متن نامه به این شرح است:

بسم الله الرحمن الرحیم

جناب آقای خاتمی دام عزه ریاست محترم جمهوری اسلامی ایران

چنان که استحضار دارید، بیست و پنج سال پیش از این، امام موسی صدر رهبر ایرانی تبار شیعیان لبنان، در حالی که به دعوت رسمی دولت لیبی عازم آن کشور شده بود، در آن سرزمین ربوده شد. مدارک و مستندات محکمه پسند فراوانی بر این امر دلالت دارد، که نه تحقیقات می‌دانی پلیس بین الملل، احکام دستگاههای قضایی ایتالیا، لبنان و همچنین بیانیه سازمان عفو بین الملل از جمله آن‌ها است، بلکه امروز دولت لیبی خود نیز ناچار از پذیرش این واقعیت شده است. امید آن بود تا سرانجام تلاشهای دولت و مذاکراتی که بیش از شش سال از عمر آن می‌گذرد، رهایی ایشان و لااقل کشف حقایق این ماجرا باشد. اما افسوس که هیچ یک از این آرزو‌ها تحقق نیافته است.

از آنجایی که حفظ مجد تشیع و مقام روحانیت مستلزم حفظ خدمتگزاران آن است، مناسب است دستور فرمایید تا نسبت به موارد پی آمده اقدامات مقتضی مبذول گردد:

