اما همة آن‌ها به یک حقیقت اشاره دارند که بر مبنای آن، مسئولیت ناپدید شدن امام موسی صدر و همراهانش، همچنان بر عهدة دولت لیبی است؛ مسأله‌ای که یکی از ماندگار‌ترین پیامدهای جنگ شدید «اعراب علیه اعراب» را تشکیل می‌دهد. لازم به ذکر است که در تاریخ ۳۰ آگوست ۲۰۰۱ (۹ شهریور ۱۳۸۰) و در بیست و سومین سالروز ناپدید شدن امام موسی صدر و همراهانشان، سازمان عفو بین الملل به دنبال بررسی‌ها و پیگیری‌های طولانی، بیانیه‌ای را در خصوص «پرونده‌های آدم ربایی» صادر کرد.

در بخشی از این بیانیه که به امام موسی صدر و همراهانشان مربوط می‌شود، چنین آمده است: «ادعای سران دولت قذافی مبنی بر خروج امام موسی صدر و یارانش از لیبی، با تحقیقات دولت ایتالیا و حکم صادره در دادگاه این کشور منافات دارد».