امام موسی صدر پس از اتمام سیکل اول و بخش مقدمات علوم حوزوی، در خرداد سال ۱۳۲۲ رسما به حوزه علمیه قم پیوست و طی مدتی کوتاه، ضمن بهره گیری از محضر حضرات آیات سیدمحمد باقر سلطانی طباطبایی، شیخ عبدالجواد جبل عاملی، امام خمینی و سیدمحمد محقق داماد، دروس دوره سطح را به پایان رساند و نزدیک به سیزده سال تمام، از مدرسان بزرگ حوزه‌های علمیه قم و نجف کسب فیض کرد.

 امام موسی صدر در طول زندگی حوزوی خود شاگردان برجسته‌ای را تربیت کرده است. معروف‌ترین آنان در ایران، آیت الله یوسف صانعی- از علمای قم- و در لبنان، شهید سیدعباس موسوی- دبیرکل سابق حزب الله- هستند. وی به عنوان اولین دانشجوی روحانی در رشته «حقوق در اقتصاد» به دانشگاه تهران وارد شد و قبل از عزیمت به نجف، از سوی علامه طباطبایی، مسئولیت نظارت بر نشریه «انجمن تعلیمات دینی» را بر عهده گرفت.

وی همزمان با تحصیل در حوزه علمیه نجف، به عضویت هیأت امنای جمعیت «منتدی النشر» درآمد و پس از بازگشت به قم، ضمن اداره یکی از مدارس ملی این شهر، مسئولیت سردبیری مجله تازه تاسیس «مکتب اسلام» را عهده دار گردید.

امام موسی صدر در اواخر سال ۱۳۳۸ایران را به سوی لبنان ترک کرد. اصلاح امور فرهنگی، اجتماعی، اقتصادی و سیاسی جامعه شیعیان لبنان از یک سو و استفاده از ظرفیت‌های منحصر به فرد لبنان جهت نمایاندن چهره عاقل، عادل، انسان دوست و با زمان مکتب اهل بیت به جهانیان از سوی دیگر، اهداف اصلی این هجرت را تشکیل می‌داد. وی در بهار سال، ۱۳۴۴ اولین دور سلسله گفت‌و‌گوهای اسلام و مسیحیت را با حضور بزرگان این دو دین الهی، در مؤسسه فرهنگی «الندوه اللبنانیه» به راه انداخت و در سال ۱۳۴۹ رهبران مذهبی مسلمانان و مسیحیان جنوب لبنان را در چارچوب «کمیته دفاع از جنوب» گرد هم آورد تا برای مقاومت در برابر تجاوزات رژیم صهیونیستی چاره اندیشی کنند.

امام موسی صدر اگرچه لبنان را محل اصلی فعالیت‌هایش قرار داده بود، اما هیچ‌گاه از دیگر مسائل جهان اسلام غافل نبود. بدون تردید، بزرگ‌ترین خدمت امام موسی صدر به انقلاب اسلامی ایران آن بود که در سال‌های ۱۳۵۶ تا ۱۳۵۷ و پس از قریب دو دهه ترویج ارزش‌های زیبای اسلام راستین در لبنان، عموم مردم- بخصوص شیعیان و بالاخص کادرهای مقاومت آن کشور- را با این انقلاب آشنا و مرتبط کرد.

امام موسی صدر در ۳ شهریور سال ۱۳۵۷ و در آخرین مرحله از سفر دوره‌ای خود به کشورهای عربی، بنا بر دعوت رسمی معمر قذافی، وارد لیبی و در روز ۹ شهریور ربوده شد. تحقیقات دستگاه‌های قضائی دولت‌های لبنان و ایتالیا و همچنین تحقیقات انجام شده از سوی واتیکان، ادعای رژیم لیبی مبنی بر خروج امام موسی صدر از آن کشور و ورود ایشان به رم را رسماً تکذیب کرد.

مجموعه اطلاعات آشکار و پنهانی که طی دو دهه پیش به دست آمده‌اند، تماما دال بر آن هستند که امام موسی صدر هرگز خاک لیبی را ترک نکرده است. در این میان، قرائن متعددی حکایت از آن دارد که امام موسی صدر همچنان در قید حیات بوده و چون برخی دیگر از علمای اسلامی، شرایط زندان و حبس ابد را می‌گذراند.