پدرش آیت الله صدرالدین صدر، جانشین آیت الله حائری در حوزه علمیه قم بود. امام موسی همزمان در حوزه علمیه قم و دانشگاه تهران مشغول به تحصیل شد و به عنوان اولین روحانی دانشجو، در رشته حقوق در اقتصاد لیسانس گرفت. سپس به نجف رفت و حدود ۳ سال از محضر علمای آنجا استفاده کرد. در سال ۱۳۳۸، بعد از درگذشت علامه شرف الدین به درخواست مردم لبنان و به سفارش آیت الله بروجردی به لبنان هجرت کرد. ۱۹ سال در آنجا مشغول فعالیت اجتماعی، سیاسی فرهنگی و اقتصادی شد و توانست شیعه را به جایگاه اصلی خود بازگرداند و احیا کند.

امام موسی صدر بنیانگذار مقاومت علیه رژیم صهیونیستی است و در کنار مقاومت و جهاد، پیشگام وحدت و همزیستی بین مذاهب و ادیان بود. او را وجدان لبنان می‌خواندند.

سید موسی صدر همچنین از حامیان انقلاب ملت ایران علیه شاه بود و در سال‌های مبارزه همواره در کنار رهبر انقلاب ایران، امام خمینی قرار داشت و همه جا از ایشان با عنوان «الامام الاکبر» نام می‌برد.

امام موسی صدر در سال ۱۳۵۷ به دنبال دعوت رسمی لیبی به آن کشور سفر کرد و در ۹ شهریور ۱۳۵۷، ۶ ماه قبل از پیروزی انقلاب ایران، در آن کشور ربوده شد و تا امروز خبری رسمی از ایشان و ۲ همراهش در دست نیست.

جز قرائن و شواهدی که به صورت غیر رسمی بر زنده بودن ایشان و اسارتشان در زندان‌های لیبی اشاره دارد. امام خمینی درباره امام موسی صدر گفته‌اند: «آقای صدر در ایران متولد شده و ایرانی است و با من سوابق بسیار دارد... و من امیدوارم که ایشان بازگردند و با هم برویم در قدس نماز بخوانی.»