محمد علی ابطحی در گفتگو با خبرنگار خبرگزاری فارس با اشاره به مطلبی در سایت وب‌نوشت خود، مبنی بر این‌ که «خانواده امام موسی صدر از ما خواستند که دیگر پرونده را پیگیری نکنیم» خاطرنشان کرد: من گفتم آنقدر ابعاد حادثه را پیگیری کردیم که در ‌‌نهایت خانواده امام موسی صدر از ما خواستند که پیگیری نکنیم و منظورم درخواست خانواده‌ ایشان مبنی بر پایان دادن به مذاکرات با لیبی بود.

وی تاکید کرد: من در پیگیری این پرونده کار اطلاعاتی یا سیاسی نمی‌کردم، من مسئول پیگیری این پرونده در مذاکره با دولت لیبی بودم و به تبع آن منظورم از این مطلب عدم پیگیری در ادامه مذاکرات بود. مسئول پیگیری پرونده امام موسی صدر در دولت خاتمی با تاکید بر این ‌که بر آن‌ چه که نوشته اعتقاد دارد، تصریح کرد: اگر کسی بر خلاف آن ‌چه که گفته‌ام صحبتی دارد، می‌تواند آن را تکذیب کند.

ابطحی با اشاره به اظهارات بعضی مقامات در مراسم سالگرد امام موسی صدر بیان داشت: بعضی دوستان علیرغم این ‌که خودشان به جزییات پیگیری این پرونده آگاهی داشتند، در مراسم یادبود امام موسی آمدند و گفتند حتی به اندازه یک فرد عادی برای پیگیری سرنوشت امام صدر تلاش نشده است، این حرف واقعا مرا ناراحت می‌کند، چرا که در دولت آقای خاتمی من خودم به خاطر علاقه‌ای که به پیگیری این پرونده داشتم آن را به دست گرفتم، بهتر این بود دوستان با انصاف بیشتری در مورد این قضیه داوری می‌کردند.