امام موسی صدر در تفسير بر توقيفی بودن ترتيب سوره‌های قرآن تأكيد دارد و معتقد است كه نظام فعلی سوره‌ها به همان صورتی است كه پيامبر اكرم(ص) دستور داده؛ چراكه الفاظ و معنای قرآن، هر دو وحی الهی است. 

محمدرضا شاهرودی»، عضو هيئت علمی دانشكده الهيات و معارف اسلامی دانشگاه تهران، در نشست «بررسی مطالعات قرآنی امام موسی صدر» كه در محل خبرگزاری قرآنی ايران(ايكنا) برگزار شد، با بيان اين مطلب گفت: امام موسی صدر در تشريح ديدگاه‌های خود در مورد قرآن كريم همواره بر اين نكته تأكيد می‌كند كه قرآن «كلام‌الله بألفاظه و معانيه» است؛ يعنی لفظ و معنا را وحی‌شده می‌داند و همواره بر اجتهادی و ترتيبی بودن ترتيب سوره‌ها تأكيد دارد. به باور امام موسی صدر، يكی از اسرار و علل خلود قرآن و جاودانگی اسلام بر خلاف ساير اديان، توقيفی بودن لفظ، معنا و ترتيب سوره‌ها و آيات در كلام‌الله مجيد است؛ به عقيده وی، همه اين موارد توقيفی هستند. 

اين استاد دانشگاه در بخش ديگری از سخنانش با اشاره به تكامل تفسيری قرآن عنوان كرد: امام موسی صدر بر اين باور است كه تفسير قرآن همچنان رو به تكامل است؛ وی در تشريح اين موضوع می‌گويد كه چون قرآن كريم كلام عادی بشری نيست و از ناحيه خداوندی است، وجودی منبسط و لايتناهی دارد، بنابراين پيام او برخلاف پيام بشر عادی در هر سطحی كه باشد قابل درك متكامل است و با پيشرفت علوم و شناخت‌ بيشتر بشر، قرآن كريم قابل فهم‌تر می‌شود. وی همچنين به نقش علم «هرمنوتيك» در آثار امام موسی صدر اشاره و اظهار كرد: امام موسی صدر بدون اينكه به دانش هرمنوتيك اشاره كند، در تفسير سوره‌های قرآن و آثار خود به آن توجه نشان می‌دهد و در فهم آيات قرآن از آن بهره می‌گيرد؛ وی در جايی می‌گويد «فهم از هر كلامی مبتنی بر دو شرط است: التزام به دلالت الفاظ و توجه به سطح كلام گوينده». اين استاد دانشگاه در ادامه سخنانش تفاوت ميان مكتب عقلی امام موسی صدر با روش برخی ديگر از مفسران را مورد بحث قرار داد و خاطرنشان كرد: در كنار مكتب عقلی و اجتهادی امام موسی صدر، مكتب عقلی ديگری نيز در تفسير وجود دارد؛ برای مثال وی در تفسير كلمه «طير» در سوره «فيل» می‌گويد كه برخی معتقدند اين كلمه را می‌توان به «ميكروب‌» تفسير كرد، اولين باری كه بيماری وبا در جزيره عرب ديده شد، همان زمانی بود كه سپاهيان ابرهه به گفته قرآن، توسط «طير»‌ها زمين‌گير شدند؛ ولی امام موسی صدر اين تفسير عقلی را رد می‌كند و بر اين باور است كه ما بايد برای تفسير كلمه «طير» از همان معنايی بهره بگيريم كه عرب‌های زمان پيامبر(ص) در ذهن داشتند. وی اضافه كرد: حتی اخباريون شيعه معتقدند كه اگر برای يك آيه، روايتی مرتبط پيدا نشود، نبايد آن آيه را تفسير كرد. اين درحالی است كه امام موسی صدر از تمام روايات، آيات قرآن و علم روز برای تفسير آيات الهی استفاده كرده است؛ همچنين وی به مسئله شناخت فرهنگ، تاريخ و جغرافيای عرب در زمان پيامبر(ص) نيز تأكيد دارد و شناخت زمينه‌های فكری و اجتماعی اعراب در دو فضای مكه و مدينه را برای تفسير قرآن مهم می‌داند؛ در حقيقت امام موسی صدر توجه دقيق به علوم قرآنی داشت كه اكنون به عنوان رشته دانشگاهی مطرح شده است. محمدرضا شاهرودی در ادامه، نظر امام موسی صدر درباره سوگند‌های قرآن را مورد بحث قرار داد و تصريح كرد: به گفته امام موسی صدر هدف قسم‌های قرآن نه تأكيد روی «مقسم‌عليه» بلكه توجه دادن به خود «مقسم‌به» و آيات قرآن كريم است. وی در پايان سخنانش توضيح داد: بی‌ترديد امام موسی صدر از مجتهدان مسلم زمان خود است؛ به اعتقاد من، ايشان را می‌شود از بزرگ‌ترين قرآن‌شناسان عصر حاضر دانست؛ اگرچه تفسير به‌جای مانده از وی بسيار اندك است.