 ۱. طرح رسمی پرونده از سوی ایران در مجامع بین المللی حقوق بشر

 ۲. پیگیری قضایی پرونده از سوی ایران در محاکم بین الملل

 ۳. بسیج اطلاعاتی کشور جهت کشف تمام حقایق ماجرا

 ۴. اتخاذ تدابیر دیپلماتیک شایسته جهت ابراز نارضایتی ایران از عملکرد دولت لیبی

شایان ذکر است که این نامه را حضرات آیات سید عبدالکریم موسوی اردبیلی، جعفر سبحانی، علی مشکینی، عبدالله جوادی آملی، سید رضی شیرازی، عزالدین زنجانی، سید علی محقق داماد، ابراهیم امینی، حسین مظاهری، سید جلال الدین طاهری، ابراهیم جناتی، مسلم ملکوتی، محمد علی گرامی و همچنین بزرگان و شخصیتهای زیر امضاء کرده‌اند: علما و مدرسین حوزه: حضرات آیات و حجج اسلام و المسلمین: صدرالدین حائری شیرازی، سید حسن طاهری خرم آبادی (عضو سابق فقهای شورای نگهبان)، محمد مومن (عضو فقهای شورای نگهبان)، رضا استادی (عضو فقهای شورای نگهبان)، ابوالقاسم خزعلی (عضو سابق فقهای شورای نگهبان)، محمد واعظ‌زاده خراسانی (رئیس سابق مجمع تقریب مذاهب اسلامی)، مرتضی بنی فضل (عضو جامعه مدرسین)، محمد امامی کاشانی (امام جمعه تهران)، محمد موسوی بجنوردی، سید علی گلپایگانی، سید علی اصغر دستغیب شیرازی، سید محمد علی موسوی جزایری (نماینده ولی فقیه در استان خوزستان)، سید مهدی یثربی کاشانی (امام جمعه کاشان)، احمد محسنی گرکانی (نماینده ولی فقیه در استان مرکزی)، زین العابدین قربانی (نماینده ولی فقیه در استان گیلان)، علی اصغر مسلمی کاشانی (استاد حوزه)، هادی مروی (معاون قوه قضاییه)، صادق لاریجانی (عضو فقهای شورای نگهبان)، سید هادی خسروشاهی، علی دوانی (پژوهشگر)، سید مرتضی مستجاب الدعواتی (پژوهشگر)، خاموشی (رئیس سازمان تبلیغات اسلامی)، سید هاشم حسینی بوشهری (مدیر حوزه علمیه قم)، محمدرضا فاکر (عضو جامعه مدرسین)، سید احمد خاتمی (عضو جامعه مدرسین)، سید حسن ربانی (رئیس دفتر تبلیغات اسلامی حوزه قم)، احمد عابدی (استاد حوزه)، محمد جعفری گیلانی (رئیس سابق دفتر تبلیغات اسلامی حوزه قم)، غلامرضا فیاضی (استاد حوزه)، علیرضا اعرافی (مدیر مرکز جهانی علوم اسلامی)، محمد حسین قلاح‌زاده (پژوهشگر)، رسول جعفریان (پژوهشگر)، مهدی پیشوایی (پژوهشگر)، مهدی انصاری قمی (پژوهشگر)، عقیقی بخشایشی (پژوهشگر)، محسن قمی (رئیس نهاد نمایندگی ولی فقیه در دانشگاه‌ها)، سید محمد حسن ابوترابی (نماینده مجلس)، محمود مهدی‌پور (سردبیر مجله فرهنگ کوثر)، محمود شریفی (مسئول پژوهشکده باقر العلوم)، مهدی مهریزی (پژوهشگر)، سید محمد رضا احمدی بروجردی (پژوهشگر)، محمد باقر پورامینی (سردبیر مجله پرسمان)، عبدالرحیم اباذری (پژوهشگر)، محمد هادی مفتح (رئیس مرکز تحقیقات فقهی قوه قضاییه)، اسدالله بیات، محمد صادق کاملان (استاد دانشگاه)، سید محمد علی ایازی (پژوهشگر)، محمد تقی فاضل میبدی (پژوهشگر)، دکتر محسن کدیور (استاد دانشگاه)، مسعود ادیب (استاد دانشگاه)، حمیدرضا شریعتمداری (سردبیر مجله هفت آسمان)، محمد علی شاه آبادی (استاد دانشگاه)، سید حسین شرف الدین (استاد دانشگاه)، دکتر سید علی میر موسوی (استاد دانشگاه)، دکتر سید ابراهیم موسوی (استاد دانشگاه)، محمد هادی خالقی (سردبیر مجله زندگی)، سعید بروجردی (پژوهشگر)، سید ابوالفضل موسویان (سردبیر مجله نامه مفید) روسای دانشگاه‌ها: دکتر غلامرضا اعوانی (رئیس انجمن حکمت و فلسفه)، دکتر محسن غفوری آشتیانی (رئیس پژوهشگاه بین المللی زلزله‌شناسی و مهندسی زلزله)، دکتر محمد رحیمیان (رئیس سابق دانشگاه تهران)، دکتر ناصر الهی (سرپرست دانشگاه مفید قم)، دکتر دقیق (رئیس دانشگاه کاشان)، دکتر هادی ندیمی (رئیس دانشگاه شهید بهشتی)، دکتر محسن بهرامی (رئیس دانشگاه هوا و فضا)، دکتر محمدرضا حافظی (رئیس دانشگاه هنر)، دکتر رضا فرجی دانا (رئیس دانشگاه تهران)، دکتر مهدی قاضی (رئیس دانشگاه جامع قم)، دکتر زهرا رهنورد (رئیس دانشگاه الزهراء)، دکتر محمدرضا آقا ابراهیمی (رئیس دانشگاه بیرجند)، دکتر احمد فهیمی فر (رئیس دانشگاه امیر