امام خمینی: من از خدای تبارک و تعالی مسألت می‌کنم که ما را و شما را دلخوش کند به اینکه ایشان برگردند پیش ما و به خدمت خودشان ادامه بدهند. ان شاءالله خداوند به همه عائله ایشان در این فراق صبر بدهد و چشم همه را به وجود ایشان ان شاءالله روشن کند تا ایشان برگردند و به خدمت به مکتب موفق بشوند.
در نهم شهریور ۱۳۵۷، در حالی که نیروهای انقلابی ایران در حال مبارزه برای سرنگونی رژیم پهلوی بودند، به یکباره امام موسی صدر، رهبر شیعیان لبنان، آنطور که شواهد و قرائن نشان می‌دهد، در لیبی ربوده شد. این اتفاق واکنش بسیاری از چهره‌های سر‌شناس آزادیخواه و مبارز جهان را برانگیخت. حضرت امام خمینی (س) که در آن زمان در بحبوحه انقلاب، مبارزات علیه شاه را رهبری می‌کردند، برای پیگیری ماجرای امام موسی صدر، با برخی چهره‌های منطقه مکاتبه کردند. ایشان پیش از انقلاب و در زمان اقامت در نجف، دو نامه رسمی به «یاسر عرفات» و «حافظ اسد» نوشتند و خواستار پیگیری معمای ناپدید شدن امام موسی صدر شدند.
به گزارش پرتال امام خمینی (س)، حضرت امام در شهریور ماه ۱۳۵۷ در نامه اول خود خطاب به یاسر عرفات، رئیس کمیته اجراییه سازمان آزادیبخش فلسطین می‌نویسند:
«از سلامت جناب حجت الاسلام آقای سید موسی صدر، رئیس مجلس شیعیان لبنان، هیچ گونه اطلاعی ندارم و موجب نگرانی اینجانب است. از جنابعالی تقاضا دارم که هر چه زود‌تر از مکان ایشان اطلاع پیدا کرده و اینجانب را از سلامت ایشان آگاه گردانید. توفیق جنابعالی را در اهداف اسلامی خواستارم.» (صحیفه امام ج ۳، ص ۴۵۸)
ایشان در اول مهر ۱۳۵۷ در قسمتی از نامه‌ای خطاب به حافظ اسد چنین می‌نویسند:
«حضرت آقای حافظ اسد، رئیس جمهوری سوریه و رئیس کنگره جبهه صمود و رفض [امتناع و پایداری (در مقابل سازش مصر و اسرائیل)] پس از اهدای سلام؛ اینجانب از غیبت جناب حجت الاسلام آقای سید موسی صدر نگران و متأثرم. از جنابعالی تقاضا دارم که این موضوع را با سران کشورهایی که در قضیه فلسطین اجتماع کرده‌اند در میان گذارید و اهتمام آن‌ها را جلب نمایید.» (صحیفه امام، ج۳، ص۴۷۹)
امام در ۲۶ مهر ماه ۵۷ که در نوفل لوشاتو اقامت داشتند، پیگیری خود را با نامه به «معمر قذافی» رئیس جمهور لیبی ادامه دادند و خواستار گشودن معمای مرموز مفقودشدن امام موسی صدر شدند. این نامه به شرح زیر است:
«پس از اهدای سلام و تحیت؛ قضیه جناب حجت الاسلام آقای صدر به شکل معمایی مرموز درآمده است. بستگان ایشان پس از بررسی می‌گویند در لیبی هستند. چون جناب ایشان مورد احترام و محبت روحانیون و دیگر جناح‌ها هستند و این امر موجب نگرانی آنهاست مقتضی است در آن اهتمام نمایید و از دولت خودتان بخواهید ما را از سلامت ایشان و محل اقامتشان مطلع نموده نگرانی‌ها را رفع کنند. والسلام علیکم.» (صحیفه امام، ج ۴، ص ۴۵)
پس از پیروزی انقلاب امام همچنان ماجرای امام موسی صدر را پیگیری می‌کردند. گام نخست امام در این پیگیری‌ها، بیاناتی است که هفتم اسفند ۱۳۵۷ در دیدار عبدالسلام جلود، معاون معمر قذافی و سه عضو هیأت نمایندگی لیبی با ایشان ایراد می‌کنند. امام در این جمع می‌فرمایند:
«ما نگران سرنوشت امام موسی صدر هستیم و می‌خواهیم به محض بازگشت به لیبی به سرهنگ قذافی بگویید هر چه زود‌تر در مورد سرنوشت امام موسی صدر رسیدگی کند.» (صحیفه امام، ج۶، ص۲۵۷)
همچنین امام (س) در چهارم اردیبهشت ۱۳۵۸ در جمع اعضای هیأتی از لیبی با محوریت نجات مستضعفان و قضیه آقای موسی صدر سخنرانی می‌کنند:
«چیزی که، قضیه‌ای که برای ما و علمای ایران و سایر اقشار به طور معما درآمده است، این فاجعه آقای صدر است. من و علمای ایران برای این فاجعه بسیار متأثر هستیم و این برای ما یک معمایی است که این معما حل نمی‌شود الا به دست دولت لیبی. ما این معما را می‌خواهیم که برادر ما «معمر» و دولت حل کنند و ناراحتی‌های ما را به اتمام برسانند. من کراراً به وسایطی این معنا را تذکر دادم لکن الآن نیز اکیداً تذکر می‌دهم که این معنا در شَعب [مردم، ملت] ما و در بین علمای ما انعکاس سوئی دارد و من میل ندارم که بین ملت ما و دولت شما یک سوء تفاهمی باشد. من از شما می‌خواهم که این معما را حل کنید و موجب راحتی ما را فراهم کنید.
{پس از بیانات امام، نماینده هیأت توضیحاتی داد و امام پاسخ دادند:)}
... مقصود من این نبود که به شما یا به دولت شما تهمت بزنم. مقصود من این بود که شما قدرت دارید که در این ممالکی که نزدیک شماست و ایشان رفته‌اند ـ به قول شما ـ در آنجا فعالیت بکنید و این معما را برای ما حل کنید. ما هیچ‌گاه به برادران خودمان تهمت نمی‌زنیم و خلاف اسلام نمی‌کنیم لکن از شما می‌خواهیم حل این قضیه را. به دلیل اینکه شما قدرت این را دارید که این مسئله را حل کنید و از دولتهایی که ایشان رفته‌اند آنجا یک طور تحقیقاتی بکنید و ما مطلع بشویم» (صحیفه امام، ج۷، ص۱۱۹)
همچنین امام خمینی (س) بعدازظهر ششم شهریور ۱۳۵۹ در جمع خانواده امام موسی صدر، با موضوع خدمت کردن و زجر کشیدن در راه هدف و مطرح نبودن ملیت در اسلام، به ایراد سخنرانی پرداختند و آرزوی قلبی خود را برای بازگشت ایشان بیان کردند: «آقای صدر را که من سالهای طولانی دیده‌ام، بلکه باید بگویم که من بزرگ کردم ایشان را. من فضایلشان را می‌دانم و خدمت‌هایی هم که بعد از آنکه به لبنان رفته‌اند کرده‌اند، آن را هم می‌دانم و آنچه که لبنان احتیاج به ایشان دارد، باز آن را هم می‌دانم. من امیدوارم که ان شاءالله، ایشان برگردند به محل خودشان و مسلمین آنجا از ایشان استفاده کنند. همین حالا هم که ایشان می‌گویید که شواهد داریم که در لیبی هستند، همین امر، در راه خدمت به مکتب و خدمت به اسلام است. این هم برای ایشان عبادت نوشته می‌شود. برای ما‌ها هم این اموری که واقع می‌شود، باید سهل باشد، از باب اینکه در راه اسلام است.» (صحیفه امام، ج۱۳، ص۱۶۶)
و در انتها آرزوی قلبی خود را چنین ابراز می‌دارند:
«من از خدای تبارک و تعالی مسألت می‌کنم که ما را و شما را دلخوش کند به اینکه ایشان برگردند پیش ما و به خدمت خودشان ادامه بدهند. ان شاءالله خداوند به همه عائله ایشان در این فراق صبر بدهد و چشم همه را به وجود ایشان ان شاءالله روشن کند تا ایشان برگردند و به خدمت به مکتب موفق بشوند و شیعه‌های لبنان هم از وجود ایشان استفاده بکنند بلکه همه مسلمان‌ها ان شاءالله.» (صحیفه امام، ج۱۳، ص۱۶۹)