پس از سفر متکي به ليبي و احتمال قوي‌تر شدن روابط ايران و ليبي مساله ربوده‌شدن امام‌موسي صدر در اين کشور و سرنوشت او بار ديگر مطرح شده‌است. خانواده امام موسي صدر نيز به اين روابط معترضند.عضو هيئت مديره مؤسسه فرهنگي تحقيقاتي امام موسي صدر از نوشتن نامه‌اي گله‌آميز از سوي خانواده امام صدر ” دولت بايد درباره قضيه ربودن امام موسي صدر، به عنوان شهروندي ايراني، دفاع جدي کند. “به مراجع عظام در انتقاد از عملکرد دستگاه ديپلماسي کشور درباره ارتباط با ليبي خبر داد.مهدي فيروزان، داماد امام موسي صدر و عضو هيئت مديره مؤسسه فرهنگي تحقيقاتي امام صدر در گفت‌وگو با ايسنا گفت: در روزهاي اخير، خانواده امام موسي صدر در لبنان و ايران، نامه‌اي براي مراجع نوشته‌اند که گله‌آميز، دردمندانه و منتقدانه است.وي توضيح داد: علت نوشتن اين نامه اين است که در طول اين سال‌ها، خانواده از عملکرد حکومت ليبي تصويري دارد که بارها در جلسات خصوصي و رسانه‌ها، آن را براي مقامات ايران توضيح داده و بيان کرده است به نظر خانواده، دولت ليبي، دولتي قابل اعتماد نيست و هرگونه همکاري درباره هر مساله‌اي، ” مقامات مسئول گفته‌اند هم روابط ايران و ليبي را گسترش مي‌دهيم و هم قضيه را پي‌گيري مي‌کنيم، ما فقط شاهد ايجاد روابط بوده‌ايم و به مسئله پي‌گيري پرداخته نشده است “با ليبي خلاف منافع و امنيت کشور است.فيروزان افزود: هرچند خانواده، فارغ از قضيه امام موسي صدر نيز اين ارتباط را به مصلحت نمي‌داند، اما معتقد است دولت بايد درباره قضيه ربودن امام موسي صدر، به عنوان شهروندي ايراني، دفاع جدي کند.وي گفت: خانواده امام موسي صدر به دستگاه ديپلماسي کشور منتقد و معتقد است با وجود اين‌که مقامات مسئول گفته‌اند هم روابط ايران و ليبي را گسترش مي‌دهيم و هم قضيه را پي‌گيري مي‌کنيم، ما فقط شاهد ايجاد روابط بوده‌ايم و به مسئله پي‌گيري پرداخته نشده است.فيروزان در پايان گفت: به اعتقاد ما، اين مسئله از دست دادن شأن دفاع از حقوق شهروندي است؛ زيرا جايگاه و منزلت هر کشوري به ميزان دفاعي است که از حقوق شهروندانش دارد و آن‌چه در نامه خانواده امام موسي صدر به مراجع آمده نيز، اعلام نگراني از اوضاع موجود و بيان دردمندانه انتقادهاي خانواده نسبت به اين مساله بوده است.امام موسي صدر در 9 شهريور سال 1357 در سفري که به دعوت قذافي به ليبي داشت ناپديد شد. خانواده وي معتقدند که اين روحاني 81 ساله شيعه زنده‌ است و در اسارت دولت قذافي به سر مي‌برد.