پس از تکمیل دروس مقدماتی، از محضر علمی و معنوی آیات عظام سید صدر الدین صدر (پدرش)، سید محمد محقق داماد، سید حسین بروجردی و امام خمینی (ره) کسب فیض نمود.

سپس عازم نجف اشرف شده و از محضر عالمان و فقیهان آن دیار نیز بهره‌مند گردید و به درجه اجتهاد نائل آمد. امام موسی صدر پس از وفات آیت الله سید عبد الحسین شرف الدین، رهبری شیعیان لبنان را به عهده گرفت و آنان را از وضعیت نابهنجار فرهنگی، اجتماعی و سیاسی رهایی بخشید و در برابر دسیسه‌های دشمنان اسلام، آنان را در تشکیلات «حرکت المحرومین» متشکل ساخت.

این مجاهد نستوه و خستگی ناپذیر با هدف ایجاد اتحاد بین اعراب و جلب حمایت کشورهای عربی و متقاعدساختن آنان به منزوی کردن اسرائیل متجاوز و تحریم هر گونه رابطه با اشغالگران فلسطین و به منظور تقویت جنبش محرومین و تهیه سلاح، به کشورهای مختلف سفر می‌کرد.

امام موسی صدر، به تدریج جزء بزرگ‌ترین شخصیت‌های سیاسی جهان به شمار آمد و در پی دعوت رسمی دولت لیبی، به این کشور سفر نمود، ولیکن بر اثر توطئه دشمنان انقلاب اسلامی، در‌‌ همان سفر ناپدید شد. گرچه اخبار ضد و نقیضی درباره زندانی بودن وی منتشر می‌شود، با این حال هنوز اطلاعات موثقی از ایشان به دست نیامده است.