بعد از تشخیص کودکانی با نیازهای ویژه و استثنایی در میان دانش‌آموزان مدرسه رحاب الزهراء، تصمیم بر ایجاد بخش آموزش استثنایی در مؤسسات امام صدر گرفته شد و در سال 1996 میلادی گروهی از کارمندان برای گذراندن کارگاه‌های آموزشی مناسب به خارج اعزام شدند. طولی نکشید که این بخش توسعه یافت تا آموزش تخصصی دانش آموزان دختر و پسر را دربرگیرد.

کار درمانی، نطق درمانی، روان‌درمانی، یادگیری به وسیله موسیقی، حضور در کلاس‌های مشترک با دانش آموزان عادی و برگزاری جلسات آگاه سازی و آموزشی ویژه والدین دانش آموزان از جمله روش‌های آموزشی در بخش آموزش استثنایی مؤسسات امام موسی صدر است.

فیلم زیر بخشی از مستند معرفی مؤسسات امام صدر، ساخته حسین محمودیان است که به معرفی بخش آموزش استثنایی می پردازد.