کبیر)، دکتر محمد حسن عباسی (رئیس دانشگاه صنعتی اصفهان)، دکتر طالبی (رئیس دانشگاه اصفهان)، دکتر سعید سهراب‌پور (رئیس دانشگاه صنعتی شریف)، دکتر سید محمد مهرتاش (رئیس دانشگاه علم و صنعت)، دکتر ارشاد (رئیس دانشگاه شیراز)، دکتر صفایی مقدم (رئیس دانشگاه شهید چمران)، دکتر علی خاکی صدیق (رئیس دانشگاه خواجه نصیرالدین طوسی)، دکتر غلامرضا مصباحی (سرپرست جامعه الامام الصادق (ع))، دکتر سعید سمنانیان (رئیس دانشگاه تربیت مدرس) فعالان فرهنگی، سیاسیدکتر ابوالقاسم گرجی (استاد دانشگاه)، دکتر غلامعلی حداد عادل (رئیس فرهنگستان زبان فارسی)، دکتر محمدرضا بهشتی (استاد دانشگاه)، سید کاظم بجنوردی (رئیس دائره المعارف بزرگ اسلامی)، دکتر علی مطهری (استاد دانشگاه)، دکتر عماد افروغ (نماینده مجلس هفتم)، مهندس مهدی چمران (رئیس شورای شهر تهران)، محمد جواد صاحبی (پژوهشگر)، محمد جاودان (استاد دانشگاه)، دکتر محمد مهدی جعفری (پژوهشگر)، دکتر علی قائمی (استاد دانشگاه)، دکتر محمود گلزاری (استاد دانشگاه)، دکتر جواد منصوری (پژوهشگر)، محمد مهدی عبدخدایی، حسین مهدیان، سید مهدی شجاعی (نویسنده)، نادر طلب‌زاده (مستندساز)، علی قزوه (شاعر)، دکتر احمد توکلی (نماینده مجلس هفتم)، دکتر علی عباسپور تهرانی (ائتلاف آبادگران)، دکتر حسن غفوری فرد (جامعه اسلامی مهندسین)، دکتر امیر محبیان (روزنامه نگار)، دکتر منوچهر متکی (نماینده مجلس هفتم)، دکتر مهدی کوچک‌زاده (ائتلاف آبادگران)، دکتر ابوالفضل فاتح (رئیس خبرگزاری ایسنا)، مسعود حیدری (رئیس خبرگزاری ایلنا)، محمد کاظم انبارلویی (روزنامه نگار)، محسن محققی (نهضت ازادی)، سعید ابوطالب (نماینده مجلس هفتم)، حجت الاسلام سید محمود دعایی (نماینده ولی فقیه در روزنامه اطلاعات)، حجت السلام حسین انصاری راد (نماینده مجلس ششم)، ابولفضل حکیمی (نهضت ازادی)، حجت الاسلام ناصر قوامی (نماینده مجلس ششم)، دکتر علی شکوری راد (نماینده مجلس ششم)، دکتر ابراهیم یزدی (نهضت ازادی)، هاشم صباغیان (نهضت ازادی)، مهندس شمس الدین وهابی (نماینده مجلس ششم)، احمد بورقانی (نماینده مجلس ششم)، محمد دادفر (نماینده مجلس ششم)، رضا طلایی نیک (نماینده مجلس ششم)، مرتضی خیرآبادی (نماینده مجلس ششم)، ابولفضل بازرگان (نهضت ازادی)، سید علی آقا می‌ری (نماینده مجلس ششم)، دکتر محمد علی شیخ (نماینده مجلس ششم)، دکتر محمد علی کوزه گر (نماینده مجلس ششم)، احمد صدر حاج سید جوادی (نهضت ازادی)، عباس علی اللهیاری (نماینده مجلس ششم)، غلامرضا مسموعی (نهضت ازادی)، کریم غیاثی (نماینده مجلس ششم)، محمد حسین خلیلی اردکانی (نماینده مجلس ششم)، عزت الله سحابی (نهضت ازادی)، محمد توسلی (نهضت ازادی)، مهندس حسین کاشفی (رئیس کمیته اجرایی جبهه مشارکت)، مهندس محمد کیارشی، خانم فخرالسادات محتشمی‌پور (نماینده مجلس ششم)، خانم فاطمه راکعی (نماینده مجلس ششم)، دکتر صادق زیباکلام (استاد دانشگاه)، حجت الاسلام احمد قابل (رئیس جبهه مشارکت قم)، محمدحسین بنی اسدی (نهضت ازادی). حقوقداناندکتر سید حسین میر محمد صادقی (سخنگوی سابق قوه قضاییه)، دکتر سید محمود کاشانی (استاد دانشگاه)، دکتر غلام حسین الهام (سخنگوی قوه قضاییه)، دکتر فضل الله موسوی (نماینده مجلس هفتم)، دکتر علیرضا صدرا (استاد دانشگاه)، دکتر حسن مرادی (استاد دانشگاه)، دکتر باقر شاملو (استاد دانشگاه)، دکتر جعفر کوشا (استاد دانشگاه)، دکتر مهدی مظاهری (استاد دانشگاه)، دکتر محمد علی اردبیلی (استاد دانشگاه)، دکتر علی قاسمی (استاد دانشگاه)، دکتر سیامک رهپیک (استاد دانشگاه)، دکتر مرتضی نجفی اسفاد (استاد دانشگاه)، دکتر علی اکبر فرجزادی (استاد دانشگاه)، دکتر صفار (استاد دانشگاه)، دکتر نیک فرجام (استاد دانشگاه)، دکتر فرید محسنی (استاد دانشگاه)، نور محمد صبری (وکیل)، حجت الاسلام محمد حسین فضائلی (استاد دانشگاه)، حجت الاسلام خلیل قبله خویی (استاد دانشگاه)، فاخرکام (استاد دانشگاه)، رنجبر (استاد دانشگاه)، احمد مظفری (قاضی).