امام موسی صدر پس از اتمام سیکل اول و بخش مقدمات علوم حوزوی، در خرداد سال ۱۳۲۲ رسما به حوزه علمیه قم پیوست و طی مدتی کوتاه، ضمن بهره‌گیری از محضر حضرات آیات سیدمحمد باقر سلطانی طباطبایی، شیخ عبدالجواد جبل عاملی، امام خمینی و سیدمحمد محقق داماد، دروس دوره سطح را به پایان رسانید و نزدیک به سیزده سال تمام، از مدرسین بزرگ حوزه‌های علمیه قم و نجف کسب فیض نمود. به گزارش خبرگزاری دانشجویان ایران (ایسنا)، امام موسی صدر در طول زندگی حوزوی خود شاگردان برجسته‌ای را تربیت کرده است.

معروف‌ترین آنان در ایران آیت‌الله یوسف صانعی از مراجع معظم امروز، و در لبنان شهید سیدعباس موسوی دبیرکل سابق حزب‌الله است. وی به عنوان اولین دانشجوی روحانی در رشته «حقوق در اقتصاد» به دانشگاه تهران وارد شد و قبل از عزیمت به نجف، از سوی علامه طباطبایی مسوولیت نظارت بر نشریه «انجمن تعلیمات دینی» را بر عهده گرفت. وی همزمان با تحصیل در حوزه علمیه نجف، به عضویت هیأت امنای جمعیت «منتدی النشر» درآمد و پس از بازگشت به قم ضمن اداره یکی از مدارس ملی این شهر، مسوولیت سردبیری مجله تازه تاسیس «مکتب اسلام» را عهده‌دار گردید.

امام موسی صدر در اواخر سال ۱۳۳۸ به دنبال توصیه‌های حضرات آیات بروجردی، حکیم و شیخ مرتضی آل یاسین، وصیت مرحوم آیت‌الله سیدعبدالحسین شرف‌الدین رهبر متوفی شیعیان لبنان را لبیک گفت و به عنوان جانشین آن مرحوم، سرزمین مادری خود، ایران، را به سوی لبنان ترک نمود.

اصلاح امور فرهنگی، اجتماعی، اقتصادی و سیاسی جامعه شیعیان لبنان از یکسو، و استفاده از ظرفیت‌های منحصر به فرد لبنان جهت نمایاندن چهره عاقل، عادل، انسان‌دوست و با زمان مکتب اهل بیت به جهانیان از سوی دیگر، اهداف اصلی این هجرت را تشکیل می‌داد. وی در بهار سال ۱۳۴۴، اولین دور سلسله گفت‌وگوهای اسلام و مسیحیت را با حضور بزرگان این دو دین الهی، در مؤسسه فرهنگی «الندوه اللبنانیه» به راه انداخت و در سال ۱۳۴۹ رهبران مذهبی مسلمانان و مسیحیان جنوب لبنان را در چارچوب «کمیته دفاع از جنوب» گرد هم آورد تا برای مقاومت در برابر تجاوزت رژیم صهیونیستی چاره‌اندیشی نمایند.

امام موسی صدر اگرچه لبنان را محل اصلی فعالیت‌هایش قرار داده بود، اما هیچ‌گاه از دیگر مسائل جهان اسلام غافل نبود. بدون تردید بزرگ‌ترین خدمت امام موسی صدر به انقلاب اسلامی ایران آن بود که در سالهای ۱۳۵۶ تا ۱۳۵۷ و پس از قریب دو دهه ترویج ارزشهای زیبای اسلام راستین در لبنان، عموم مردم، بخصوص شیعیان و بالاخص کادرهای مقاومت آن کشور را با این انقلاب آشنا و مرتبط نمود.

امام موسی صدر در ۳ شهریور سال ۱۳۵۷ و در آخرین مرحله از سفر دوره‌ای خود به کشورهای عربی، بنا بر دعوت رسمی معمر قذافی وارد لیبی، و در روز ۹ شهریور ربوده شد. دستگاههای قضایی دولتهای لبنان و ایتالیا، و همچنین تحقیقات انجام شده از سوی واتیکان، ادعای رژیم لیبی مبنی بر خروج امام موسی صدر از آن کشور و ورود ایشان به رم را رسما تکذیب نمود. مجموعه اطلاعات آشکار و پنهانی که طی دو دهه پیش به دست آمده‌اند، تماما دال بر آن هستند که امام موسی صدر هرگز خاک لیبی را ترک نکرده است.

در این میان قرائن متعددی حکایت از آن دارند که امام موسی صدر همچنان در قید حیات بوده و چون برخی دیگر از علمای اسلامی، شرایط زندان حبس ابد را می‌گذراند.